1796年,他到了巴黎,1799年出版了四卷本的《肉質植物歷史》,1802年出版了《黃耆類》,引起了居維葉的注意,他因此成為法蘭西學院中居維葉和拉馬克的助手,1803年至1815年,拉馬克委託他在第三版《法國植物》中寫序言《植物學的基本原理》,他的這篇文章第一次提出植物分類應該服從自然原則,而不是林奈的人為分類原則。
1804年,他獲得背離醫學院的醫學博士學位,出版了《植物的醫學用途試驗》,1806年出版了《法國薔薇的植物學分類》,在其後的6年中,因法國政府的聘請,每年夏季都進行對法國全國植物和農業的普查,1813年,出版了普查結果。1807年他被聘請擔任蒙彼利埃大學醫學院的植物學教授,1810年,被任命為當時這個大學科學學院新設立的植物學部主席。
在蒙彼利埃,1813年出版了《植物學基本理論》。1816年,他回到日內瓦,受州政府聘請擔任新設立的自然歷史部主席,他的後半生致力於完善他的植物分類的自然系統,但很快他發現個人無法全部完成這個龐大的工程,1821年,只出版了兩部《植物界自然系統》,於是他於1824年開始,編著更為概括的《植物界自然系統概論》,但即使這部書也只完成三分之二,只出版了七部,他的健康很快惡化,在日內瓦逝世。
他首先提出了“自然的戰爭”理論,指出物種之間在進行戰爭,不同的物種為了爭奪空間互相之間在進行戰爭。達爾文於1826年在愛丁堡大學研究了他的自然系統分類,1839年他訪問英國時,達爾文請他共進晚餐,和他討論了他的理論,啟發了達爾文的自然選擇原理。
巴西坎多豆屬(Candolleodendron)和燕子狸藻亞屬(Candollea)是以他命名的。
他去世後,他的兒子阿爾方斯·德堪多繼承他的事業,繼續完成他的《概論》。
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