沿革
1949年12月31日,教廷將台灣的天主教會劃為台北監牧區、高雄監牧區兩大管區,台灣東部分屬兩個監牧區管轄。1952年8月7日,台灣的聖統制度正式建立,教廷將東部地區的花蓮縣及台東縣獨立出來,改設定花蓮監牧區,由法籍的營口教區主教費聲遠擔任監牧。1963年7月15日,教廷正式將花蓮監牧區升格為正式教區,原任監牧的費聲遠主教成為教區首任主教,領署理之銜。花蓮教區正式成立。
在歷任主教及巴黎外方傳教會等外籍修會的努力之下,使許多原住民領洗成為教友,更讓東台灣成為全台少數天主教徒較多的地區之一。1998年5月22日,教宗若望保祿二世任命卑南族的曾建次神父擔任花蓮教區輔理主教,同年8月29日正式就職,成為第一位晉升主教的原住民。