建築結構
大明孝陵神功聖德碑亭是明孝陵地下宮城的象徵性城樓，是明孝陵主建築群的引導，中間有一條甬道，穿過甬道可以登上明樓，碑亭頂部為重檐歇山式，覆蓋黃色琉璃瓦，後被太平軍摧毀，於2013年6月修復完畢。
大明孝陵神功聖德碑亭建於明永樂十一年（1413年），建築平面為正方形，因其四四方方，故南京人俗稱四方城。內有立於龜趺（又名贔屓，龍的大兒子）座上的石碑一塊，碑高8.78米。碑文由朱棣親撰，計2746字，詳述明太祖的功德，碑座、碑額雕琢瑰麗。
主體碑刻
神功聖德碑四方城中內置朱元璋第四子、明成祖朱棣為其父所立的“大明孝陵神功聖德碑”，碑座、碑額雕琢瑰麗。 馱碑的龜趺高2.08米。碑高8.78米，是南京地區最大的碑刻。
碑上主要詳述六部分內容。第一講述朱元璋生於鳳陽，為句容大族；第二他為民請願，發跡定遠；第三，定都南京，年號洪武；其四，廢除舊制，選賢唯能；其五，分封諸侯平定天下；其六銘刻朱氏貴族百人。
文物修繕
未增加屋頂的四方城2012年5月，南京明孝陵四方城開始圍擋施工，給四方城加頂的做法已經得到國家文物局批准，這樣做的目的，一是為了保護城內已經被雨水侵蝕的神功聖德碑和四壁牆體，二是為了恢復四方城的歷史原貌。預計整個工程將會持續300天左右。在此期間，為了方便遊客參觀明孝陵景區，自即日起，明孝陵大金門售票處暫時移至明孝陵石象路入口處，原開放時間不變。
中山陵園管理局相關人士表示，孝陵碑亭已經歷經六百多年滄桑，尤其是近一百年來缺少屋頂庇護之後，牆體所受損害較之前加速。
他們調研論證後認為，在將碑亭四壁牆體進行整體加固後，如果能對神功聖德碑亭頂部進行加頂保護，一方面可以徹底消除大面積雨水侵蝕給文物建築本身造成的長期損害；另一方面，增加的屋頂也將有效遮護大明神功聖德碑這一重要碑刻文物，為碑體的長久保護提供最佳條件。同時也可以還原孝陵碑亭的歷史原貌。
在孝陵碑亭現場看到，目前該片區域已開始施工圍擋。碑亭四面牆體可以看到較為嚴重的開裂現象。現場的施工人員告訴記者，由於沒有出挑檐的遮護，內外側牆體均暴露在外，長久的日曬雨淋，不僅讓牆麵粉刷層已經完全脫落，且酸雨對磚牆體及下部石基座與地面均有較大侵蝕。
增加屋頂後的四方城另外，碑亭內的文物主體——大明神功聖德碑也一直暴露在外，在惡劣的自然條件下，碑身、碑座上均出現了多處裂紋。大明神功聖德碑上的文字也都看不太清楚了。
專家們發現，早在《金陵梵剎志》中，就收錄了明人凌大德所繪的“靈谷寺勝跡”一圖。這張圖中繪有孝陵一樓，根據這張圖所繪的造型，建築為檐歇山頂的構造。據此推斷，此樓應是明樓或神功聖德碑亭中的一個。隨後又依據對現存的北京明十三陵、清東、西陵碑亭的參考，認定孝陵碑亭應為重檐歇山頂式樣。
而在判定是重檐或是單檐形式時，專家們參照了明初《中都志》所載明皇陵圖，其中的兩座碑亭均為重檐歇山。再依據北京明十三陵的建築風格，以及孝陵碑亭的實際現狀結構，專家們一致認為，孝陵碑亭應該採用重檐歇山頂的方式比較合理。
另外修繕後的孝陵碑亭的屋頂將鋪設金黃色的琉璃瓦，而這也是依據考古工作者此前在孝陵碑亭考古時發現的大量留存的此類琉璃瓦而決定的。
