回王家族的初始
根據《哈密回王史料》中的記載，傳說在公元1605年，阿拉伯的伊斯蘭最高組織第三次派出先驅者（前兩次都失敗了）木罕買提夏和加（和加按照任繼愈主編的《宗教詞典》的解釋，是指波斯文“Khwaja”的音譯，也叫“和卓”、“火者”、“霍扎”等，意思是“顯貴”或“富有者”，也是伊斯蘭教對聖裔和學者的一種尊稱。）率領維吾爾族教兵1千多人在哈密五堡的布古爾橋附近同當時的蒙古族統治者卡兵進行了戰爭，戰爭持續了一年多，雙方都有很大的死傷。在一次蒙古頭目帶領部分衛兵到布古爾橋西的杜灣井觀察戰情的時候，木罕買提夏和加事先知道了訊息，於是派兵埋伏在橋下和附近的山洞，等蒙古人來到橋上的時候發起突然襲擊，當場擊斃蒙古頭目，其餘的蒙古兵一部分投降，一部分逃往西藏。投降的蒙古人在二堡的阿克喬卡衣地方舉行集會，歡迎木罕買提夏和加，皈依伊斯蘭教。之後蒙古人和維吾爾人會合，擁護木罕買提夏和加進入哈密城，推舉他為哈密的“阿奇木伯克”。
這個傳說有不盡真實的地方，據《哈密王族家譜》的記載，木罕買提夏是禿黑魯帖木爾（成吉思汗的第七世孫，察合台汗國王，是第一位信奉伊斯蘭教的蒙古汗王）的第七世孫，他從伊犁來到哈密後，受到當地維吾爾的擁戴，成為該地的首領。木罕買提夏和加依靠伊斯蘭教在哈密立足，建立起伊斯蘭教政教合一的統治。至於傳說他是來自阿拉伯的聖裔（伊斯蘭教的聖裔有兩種說法：一是指穆罕默德德後裔，一是指阿布·伯克爾、歐麥爾、奧斯曼三位哈里發的後裔），估計是他為加強自己的威望而編造的謊言，就如同漢人做了皇帝後常常會編造自己出生時的祥瑞以證明自己是天之所命一樣。木罕買提夏和加做了哈密的統治者後，曾在王府鐫刻了一塊石碑，上面鐫刻的漢譯文中稱自己是“穆罕默德的聖裔”，木罕買提夏和加之後，他的兒子額貝都拉繼續標榜自己是聖裔，待其家族在哈密的統治地位穩固下來後，雖然不再反覆標榜自己的聖裔身份，但仍然認為自己的家族是有著高貴血統的“白骨頭”，非王族的人都是“黑骨頭”。為了維護其神聖不可侵犯的地位，回王家族不與非王族的“黑骨頭”通婚。
在木罕買提夏和加執政期間，哈密屬於葉爾羌汗國的統治，葉爾羌汗阿布杜拉曾遣使向清朝進貢。但是準噶爾蒙古勢力強盛，經常派兵侵掠哈密。木罕買提夏和加率領哈密人同準噶爾部進行戰鬥。公元1668年，木罕買提夏病逝，其子額貝都拉繼位，成為這一家族的第二位首領，也是哈密回王家族的第一代的回王。
世襲封建領主地位的建立
額貝都拉繼位後十年，即公元1678年，葉爾羌汗國被準噶爾汗國所滅，哈密地區轉屬於準噶爾汗國所統治。康熙十八年（公元1679年），噶爾丹派屬下侵占哈密。由於準噶爾汗國的統治比較殘暴，剝削嚴重，激起了哈密地區的維吾爾族人的強烈怨恨和反抗。當時入主中原地區的清朝還未能統一全國，新疆還處於準噶爾汗國的統治之下，這兩大勢力之間已經開始衝突。公元1696年的昭莫多大戰，準噶爾的噶爾丹大敗，清朝的實力開始強過準噶爾蒙古。這時候，額貝都拉見噶爾丹已勢窮力竭，行將敗亡，審時度勢，決定倒向清朝。
現在看來，額貝都拉是個富於政治遠見也有所作為的人，據《清聖祖實錄》載，昭莫多戰役後，額貝都拉“遣人進貢來降”。 《親征平定朔漠方略》中載當時的清朝川陝總督吳赫的奏摺說：“哈密回子頭目額貝都拉達爾汗白克，差回子阿林伯克，齎奏章及進貢獨峰駝一頭，馬二匹、駱駝八頭、小刀一柄，誠心歸投皇上等因到臣……誠心向化來降……”。額貝都拉給清朝的上書，措辭極為恭敬，說“臣等白帽之族，自古以來，皆系皇上之人，向來進貢受賞”。針對當時清朝和準噶爾汗國之間的爭鬥，他在看到噶爾丹的日益窮蹙後積極向清朝表白：“若噶爾丹來，臣等相機竭力擒之；若聞聲息，陸續奏聞”。當時清朝康熙帝見其誠心內附，特賜給蟒袍、貂帽、金帶等物。
清康熙三十六年（公元1697年）初，額貝都拉向清朝報告噶爾丹的動態。在噶爾丹食物斷絕派遣其子塞卜騰巴爾珠爾擄掠巴里坤的時候，額貝都拉立即派遣長子郭帕白克帶領三百兵生擒噶爾丹之子及其部屬，押送北京。康熙對此大為高興，認為是“天之所賜”（《清聖祖實錄》）。但此時，額貝都拉的哈密受到了準噶爾的策妄阿喇布坦的威脅與壓力，為此，額貝都拉上書請求“請敕理藩院，移文青海諸台吉及策妄阿喇布坦，諭以哈密既已歸誠，勿得侵攏”。在策妄阿喇布坦的威脅與日俱增的情況下，為了獲得清朝的有力保護，額貝都拉上書清朝，“祈皇上降敕，使勿害臣，給臣敕印……更懇移回子屯於肅州……使臣地聲息，得時至聖上之前”（《清聖祖實錄》）。
