機關職能
3、研究制定全旗農村牧區衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術實施。4、研究指導全旗城鎮醫藥衛生體制改革，監督有關職業標準、醫療質量標準和服務規範的實施。
5、依法監督管理血庫及臨床用血質量。
6、對傳染病、地方病及慢性非傳染性疾病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生等實施監督管理；執行食品、化妝品質量管理規範。
7、制定並組織實施奈曼旗醫學科學研究發展規劃；組織衛生科研的學術交流；指導管理全旗繼續醫學教育及衛生職業技術教育。
8、負責全旗中蒙醫的行政管理。
9、研究制定全旗愛國衛生工作計畫、措施，並協調有關部門組織實施。
10、會同有關部門負責衛生技術人員職業道德教育和法制教育。
11、遇有重大突發事件和自然災害，在旗委、政府統一領導下，負責組織調度全旗衛生技術力量搶救傷病員，防止和控制疾病的發生、蔓延。
12、承辦旗人民政府和上級衛生部門交辦的其它事項。
內設機構
根據上述職能，衛生局內設8個職能股（室）：1、辦公室
協助局領導處理機關日常工作，協調機關政務工作；負責局機關會議的組織，綜合性材料的起草和機關文秘檔案，督查保密、綜合調研、機關財務、信息、信訪、綜合治理、機關規章制度建設，對外交流與合作、新聞宣傳等工作，負責衛生統計、內部審計工作及所屬單位的財會工作指導和國有資產管理。研究提出我旗衛生事業發展規劃，統籌規定與協調全旗衛生資源配置。落實衛生財務管理規章，協調管理衛生資金的合理使用。組織與外地的交流與合作。負責系統黨委、紀檢監察、老幹部工作和社會治安綜合治理及計畫生育工作。
2、衛生法制與監督股
貫徹執行有關衛生方面的法律、法規、規章、技術規範、標準，並監督執行；負責衛生法制建設、衛生執法監督和衛生行政複議工作；監督管理傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生，執行食品、化妝品質量管理規範。
3、基層衛生與婦幼保健股
研究擬定全旗農村牧區衛生、社區衛生服務的發展規劃，指導初級保健規劃的實施；研究指導提高出生人口素質工作的發展規劃、政策措施和技術標準；監督母嬰保健專項技術的實施；統籌協調健康教育工作。
4、醫政科教與中蒙醫股
研究指導醫療機構改革，擬定醫療機構的設定規劃、管理辦法和服務標準；監督醫護等專業技術人員執業標準、醫療質量標準、服務規範的實施；監督醫療機構的醫療質量和服務質量；依法監督管理血庫的供血及臨床用血質量；協助旗人民政府和有關部門對重大人員傷亡事件組織緊急救護。負責全旗中蒙醫工作管理和監督；研究擬定全旗重點醫學科技發展規劃，組織協調全旗重點醫藥科研攻關，指導醫學科技成果的普及套用工作，組織繼續醫學教育工作。
5、疾病控制股（奈曼旗愛國衛生運動委員會辦公室，奈曼旗地方病防治工作領導小組辦公室）
研究擬定全旗傳染病、地方病、慢性非傳染疾病及與公共衛生相關疾病的防治規劃和措施，組織對重大傳染病、地方病、慢性非傳染疾病的綜合防治；組織調度全旗衛生技術力量，對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、病情的發生和蔓延；承擔奈曼旗愛國衛生運動委員會和地方病防治工作領導小組的日常工作。
6、人事股
研究制定全旗衛生人才發展規劃並組織實施；指導全旗衛生系統專業技術人員的資格認定工作；負責管理局機關並指導衛生單位的人事、勞動工資、機構編制、專業技術職務評聘等工作。
7、健康教育所
制訂全旗健康教育規劃、計畫、組織指導各相關單位實施，並對其工作質量和效果進行評價。開展健康教育與健康促進的社會協作。負責全旗健康教育資料的收集、整理、儲存、交流和利用以及上級下發的健康教育傳播資料的發放。組織指導開展經常性、應急性和不同人群的健康教育活動。承擔全旗健康教育專兼職人員的業務培訓和進行業務指導。
8、新型農村合作醫療辦公室
負責全旗合作醫療的組織、協調、管理審核和監督工作，是全旗合作醫療的經辦機構。
局領導班子組成及分工
衛生局局長、系統黨委書記 肖建鈞 主持衛生局全面工作，側重分管辦公室工作。
衛生局副局長 李勝華 協助局長工作,主持旗人民醫院全面工作。
衛生局副局長 李玉梅 協助局長工作,側重分管疾病控制、衛生法制監督、結核病防治。
衛生局副局長 趙金剛 協助局長工作，側重分管醫政科教與中蒙醫、健康教育、安全生產工作。
衛生局副局長 師廣福 協助局長工作，側重分管婦幼保健工作，新型農村合作醫療工作。
衛生系統黨委副書記、紀檢書記、工會主席 孫海平 協助局長工作，側重系統紀檢、工會、扶貧和系統黨建工作。
