邏輯經驗主義把一切關於哲學世界觀的問題當作“形上學”而加以拒斥,片面誇大方法論的形式方面,是不可取的。亞里士多德的《工具論》和《形上學》是有關哲學科學方法論的重要著作。現代意義上的哲學方法論隨著近代自然科學的興起和發展而被提到顯要的地位。F.培根推崇經驗歸納法,笛卡兒提出理性演繹法。以後形成了以洛克和休謨為代表的經驗主義方法,以斯賓諾莎和萊布尼茨為代表的唯理論方法。但在19世紀以前,由於整個自然科學還處於蒐集材料的階段,哲學方法論總的來說是形上學的。康德首先打破了形上學思維方式,黑格爾創立了唯心辯證的方法體系。馬克思主義的哲學科學方法論既是唯物的,又是辯證的,是兩者的有機統一。
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