據 《大清一統志》 載，清廷接到額貝都拉的上書請求後，認為（額貝都拉）“誠心向化”，為“以示鼓勵”，授予額貝都拉為哈密地方的“”札薩克一等達爾汗，頒札薩克印，賜紅纛，哈密地方按照蒙古的例子“以旗編其所屬”，對於移駐肅州的請求也答應了。至此，額貝都拉成為清朝正式冊封的地方長官，哈密與清政府之間正式建立了臣屬關係。從此，哈密不再懼怕準噶爾的威脅，而清政府也獲得了進軍天山南北的鞏固基地，占有了新疆的東大門。
額貝都拉家族在哈密地方的世襲統治地位正式確立後，所管轄的領地東起星星峽，北至伊吾，西到了墩，在此範圍內的維吾爾成為額貝都拉家族的屬民，其家族對管轄內的人有使用甚至販賣的權力，成為哈密地方的封建領主。此時，雖然額貝都拉尚未被清朝冊封為王，但他是最早接受清廷冊封的新疆維吾爾封建領主，其家族統領哈密233年的基業從此開創，所以習慣上一般稱他為第一代哈密王。
據《親征平定朔漠方略》的記載，額貝都拉歸附後，由於清政府對維吾爾的宗教社會等狀況不了解，認為“回子風俗，與蒙古無異”，所以，清朝在哈密地方實施了蒙旗的盟旗制度。這也是因為當時清朝和準噶爾之間尚處於戰爭狀態，這種制度有利於戰爭態勢所決定的。康熙三十七年(公元1698年)，清廷委派理藩院郎中布爾賽來哈密清查人戶，編旗入籍。 《藩部要略》 載哈密地方札薩克以下設立管旗章京一名，參領(轄5佐領)、佐領(轄300人)若干名，此外還有驍騎校等，完全如同蒙旗的制度。額貝都拉的屬下按照各部落編為旗隊，額貝都拉成為一等部長，享受俸祿執掌國印。他的兒子郭帕白克、白奇白克被封為二等部長，協助辦理旗務。
除了旗制，清朝還曾在哈密地方實行了中原的保甲制度。《清高宗實錄》就有“哈密、吐魯番，皆仿內地之例，十家設一甲長，尋緝稽查”的記載，這也是清朝為了加強對哈密地區維吾爾人控制的一種手段。
旗制的實行，難以適應哈密地區維吾爾人社會的實際情況。由於當地人普遍信仰伊斯蘭教，《古蘭經》是指導當地人政治、經濟、文化、生活習俗等各方面的一切行為的準則，因此，在旗制施行的過程中，清政府和額貝都拉家族都根據實際情況，對這一制度進行不斷的調整。
康熙三十七年冬，額貝都拉奉詔入京陛見時，按照布爾賽的建議，貢品中除準備了小刀、大布、鹿角、梧桐鹼、羊羔皮等土特產品外，還準備了數十個哈密特產的上等甜瓜。額貝都拉進京路線大體是從哈密城出發，經黃田、沁城、廟爾溝、明水出新疆，然後經馬鬃山、內蒙額齊納旗、包頭、大同，然後進京。他們經50多日夜，終於平安到達京師，馱運之瓜除少數損耗外，大部分仍然完好如初，額貝都拉和布爾賽等都十分驚喜，以為是這皇恩浩蕩，神祗保佑才出現的奇蹟。元旦朝宴上，康熙帝和群臣們品嘗之後，大加讚嘆，並賜名“哈密瓜”。據清《回疆志》記載：“自康熙初，哈密投誠，此瓜始於貢，謂之哈密瓜”。此後，“貢瓜年年渡盧溝”成為定例，而哈密瓜遂名聞遐邇。後來的光緒年間進士、翰林院編修宋伯魯在《食哈密瓜》詩中，對此有記載：龍磧漠漠風轉沙，胡駝萬里朝京華。金箱絲繩慎包匭，使臣入貢伊州瓜。上林珍果靡不有，得之絕域何其遐。金盤進御天顏喜，龍章風藻為褒嘉。
額貝都拉於康熙四十八年（公元1709年）去世後，其長子郭帕白克按照清廷的命令承襲了他的職務。
郭帕白克襲爵後僅在位兩年便去世，他一生中值得在史書上大書一筆的就是以三百兵擒噶爾丹之子塞卜騰巴爾珠爾及其部屬這件事情，此外無大建樹可言。死後，其子額敏於康熙五十年（公元1711年）襲位後，是為第三代哈密回王，次年即去北京朝覲。
