運動生涯
俱樂部生涯
巴爾克斯與米利甘巴爾克斯出道於阿根廷甲級聯賽，後加盟巴拉圭聯賽，2006年加盟厄瓜多聯賽，以18球榮膺厄瓜多聯賽最佳射手。2007-08賽季他曾在貝爾格勒紅星隊效力，賽季結束又回到阿根廷聯賽，加盟阿甲烏拉坎隊（胡拉坎隊或颶風隊）。
2009年租借加盟上海申花隊。申花希望他能為球隊前場攻城拔寨的箭頭人物。首場亞冠比賽，巴爾克斯就梅開二度，他的申花首演很成功。不過隨著聯賽的進行，巴爾克斯在比賽中屢屢浪費得分機會，在申花前14輪的9場比賽中，他只打進了3球。申花在聯賽中的成績也受到了影響。理所當然，巴爾克斯被外界是“水貨”，甚至有球迷專門到申花基地，拉出了讓巴爾克斯滾蛋的橫幅。而在亞冠客場與水源的比賽中，巴爾克斯更是踢失一個關鍵的點球。至此，巴爾克斯背上了更多的心理壓力。糟糕的進球率，球迷、媒體的口誅筆伐，讓巴爾克斯無法在申花立足。聯賽中途，巴爾克斯轉會到了當時的深圳隊。
2009年7月與毛劍卿和陳雷打包租借至深圳隊。到了深圳隊後，巴爾克斯就像換了一個人，共攻入17粒進球，成為了中超09賽季的最佳射手，並幫助深圳順利保級。
埃爾南·巴爾克斯離開中超後，巴爾克斯在2010年1月轉會加盟厄瓜多足球甲級聯賽球隊基多大學，轉會費超過一百萬美金，由於與半年前的評價的巨大差異，再次引起媒體關注。巴爾克斯在2010賽季表現神勇，曾一度有望獲得個人的第二個厄瓜多甲級聯賽最佳射手獎，但最後幾輪陷入進球荒，最後以22個進球位列射手榜第二位。雖然未能獲得個人榮譽，但他仍然隨隊獲得2010賽季厄瓜多足球甲級聯賽和南美優勝者杯的冠軍，巴爾克斯効力球隊兩年出場92次共打進53球，其中在聯賽出場64次打進38球。
2012年1月17日，巴西足球甲級聯賽球隊帕爾梅拉斯宣布以350萬美元的價格買下巴爾克斯70%的所有權，巴爾克斯和帕爾梅拉斯簽約三年。該隊主教練是前巴西主帥斯科拉里。轉會到巴西聯賽，巴爾克斯依然保持著很高的進球率，14場比賽打進了7球，是球隊主力射手。
而在效力格雷米奧隊兩年期間，巴爾克斯在各項賽事中打進45球，成為該隊歷史上進球最多的外援。
巴爾克斯加盟天津泰達2014賽季巴甲聯賽，巴爾克斯出場32次打入14球，排在射手榜第5位。
2015年初巴西媒體爆料稱，巴爾克斯再次收到了中超球隊的邀請，他本人也有意重回中超發展。《蘭斯體育》披露了巴爾克斯將加盟中超球隊長春亞泰的訊息，為了得到巴爾克斯，亞泰將一共支付700萬美元，包括轉會費和給巴爾克斯的兩年契約薪水。
2015年2月13日，負責巴爾克斯轉會的經紀人拉斐爾正式確認，巴爾克斯同中超天津泰達隊簽約。按照拉斐爾的說法，中國兩家俱樂部的做法是各取所需：“在巴爾克斯還沒簽約之前，兩家中國俱樂部之間達成了協定，因為兩家中國俱樂部都想要巴爾克斯，但是他們在中國又是很好的朋友，所以他們進行了溝通，巴爾克斯只是在等簽哪家俱樂部的契約。最終，天津泰達獲得了巴爾克斯。”德國轉會市場網站披露，轉會費折契約265萬歐元。
2015賽季，巴爾克斯代表天津泰達在中超聯賽中出場29次打入15個進球，高居2015賽季中超聯賽射手榜第4位，是天津泰達隊內頭號射手。
2016年2月2日，里斯本競技官方宣布，巴爾克斯加盟球隊。巴爾克斯與里斯本競技簽訂為期一年半的工作契約，並且契約中有續約兩年的選項，巴爾克斯的解約金高達6000萬歐元。
國家隊生涯
埃爾南·巴爾克斯因為出色的表現，巴爾克斯得到了阿根廷隊主教練薩維利亞的青睞，2012年8月，後者親自打來電話，告訴巴爾克斯他入選了國家隊，出戰世界盃南美區預選賽。這是他首次入選阿根廷國家隊。這位曾被申花球迷唾棄的外援，實現了職業生涯的突破。
生涯數據
| 賽季 | 俱樂部 | 號碼 | 出場 | 進球 | 國家 | 聯賽等級 | 排名 |
| 2015 | 天津泰達 | 9 | 29 | 15 | 中國 | 1 | 13 |
| 2014 | 格雷米奧 | - | 32 | 14 | 巴西 | 1 | 7 |
| 2013 | 格雷米奧 | 28 | 37 | 9 | 巴西 | 1 | 2 |
| 2012 | 帕爾梅拉斯 | 29 | 15 | 8 | 巴西 | 1 | 18 |
| 2009 | 深圳佳兆業 | 45 | 14 | 14 | 中國 | 1 | 12 |
| 2009 | 上海申花 | 9 | 14 | 3 | 中國 | 1 | 4 |
| 2003/04 | 競賽 | - | 0 | 0 | 阿根廷 | 1 | 12 |
