主要職能
一、組織擬訂促進國內市場體系建設和城鄉市場發展的規章和政策，推動統一、開放、競爭、有序的現代市場體系的建立和完善。
二、研究制定國內市場發展戰略，組織擬訂國內貿易發展規劃；指導大宗產品批發市場和汽車等重要商品的流通服務體系建設；推進各類商品市場的標準化建設；協助有關部門指導國內期貨市場的發展。
三、研究提出引導國內外資金投向市場體系建設的政策，規範商業領域投資的市場準入程式，組織實施中央財政性資金安排的市場體系建設重大投資項目，核准外商投資商業領域項目的可研、立項。
四、促進城市商業健康、有序發展，指導城市商業網點規劃制定、實施和社區商業建設，規範城市大型商業項目和流通基礎設施建設。
五、加強農產品市場、冷鏈物流等基礎設施建設，促進產銷銜接和農超對接工作，推進農村市場體系建設和改造升級，培育和發展農村市場；擬訂拓寬農產品加工、銷售渠道，改善農村商業設施，拉動農村消費等相關政策；組織實施農村連鎖經營，建立現代流通網路體系。
六、擬訂汽車（新車、二手車）流通政策並組織實施，按有關規定對汽車流通行業進行監督管理，指導報廢汽車管理工作，負責老舊汽車更新工作，規範汽車、建材市場。
七、承辦部領導交辦的其他事項。
機構設定
司 長：王炳南
副司長：曹德榮
副司長：鄧 立
副司長：開哇（掛職）
副巡視員 ：許波（西藏掛職）
市場體系建設司下設6處，分別是：綜合處、發展規劃處（簡稱規劃處）、城市商業處（簡稱城市處）、農村市場處（簡稱農村處）、工業品流通處（簡稱工業品處）、農產品流通處（簡稱農產品處）。