額敏繼位後四年，即康熙五十四年（公元1715年），哈密與臨近的準噶爾蒙古之間因清朝力量的鉗制而形成的十多年間相安無事的平靜局面被打破。是年四月，策妄阿喇布坦派兵掠占哈密回城西北地區。當時清朝在哈密僅有少量軍隊，而且疏於防範，遂被策妄阿喇布坦長驅直入，攻到哈密城下，並開始圍攻城池。根據《平定準噶爾方略》的記載，這次戰役策妄阿喇布坦派兵2千，而清方僅有2百綠營兵。在額敏及其屬下的維吾爾人的大力支援下，清游擊潘至善率軍擊敗了蒙古人，殺90人，擒3人。此役後，清朝拿出“孥銀一萬五千兩，齎往哈密，賜伯克額敏，游擊潘至善……”，大力犒勞眾回人。並決定在離哈密一日路程的塔勒納沁（即沁城）駐紮一支部隊，同哈密相互聲援。康熙帝還因“哈密為策妄阿喇布坦所侵”，擔心當地人生活困難，於是命令甘肅巡撫“遣官運送米、糧、牛、羊往賑”。
此後，清朝改變守勢，增加在哈密的駐軍，準備對付厄魯特蒙古，但是軍糧的供給成了問題。為扭轉軍糧供應不暢的局面，清朝開始籌劃在哈密屯田。額敏積極回響清朝的這一計畫，開始率所屬的維吾爾人在沁城屯田，後因沁城不適宜農作物生長，移屯吐魯番。但額敏以在吐魯番不服水土為由，又申請帶領4百名回人回到沁城繼續屯墾，為清軍提供軍糧。
因為額敏屯田有功，雍正五年（公元1727年），清政府晉封額敏為鎮國公，並賞銀1千兩，額敏的屬下也獲得了賞賜。雍正七年（公元1729年），額敏又被晉封為固山貝子。
雍正十年（公元1732年），準噶爾蒙古色布騰策零那木札爾率兵6千侵擾哈密，清軍反擊時額敏率所部回人積極協助。由於清軍和維吾爾人的合作，很快打退準噶爾人的進攻。額敏在此次又立功，雍正帝對其下諭嘉獎，並賞銀1萬兩，其部下收城拒敵者也賞銀5千兩。
此時清朝對額貝都拉家族也並非完全信任，清朝對額貝都拉家族的態度基本上是加以利用但有所防範，這可從《清世宗實錄》記載的雍正帝的話中看出。雍正帝說：“哈密回子之不可信，由來已久，亦當諒其苦情。蓋其力量微弱，遭準噶爾之凌虐……我軍固不可不留意提防，然不可使彼有疑懼之心。我之軍力，能庇護哈密，哈密自不為賊所利用”。其實雙方都是一種利用的關係，哈密利用清朝的力量來保全自己不受準噶爾蒙古的威脅和侵略，而清朝則利用哈密作為基地來反擊準噶爾並統一新疆。但是哈密在額貝都拉家族的領導下，雖然幾經艱難，卻始終倚重清朝，也可說清朝對哈密維吾爾人所採取的政策是很成功的。
回王家族的發展
清乾隆五年（公元1740年），額敏去世。他死後，清廷任命其子玉素甫照例襲封為鎮國公。這一時期哈密處於相對無事的和平時期，清軍的屯田也能保證自給，因此，玉素甫繼位的前幾年較為平靜。乾隆十年（公元1745年），清廷封玉素甫為貝子。
乾隆二十二年（公元1757年），新疆地區爆發了大小和卓木的叛亂，為鎮壓叛亂，清軍進軍南疆。對玉素甫來說，協助清廷鎮壓叛亂是一個很好的立功表現的機會，於是他給清廷上書，請求帶領屬下回兵百名隨清軍大隊效力，乾隆帝對此甚喜，下旨嘉獎，準許了他的請求。由於額貝都拉家族是回疆望族，尤其是在南疆的維吾爾人中間有一定的號召力，清政府任命玉素甫為領隊大臣，並決定“若取庫車、阿克蘇等城……玉素甫為人誠實……可於二城內，擇何處最要，即令駐紮”，以期“堅新附之心，亦資以聯絡台站”（見《清高宗實錄》），表露出對玉素甫的一定的信任。由於在庫車攻戰中表現出色，清廷還賞賜玉素甫緞六匹，並“交部議敘”。在此後的軍務處理中，玉素甫表露了一定的能力，贏得了乾隆帝的滿意，遂被“加恩給與貝勒品級”。
此後，據《清高宗實錄》的記載來看，清政府對玉素甫的信任與日俱增，派他駐守通往喀什噶爾的要地烏什，從他手下的維吾爾人中挑選得力人員做清軍密探，在收複葉爾羌和喀什噶爾後，乾隆帝還因為這兩個地方的重要而有意派玉素甫管理喀什噶爾。乾隆二十四年（公元1759年）九月，玉素甫被加恩封為貝勒，一個月後又被加恩賞給郡王品級。
大小和卓木叛亂被平定後，玉素甫去北京朝覲，清廷招待優厚，僅乾隆二十五年（公元1760年）三月便三次賞賜，而且他的弟弟阿布都拉也被授為烏什阿奇木伯克（是伯克制中各伯克中權位最高的管理政府事務的伯克）。回到哈密後，休息了一段時間，玉素甫即被派往喀什噶爾，授為參贊大臣。乾隆帝對玉素甫的信任可從乾隆二十八年（公元1763年）對駐南疆大臣奏請因災豁免緩徵維民錢糧和補授伯克兩折中的御批中略知，乾隆帝認為“玉素甫，乃朕舊仆，且現為參贊大臣，非他人可比，理應會同辦理……嗣後一切事件，俱會同辦理，無庸迴避”（見《清高宗實錄》）。
但此後不久，乾隆三十年（公元1765年），因為玉素甫的弟弟阿布都拉侵吞回人銀兩、壓榨欺壓百姓而引發了烏什起義，乾隆對此大為惱怒，明令“豈可以其為玉素甫之弟，遂從寬貸”，“即阿布都拉，亦當明正典刑”。同時，也警告了玉素甫，令其“留心體察，約束下人，斷不可失於防範，以致自貽伊戚”。玉素甫也害怕會因為弟弟而危及自身，上書清廷認為阿布都拉滋事是因為自己沒管教好，請求將自己“交部嚴加議處”，不過清廷並沒有追究他的責任，對其要求是“加恩免其交部”。雖然清廷寬待了他，但玉素甫仍感到了打擊，並因此致病，為此乾隆派人探視並加恩賞藥。不久，可能是為了重獲清廷的信任欲表白自己，玉素甫抱病起程，再次進京朝覲，但於乾隆三十一年（公元1766年）行至山西靈石的時候病故。清廷聞知賞銀5百兩治喪，令沿途各處細心照料運送其遺體返回哈密，托駐哈密官員宣乾隆帝諭旨賜奠。在返程時，玉素甫的長子伊勒巴喇伊木又出天花病死，清廷又賞銀5百兩。
對玉素甫，清政府給以很高的評價，並繪像紫光閣，列五十功臣中，據《西域圖志》載給其贊語為：“領隊大臣哈密郡王品級貝勒玉素甫：筠中望族，作藩伊昔，以通回情，軍咨是擇。六城既納，二豎焉逃。共鎮烏什，犬不夜嗥。”
玉素甫死後，次子伊薩克因年富力強，而被清廷著意培養，於次年承襲郡王級札薩克多羅貝勒，在乾隆三十八年（公元1773年）攜帶眷屬被清廷派往伊犁跟隨伊犁將軍舒赫德學習，授職為領隊大臣，管轄伊犁維吾爾人屯田事務，哈密交由他的弟弟厄默特管理。伊薩克在伊犁學習了三年，乾隆四十一年（公元1776年）返回哈密。四年後他也染上了天花病故，清廷著意培養他一番，他還沒來得及施展報答清廷的栽培。乾隆帝評價他“老成謹慎”，並賞銀3百兩治喪。
伊薩剋死後，長子額爾德錫爾承襲郡王級札薩克多羅貝勒，清廷專門下諭旨說：“哈密……皆國家世仆……如哈密郡王品級貝勒額爾德錫爾之始祖額貝都拉，歸誠以來已歷數世，額爾德錫爾之祖玉素甫，在軍營勤勞懋著……著加恩將額爾德錫爾……現襲之……封爵，出缺時不必降等，俱著世襲罔替，以示朕優恤回部世仆之至意”。
額爾德錫爾在其在位期間，先後於乾隆五十五年（公元1790年）、乾隆六十年（公元1795年）、嘉慶七年（公元1802年）、嘉慶十四年（公元1809年）四次入京朝覲，每次都受到優待，乾隆帝賞賜給他黃馬褂和雙眼花翎，還特旨加恩在按成規需減其護衛官員的時候命令保留他的護衛官員數目。
嘉慶十八年（公元1813年），額爾德錫爾病故，清廷賞銀3百兩治喪。他死後，其子伯錫爾承襲爵位。
回王名號的正式確立及遭受的重大打擊
伯錫爾繼位後數年間，哈密地區基本處於無事狀態。自嘉慶二十五年（公元1820年）後，因張格爾亂起，清廷又開始在新疆用兵。伯錫爾效仿其先輩，積極組織人力車馬為清軍運送軍用物資，並派弟弟扎薩克伯克納孜爾隨清軍效力，得到了道光帝的諭旨嘉獎。道光七年（公元1827年）清廷平定張格爾後，嘉獎了伯錫爾兄弟：伯錫爾被賞白玉翎管一個、白玉搬指一個、顧繡蟒袍一件、大卷八絲緞兩匹，扎薩克伯克納孜爾被賞戴花翎、小卷五絲緞兩匹。
三年後，浩罕國入侵南疆，伯錫爾聞知訊息，請求自己帶領三百回民赴清軍大營效力。考慮到前方兵力充足，加上哈密到喀什噶爾路途遙遠，所以清廷沒有批准他的請求。但是伯錫爾還是積極籌備了一千輛牛馬車送至吐魯番供清軍使用。在清政府對其所供車輛按例發給腳價後，伯錫爾又準備了馬三百匹、羊一千隻要求呈現清廷。對伯錫爾的表現，清政府又加恩賞給大緞兩匹，並交理藩院議敘。
自1820年清政府在新疆用兵以來，因為伯錫爾在軍需方面出力甚多，清政府遂於道光十一年（公元1831年）十二月予其“優敘有差”，次年十二月又予其“紫禁城騎馬”，隨後晉封其為郡王（據《哈密志》。此前一直為郡王銜貝勒，至此正式受封為郡王，也是額貝都拉家族第一位名實相符的回王）。