| 2003/04 | 競賽 | - | 0 | 0 | 阿根廷 | 1 | 8 |
| 2002/03 | 競賽 | - | 0 | 0 | 阿根廷 | 1 | 6 |
| 2002/03 | 競賽 | - | 0 | 0 | 阿根廷 | 1 | 11 |
獲獎記錄
埃爾南·巴爾克斯厄瓜多足球甲級聯賽金靴獎：2006
中國足球協會超級聯賽金靴獎：2009
厄瓜多足球甲級聯賽冠軍：2010
南美優勝者杯冠軍：2010
社會評價
無論在帕爾梅拉斯隊還是格雷米奧隊，巴爾克斯一直保持著相當不錯的進球效率。（網易體育）
巴爾克斯入選了阿根廷國家隊，對於朱駿來說，這是一種莫大的傷害。對於中國足球來說，巴爾克斯應該給我們帶來更多思考，中超球隊如何選擇外援，是一門很大的學問。（網易體育）
轉會記錄
（註：轉會費單位為萬歐元）
| 開始日期 | 契約到期 | 轉會性質 | 轉會費 | 轉出球隊 | 轉進球隊 |
| 2009-07-14 | 2009-12-31 | 租借 | 上海申花 | 深圳紅鑽 | |
| 2009-01-01 | 2009-07-14 | 租借 | 83 | 未知 | 上海申花 |
參加比賽
| 賽事 | 時間 | 代表球隊 | 比分 | 對手 | 首發 | 出場 | 進球 | 得牌 | 詳情 | |
| 葡超 | 04-10 03:45 | 里斯本競技 | 3 - 1 | 馬里迪莫 | 否 | 0’ | 0 | 詳情 | ||
| 葡超 | 04-05 04:00 | 里斯本競技 | 5 - 2 | 比蘭倫斯 | 否 | 7’ | 0 | 詳情 | ||
| 葡超 | 03-20 02:30 | 里斯本競技 | 5 - 1 | 阿魯卡 | 否 | 30’ | 0 | 詳情 | ||
| 葡超 | 03-13 02:30 | 里斯本競技 | 2 - 1 | 伊斯托里爾 | 否 | 0’ | 0 | 詳情 | ||
| 葡超 | 03-06 04:45 | 里斯本競技 | 0 - 1 | 本菲卡 | 否 | 0’ | 0 | 詳情 | ||
| 葡超 | 03-01 04:00 | 里斯本競技 | 0 - 0 | 甘馬雷斯 | 否 | 7’ | 0 | 詳情 | ||
| 葡超 | 02-09 03:00 | 里斯本競技 | 0 - 0 | 里奧阿維 | 否 | 29’ | 0 | 詳情 | ||
| 中超 | 10-31 15:00 | 天津泰達億利 | 1 - 1 | 重慶力帆 | 是 | 90’ | 0 | 詳情 | ||
| 中超 | 10-25 15:00 | 天津泰達億利 | 4 - 0 | 北京國安樂視 | 是 | 90’ | 0 | 詳情 | ||
| 中超 | 10-17 19:35 | 天津泰達億利 | 0 - 2 | 廣州恆大淘寶 | 是 | 90’ | 0 | 詳情 | ||
| 中超 | 09-27 19:35 | 天津泰達億利 | 0 - 1 | 廣州富力 | 是 | 90’ | 0 | 詳情 | ||
| 中超 | 09-19 19:35 | 天津泰達億利 | 4 - 1 | 上海申鑫 | 是 | 90’ | 0 | 詳情 | ||
| 中超 | 09-13 19:45 | 天津泰達億利 | 1 - 1 | 江蘇蘇寧 | 是 | 90’ | 0 | 詳情 | ||
| 中超 | 08-23 19:35 | 天津泰達億利 | 0 - 0 | 遼寧盤錦宏運 | 是 | 90’ | 0 | 詳情 | ||
| 中超 | 08-15 19:00 | 天津泰達億利 | 2 - 2 | 長春亞泰 | 是 | 90’ | 1 | 詳情 | ||
| 中超 | 08-12 19:35 | 天津泰達億利 | 1 - 1 | 石家莊永昌 | 是 | 90’ | 1 | 詳情 | ||
| 中超 | 07-24 19:35 | 天津泰達億利 | 1 - 3 | 山東魯能 | 是 | 90’ | 1 | 詳情 | ||
| 中超 | 07-19 19:35 | 天津泰達億利 | 3 - 4 | 貴州人和 | 是 | 90’ | 2 | 詳情 | ||
| 中超 | 07-16 19:45 | 天津泰達億利 | 1 - 2 | 上海上港 | 是 | 90’ | 1 | 詳情 | ||
| 中超 | 07-11 19:35 | 天津泰達億利 | 1 - 1 | 上海綠地申花 | 是 | 90’ | 1 | 詳情 |
