前96年，塞琉古六世為了父親之死報仇，繼承其王位並與南方王系繼續內戰，他在戰場上擊敗有一半血緣關係的叔叔安條克九世，安條克九世於這次戰役中戰死，但安條克九世之子安條克十世繼承南方王系王位，內戰尚未結束。前95年，戰局逆轉，塞琉古六世被安條克十世擊敗，被迫撤離敘利亞，他退入奇里乞亞的摩普綏提亞（Mopsuestia），在那重新建立政權，據傳他在那的生活方式很奢侈。
然而當地的居民因受海盜之害所苦，無力承受塞琉古六世的揮霍，加上塞琉古六世致力於組建一支新的大軍，更使稅務沉重。終於叛亂爆發，塞琉古六世被包圍在競賽場內，最後塞琉古六世和他的人馬在競賽場內被燒死。
塞琉古六世還有四個兄弟，有安條克十一世、腓力一世、德米特里三世和安條克十二世，他們之後繼續與安條克十世進行內戰外，兄弟間也爆發戰爭。