伯錫爾在哈密有很大的權勢，加之清政府對其信任有加，所以他肆意不法，欺壓軍商民紳各色人等，引起下層的極大的不滿。道光二十五年（公元1845年），發至新疆效力的林則徐在哈密堪田時，數百人攔路狀告伯錫爾。伯錫爾聞知後心生害怕，急忙表現自己，將自己的萬畝耕地捐獻充公。清政府雖然對伯錫爾有所不滿，但因其有功，並未深究。鹹豐四年（公元1854年），伯錫爾請求捐銀五千兩充軍需，但清廷沒接受。鹹豐十年（公元1860年）清政府賞其紫韁並在御前行走。同治三年（公元18**年），清政府在哈密開渠屯田，伯錫爾積極協助，並“捐辦渠工”、“接濟防堵鹽糧”，清政府以此功勞，賞其親王銜。同年，庫車爆發維吾爾農民起義，起義勢成燎原，遂變成18**年新疆各族大起義。
起義初期，風暴未波及到哈密，伯錫爾還可以約束屬民。但隨著起義浪潮不斷的向哈密逼近，伯錫爾的憂慮越來越大，據《清穆宗實錄》載，為防止起義軍攻打哈密，伯錫爾命令所屬各城台吉、伯克等，“竭力報效，殺賊立功”。當時清廷一方面要求伯錫爾組織回兵配合清軍鎮壓起義軍，同時也擔心哈密地方不穩，特下諭旨命伯錫爾議成回文往各處宣示，防止哈密維吾爾人回響起義者。
但是即便是這樣，起義的浪潮還是席捲到了哈密。據《清穆宗實錄》載，同治三年（公元18**年）十月乙亥，起義軍攻破烏魯木齊滿城和瑪納斯城後，哈密地區的漢回族人“乘勢變亂，將關廂等處焚掠”。清政府駐哈密官員和伯錫爾迅速行動，派清軍和回兵鎮壓起義。清廷對此表示滿意，但又擔心不能徹底鎮壓起義，於是命令駐哈密官員和伯錫爾合力剿捕，務必將起義徹底鎮壓下去。在鎮壓起義的行動中，伯錫爾表現很令清廷滿意，遂賞其黃韁。
接著，哈密吐葫蘆地區也爆發了回民暴動，暴動者劫掠稅局後，又向塔勒納沁（今哈密沁城）進攻。伯錫爾派出維吾爾士兵會同清軍一起，將暴動鎮壓下去。
之後，哈密的局勢平靜下來。考慮到哈密能夠自保，而古城（今奇台）被圍形勢危險，清政府遂命哈密辦事大臣扎克當阿和伯錫爾派兵隨同色普詩新西剿，接應古城。
次年（公元1865年），烏魯木齊的妥明起義軍進攻哈密，同哈密的漢回族人緊密配合，一舉攻下哈密，並以此為據點向巴里坤進攻，但在據守清軍的打擊下，幾次均告失敗。
哈密被起義軍攻破後，伯錫爾逃了出去，同治五年（公元1866年）七月，在清軍的猛攻下，伯錫爾率領回兵配合清軍收復了哈密。同時，為了迎接大隊清軍出關剿判，伯錫爾還資助軍費白銀五千兩。
但是好景不長，同治六年（公元1867年），哈密再次被起義軍攻破，伯錫爾再次逃掉。由於起義軍攻下哈密後只顧搶掠財物，在清軍的反攻下很快退卻，再被收復。同年底，起義軍攻至了墩，伯錫爾派清軍和維吾爾士兵前去圍剿，未料維吾爾士兵陣後倒戈，清軍腹背受敵遂至大敗。伯錫爾得到訊息後，急忙派人去巴里坤請求清軍增援，自己親率2千回兵同起義軍決戰，但寡不敵眾，起義軍敗伯錫爾於哈密，並生俘伯錫爾。起義軍以《古蘭經》、同為穆斯林誘降伯錫爾，但他不為所動，罵賊不屈而死。清廷聞知上下甚為哀慟，在哈密為他立祀建陵。
這次起義給哈密的封建統治以巨大的衝擊，不僅伯錫爾本人被殺，王府的統治機構也被毀壞殆盡，在回王統治下的窮苦人民趁機逃脫控制。據《平定陝甘新疆回匪方略》載，“纏回先有二、三萬口，今只存二、三千口”。
同治六年（公元1867年），伯錫爾之子邁哈默特襲爵。邁哈默特身有殘疾，雖然下肢癱瘓，但頭腦尚清晰，維吾爾族人稱他為“白汗親王”，漢族人稱之為“癱王”。邁哈默特雖然襲爵為王，但是實際權力卻掌握在伯錫爾的福晉邁里巴鈕手中。
此時，新疆的起義浪潮方興未艾，哈密地區始終處於起義浪潮的漩渦中。在這種情況下，掌握哈密王權的邁里巴鈕堅持伯錫爾的政策，始終站在清政府的一邊，積極籌捐屯田，並派遣台吉率回兵參加清軍鎮壓起義。為此，邁里巴鈕被清廷封為親王福晉。
形勢的變化超出了統治者的預料，同治十二年（公元1873年），白彥虎率起義軍攻打哈密，城中堅守不住遂告失守，福晉邁里巴鈕和親王邁哈默特均被俘獲兵被押送到起義軍設在南湖的基地。邁里巴鈕雖然被俘，但是堅持不與起義軍合作，與此同時，清軍加緊進攻起義軍的南湖營壘，很快攻破。但是起義軍裹挾福晉和親王向西逃竄，清軍尾追攻擊，在了墩救出邁哈默特親王，福晉仍然落在起義軍的手裡。清廷對邁哈默特在“突遭大難”時，仍然“堅守不變”，甚為嘉尚，特賞賜他白銀2萬兩（ 《清穆宗實錄》 ）。哈密城和回王府在經過起義軍的洗劫後已是破敗不堪，哈密的“新城、老城、回城，悉為白匪蹂躪，半成瓦礫”（據秦翰才輯錄《左宗棠逸事彙編》中載《西行瑣錄》）。邁哈默特特地請求清政府賞借十年的俸銀以修補城池並另頒新的回王印信，在當時財政極端困難的情況下，清政府仍然答應了他的請求。
白彥虎逃到吐魯番後，邁里巴鈕福晉也被帶到那裡。白彥虎投靠阿古柏後，邁里巴鈕流落到輪台、阿克蘇一帶。清政府多次同阿古柏交涉索討邁里巴鈕，但阿古柏陽奉陰違。直到光緒四年（公元1878年）清軍收復了阿克蘇一帶，才救出邁里巴鈕福晉，此時距其被俘已然五年。
哈密地區在經過起義浪潮的席捲之後，經濟衰退，人民生活困苦。歷經艱辛終於回到哈密重掌權力後，邁里巴鈕為了恢復哈密地區的經濟而採取了一些列措施，恢復生產、興修水利、減輕剝削、救濟災民等，這些措施起到了一定的效果，哈密地區的經濟得到了恢復。
邁哈默特卒於哪一年史無明載，從清政府批准沙木胡索特襲爵是在光緒八年（公元1882年）（據《清德宗時錄》）來看，邁哈默特當是在1882年前的一段時間去世的。因為邁哈默特沒有子嗣，他死後伯錫爾親王福晉邁里巴鈕為王位繼承的問題曾大費腦筋，最後決定為自己的女兒招女婿來繼承王位並得到清政府的批准。因為哈密回王家族自認為是“白骨頭”的聖裔，所以不與非王族的人通婚，邁里巴鈕煞費周折找到一位王族後裔沙木胡索特來承襲王位，是為九世回王。
九世回王沙木胡索特生於1857年，原是七世伯錫爾王王府塔爾台吉的兒子，幼年因戰亂避居天山山區，由一位牧羊的老婦撫養長大。後被福晉尋來與小女兒成親，從此飛黃騰達，1882年，清廷批准由沙木胡索特承襲札薩克和碩親王位。
襲爵後的次年，因修理被戰火焚毀的王族墳墓，沙木胡索特請求清廷賞借俸銀，清政府遂批准借支十年的俸銀2萬兩。由於極善經營，僅兩年後他就向清廷“捐輸銀兩”而被清廷加賞三眼花翎，並獲乾清門行走。此後，由於對清廷表現忠貞，沙木胡索特還受到清廷的多次嘉獎。光緒二十年（公元1895年）被賞黃韁，兩年後因“捐助軍餉”又被“獎敘”，光緒三十年（公元1905年）被賞穿帶月素貂褂（據《清德宗實錄》）。
對回王統治的反抗
沙木胡索特雖然對清廷極力效忠，但是卻殘酷的剝削欺壓屬民，其統治極為殘酷，領地內的農奴農民不堪壓迫，開始起來反抗。在沙木胡索特統治時期，1907年的吐爾巴克-和加米雅斯暴動和1912年的鐵木耳起義是其中較大的兩次，小規模的暴動和起義還有很多。
1907年起義
1907年春，三道嶺煤礦發生事故，17名農奴礦工遇難，但是回王卻不給任何撫恤或救濟，激起了很大的不滿。這時，哈密回城的維吾爾人三兄弟吐爾巴克·拉吉、吐爾巴克·則里甫、吐爾巴克·夏克爾因無力繳納回王的糧稅，準備逃往四堡，經過三道嶺煤礦時遇見服役的農奴，三兄弟遂開始在人群中鼓動宣傳，很快聚集了3百多人起事。吐爾巴克向回王發出通牒，要求回王將耕地和煤礦租給農民，按期繳納賦稅，但不作無償勞動；每月只給回王服役三天，其餘的時間自由支配。同時要求這些條件要由哈密廳作保，將條件刻在石碑上立在王府門前，否則他們就不要王爺。這些要求喚起了民眾的回響，很快起事者增加到了5百多人。
與此同時，哈密城中的商人和加米雅斯和杜格買提因為受不了回王的盤剝而相互聯絡，利用伊斯蘭教義鼓動民眾反抗，也聚集了一批人。和加米雅斯等人向哈密廳控告回王，當時的哈密廳通判陳天祿早對回王的所作所為不滿，便支持他們。回王得知訊息後，派人拿辦和加米雅斯等人，數百起事者遂開始圍攻王府，但後來遭到鎮壓。當時甘肅候補道楊增新奉清廷差遣赴新疆途中經過哈密，清廷遂指派他查辦此事。楊增新便勸回王擬定了《纏民供支回部糧差章程》，減輕了一些對屬民的奴役。
但是廣大人民仍然不滿意，鬥爭還在持續。嗣後陳天祿派毛拉惹吉擔任鄉約，毛拉惹吉同和加米雅斯、杜格買提等人聯合，要求徹底改變回王的封建領主制統治，“改土歸流”歸哈密廳管轄。沙木胡索特王得知訊息後，稟告新疆巡撫聯魁，聯魁將陳天祿撤職到省城查辦，哈密維吾爾人跟隨陳天祿到省城上告，遭到政府的逮捕。這時，毛拉惹吉和吐爾巴克這兩伙暴動者匯集到一起，上千人圍困回城，但遭到清軍的鎮壓，夏克爾等人被打死，毛拉惹吉等被捕，暴動被鎮壓下去。
