歷經洪武、永樂、成化、弘治等擴修、擴建，基本形成現存孔廟的規模，並為後人留下了著名的洪武、永樂、成化、弘治四通御製巨碑。
洪武碑
立於洪武四年（公元1371年），是朱元璋“為祀岳、鎮、海、瀆，免祀雜神，專崇孔子”之御碑。碑文道：“朕奮起布衣，以安民為念，訓將練兵，平定華夷，大統以正，永為治之道，必本於禮。”又說：“孔子善明先王之要道，為天下師。”其政治用意，不言而喻。
永樂碑
為朱元璋第四子朱棣所立，永樂十五年（公元1417年）重修曲阜孔廟，朱棣便親自寫下了這幢御製孔子廟碑文，讚揚孔子“參天地、贊化育、明王道、正彝倫，使君君、臣臣、父父、子子、夫夫、婦婦，各得以盡其份”。命有司維修孔廟，“撤其舊而新之”。以期“作我士類、世有才賢，佐我大明，於萬斯年”。同時炫耀朱元璋尊孔之盛舉。
成化碑
明憲宗御製重修孔子廟碑。成化四年（公元1468年）立，龜趺螭首，碑文說“天不生孔子……萬古如長夜”，“天生孔子，實所以為天地立心，為生民立命，為往聖繼絕學，為萬藝開太平者也”，“孔子之道在天下，如布制菽粟，民生日用不可暫缺。”
弘治碑
立於弘治十七年（公元1504年），因碑文中有“金元入主中國，綱常掃地之時”一語，招惹清乾隆皇帝不悅，遂將碑亭拆掉，只剩龜趺孤碑了。
這四幢碑均用正楷書寫，結體方整，書法見勁，展現著漢字的獨特魅力，因而它們也備受中外書法愛好者的青睞。
這些石碑歷經風雨滄桑，傲然挺立在孔廟院內。這些石碑不是在當地造的，而是從北京西山運來的。當時交通運輸不發達，數九寒天，人們往地上潑水，使地面結冰，然後畜拉人推，滾滑而行，積幾年之功才運到孔廟。所以這些石碑積聚了統治者的良苦用心和勞動者的勤勞智慧。
