參與課題
曾先後主持或參加國家重點攻關課題、"七五"國家攻關課題、國家"八五"攻關項目、國家自然科學基金、農業部生物技術重點項目、國家教委留學回國人員資助項目等多個項目的研究工作。
任免信息
2015年8月19日，免去孔憲剛的中國農業科學院哈爾濱獸醫研究所所長（中國動物衛生與流行病學中心哈爾濱分中心主任）職務。
2017年1月7日，黑龍江省人大常委會第三十一次會議免去孔憲剛的省十二屆人大農業林業委員會委員職務。
所獲榮譽
這些研究成果中，《馬傳貧病馬與其弱毒疫苗免疫馬血清抗體鑑別法》獲得國家科技進步三等獎；《馬傳貧病馬與其弱毒疫苗免疫馬血清抗體鑑別法》獲得農業部科技進步二等獎；《分泌馬傳貧病毒及羊型布氏菌單克隆抗體雜交瘤細胞株建立》獲得農業部科技進步三等獎；《馬傳貧免疫中細胞免疫作用的研究》獲得農業部科技進步一等獎。另外還獲中國農業科學院科技進步一等獎4項、通過農業部鑑定成果4項。
主要理論
在多年的科學研究中，首次提出馬傳貧免疫性質是以細胞免疫為主的理論，證明馬傳貧弱毒疫苗與感染細胞有整合但不能表達完整病毒粒子，無感染性，安全有效；用基因工程方法研製成功馬傳貧重組診斷抗原，顯著的提高了馬傳貧診斷抗原的質量，不僅解決了馬傳貧診斷抗原生產難題；套用淋巴細胞雜交瘤技術成功研製出抗馬傳貧弱毒疫苗株系特異性的單克隆抗體，並研製出馬傳貧強、弱毒血清抗體鑑別診斷試劑盒，專家們一致認為該成果是繼馬傳貧弱毒疫苗研究成功後的又一重大突破，處於國際先進水平；首次對中國馬傳貧強毒和驢白細胞弱毒全基因組核苷酸序列進行測定和比較分析研究，揭示了中國馬傳貧強毒和疫苗毒的基因組結構和兩者間的差異。為馬傳貧疫苗毒的致弱和免疫分子基礎、強、弱毒間遺傳變異規律以及兩者間致病和免疫保護性基因的研究奠定了基礎。同時，在禽病研究方面，通過大量研究證實雞T細胞在抵抗雞新城疫病毒感染中，不但輔助體液免疫反應的產生，而且直接發揮細胞免疫作用；體液免疫和細胞免疫反應在抵抗雞新城疫病毒感染中協同發揮作用；雞新城疫病毒感染所誘導t淋巴細胞的程式性死亡是造成T淋巴細胞及其亞類數量降低和功能缺陷的主要原因之一。這可能是雞新城疫病毒發病機理的一個重要原因。上述研究結果對雞新城疫免疫預防等研究戰略具有重大參考價值。另外，第一個完成了我國雞傳染性支氣管炎病毒的全部基因組序列分析，說明我國雞傳染性支氣管炎病毒的基因序列國外毒株具有較大的差異，提示我國雞傳染性支氣管炎病毒可能具有獨自的衍化過程。所有以上研究結果在國內外發表文章80多篇。參編著作三部，包括《傳染病學》、《馬傳染性貧血病》 和 《動物免疫學》.
盤點農業部重點實驗室主任
| 根據《農業部重點實驗室管理辦法》的有關規定，經研究，農業部同意聘任林敏等228位專家為農業部重點實驗室主任，讓我們來盤點一下這些專家。 |