新疆巡撫聯魁指示哈密地方官員會同回王審訊起事的首要分子，並由哈密通判劉潤道和巴里坤鎮總兵易盛富複審，毛拉惹吉、和加米雅斯、杜格買提被判斬決，拉吉和則里甫也被處死。陳天祿革職永不敘用，並勒令回籍，不準在新疆逗留。
這次的起義雖然最終被鎮壓下去了，但是人民的反抗並沒有停歇，數年後，一場更大規模的起義爆發了。
1912-1913鐵木耳起義
1912年，革命的浪潮席捲中國大地，遠在西陲的新疆也受波及。1月7日，伊犁革命黨人發動新軍起義，起義軍攻打清政府伊犁將軍署和副都統署所在地惠遠城。伊犁將軍志銳（光緒瑾、珍二妃的哥哥）雖然事先防範，但起義部隊很快攻下了惠遠東門，由此進城攻占了存放軍火的南庫，取得了武器彈藥的補充，從而進一步控制了整個伊犁地區的形勢。8日，成立“新伊大都督府”的政權，宣布“五族共和”。這時，時任清政府的新疆巡撫袁大化調動四方兵馬，壓境伊犁，妄圖撲滅革命烈火於初起，鎮壓起義。沙木胡索特根據袁大化的命令，立即從所屬山區徵調了牧戶2百人（一說5百人），地方官吏乘機搜刮，激起了反抗。二道溝被征的鐵木耳成了起事者的首領。
這支隊伍從王府領取槍枝後，由三堡的艾節爾巴哈海孜帶領向烏魯木齊進發，行至了墩，鐵木耳將艾節爾巴哈海孜及其副官繳械，率領起義隊伍返回二道溝。回王沙木胡索特聞訊後派人威脅鐵木耳交出槍枝，遭到拒絕後派兵前去鎮壓，卻被起義軍打敗。沙木胡索特派人攜重禮前往巴里坤請求易盛富派兵鎮壓起義，但易盛富的軍對也遭到了起義軍的伏擊，易軍大敗，易本人也被俘，被起義軍凌遲處死。鐵木爾隨即在山區建立了根據地，遊動出擊。當時吐魯番也爆發了農民起義，兩地起義軍相互聲援。
1912年清帝退位後，中國實行共和，袁大化也於3月27日在新疆宣布實行共和，但全疆起義風起雲湧，哥老會也四處殺官暴動，袁大化束手無策迫於無奈宣布辭職。東歸途中經過哈密時，袁大化倚仗兵力強大，遂與沙木胡索特密謀，派兵埋伏在南山口、石城子、小堡，然後派兵去招撫起義者，妄圖伏擊。但是起義者未中圈套，袁大化又派部下錢廣漢率軍進山剿擊，因為不熟悉地形，錢廣漢幾次用兵均告失敗。袁大化無計可施，只得留下錢廣漢繼續鎮壓，自己匆匆回關。
楊增新上台後，對鐵木耳起義軍採取安撫的措施，並利用宗教人士進行勸降。他派回族營長李壽福率領伊斯蘭教代表團進山同起義軍談判，以《古蘭經》宣示保證起義者的安全。鐵木耳同之協商後達成協定：免除一切無償徭役；保證不殺害一個起義農民；戰鬥中所沒收的回王糧食、牲畜一概不賠，並要求保證人必須有維族大寺、回族陝西大寺、肅州寺頭人參加。雙方代表懷抱《古蘭經》宣誓：“以天經為憑，決不食言，如有違反，願受安拉的處罰”，“協定書用維漢文書寫，雙方簽（蓋）章，各執一份為據”（據新疆哈密專區公安處1962年編《哈密農民暴動史料》）。
1913年3月，鐵木耳及所部起義農民160人被編為定邊馬隊第三營，鐵木耳任營長，駐防烏魯木齊滿城。但是時過不久，沙木胡索特便開始清算起義者，殺害十幾人，在哈密懸首示眾。鐵木耳聞訊情知上當，便偷運槍枝出烏魯木齊準備重新起事，但被楊增新發覺處死，部隊也被遣散驅逐到南疆各地，不許回到哈密。
至此，哈密地區規模最大的一次起義宣告失敗，沙木胡索特的專制統治依然壓在哈密地區各族人民的頭上。
末代回王的終結
沙木胡索特對清政府可謂忠心耿耿，1911年底，當時清政府已經是風雨飄零、大廈將傾之際，他還上書要求去北京朝覲，對他這份忠心，行將滅亡的清廷已是無力接受，只好以道路不暢為由拒絕所請，說“俟路通再令進京”（據《清實錄》宣統三年記載）。
轉眼間清王朝復滅，中華民國政府成立。沙木胡索特仍然保持對中央政府統治權的接受，又開始積極效忠袁世凱，還於1915年親自去北京朝覲，當時的中華民國大總統袁世凱資助他路費2千銀元。袁世凱對當時各地殘存的王公貴族也有意拉攏，於是授予沙木胡索特一等嘉禾章翎衛使，頭等扎薩克雙親王。
中華民國成立後，1912年3月15日，中央臨時政府電令新疆將巡撫改為都督，原清政府鎮迪道兼提法使楊增新，在袁世凱支持下控制了新疆軍政大權，5月18日袁世凱任命楊增新為新疆都督。沙木胡索特為了藉助楊增新的力量來維護自己在哈密的統治地位，百般巴結楊增新，不僅每年給楊送各種貴重的土特產禮物和大量的金銀財寶，還與楊增新結拜為兄弟。當時哈密地區反抗沙木胡索特的農民暴動和起義層出不窮，楊增新遂批准沙木胡索特組建騎兵營駐守哈密各戰略要地以鎮壓農民起義。但是楊增新對沙木胡索特也不是完全信任，1914年沙木胡索特要求假道俄國進京朝覲，楊增新不同意，寧可多發給沙木胡索特路費也要敦促他走甘肅大道。楊增新在自己的《補過齋文牘》中收錄的呈給中央政府的《呈擬哈密回部親王進京覲見請飭取道內地文》中說：前清乾隆時隸藩以來二百餘年，能久安輯者，實由蒙回部知識未啟所致。今該親王若由俄國進京，東西曆數千里之遙，使之睹外國文物之繁盛，輪軌之交通，器物之精良，可生艷羨。況某國夙懷遠略，若出其籠絡手段，餂以甘言，誘以小利，難保其不攜貳生心。
其對沙木胡索特的防備之心於中可見。
沙木胡索特晚年患有腦中風，嘴角歪斜、半身癱瘓，雖屢經治療，但仍不見好轉。在他病入膏肓的時候，王府大台吉建議他將庫存糧食、布匹、山裡的羊只、大量的房地產等財產拿出一部分分給窮人，以祈求安拉免除災難，但是沙木胡索特拒絕這一提議，卻想去阿拉伯“謁陵誦經”以求免除災難。因其病情過重，當時的新疆省主席金樹仁（1928年6月，北伐戰爭結束，7月1日楊增新自行就任新疆省政府主席兼總司令，7月7日被刺身亡。11月17日新疆省政務廳長金樹仁被南京政府任命為新疆省政府主席。）沒有批准。
1930年6月麥收季節，九世回王沙木胡索特病重死去。至此，額貝都拉家族自清冊封以來233年在哈密地區的統治歷史，隨著最後一位回王的死去而終結。
回王政權的徹底復滅
改土歸流
沙木胡索特死後，長期被他壓迫奴役的屬民紛紛要求“改土歸流”，歸哈密縣管轄。當時金樹仁任新疆省主席後，其主政期間財政赤字的日益擴大已導致入不敷出，頗令其傷腦筋。如果哈密施行改土歸流，其統治內的賦稅徵收就擴大了範圍，因此他有意接受這一要求。此時省政府內務部長鄧承昭（哈密人）、駐哈密師長劉希曾也上書給他提議在哈密實行改土歸流。金樹仁遂下決心，接受鄧、劉的建議，將九世回王沙木胡索特的兒子聶滋爾扣留在迪化（今烏魯木齊），任命為新疆省政府高級顧問，開始在哈密實施改土歸流。
但是金樹仁沒有考慮到回王家族在哈密統治了數百年，上下關係盤根錯節，實施改土歸流，對哈密的王公貴族的利益損害甚大。他沒有制定嚴密的策略以及周密的善後處理措施，卻橫徵暴斂，隨心所欲。為了安置他老家甘肅河州的難民，將維吾爾人的土地當作荒地分給漢民，強令維吾爾人將農具、牲畜無償借給移民使用。在徵稅問題上，對維吾爾人自1929年起征，加征一年，而對漢民卻免稅三年。這種處理激化了民族矛盾。
同時，政府派出的官員對維吾爾人窮凶極惡，肆意欺壓，還踐踏維吾爾人的風俗習慣，並揚言要民漢通婚，取消宗教，使得維吾爾人無法忍受。回王王府的舊官吏們利用維吾爾族人對政府的不滿，趁機挑撥唆使，新的起義醞釀形成。
最後的反抗
金樹仁的改土歸流政策以及金政府官員的腐敗嚴重的激化了民族矛盾，在這一形勢下，因既得利益被觸動而對金政策恨之入骨的原王府伊吾六區的總頭目阿不都尼牙孜米拉甫召集了伊吾六區的小頭目，密謀起事，並派人聯絡小堡地區頭目沙力買買尼牙孜大耳瓜，準備一同起事。
這時，駐紮在小堡的卡兵排長張國琥強娶維吾爾族女子為妻，激起了維族人的憤怒。在1931年2月27日張國琥成親的這一天，小堡鄉民起事殺死該地全部駐軍，並襲擊附近的稅卡。阿不都尼牙孜米拉甫也在伊吾起事襲擊吐葫蘆、下馬崖、鹽池稽查局，消滅全部官兵。淖毛湖地區也在當晚消滅稽查局和哨卡的士兵，並將漢族移民120多人全部殺死。起義在哈密山區全面爆發。
起義爆發後，末代回王沙木胡索特的孫子白錫爾見有機可乘，妄圖利用起義恢復回王家族的封建統治，便向起義隊伍捐獻大批金錢，王府舊官吏堯樂博斯也給起義隊伍秘密送去軍用物資。在官軍的鎮壓下，起義隊伍擔心抵抗不助，便邀請甘肅一帶回族起義軍馬仲英部進入新疆協助攻打哈密，金樹仁數次在哈密用兵均告失敗。
這時，哈密地區的起義隊伍主要由三部分組成：王府舊官吏堯樂博斯一部分、農民起義首領和加尼牙孜一部分以及甘肅來的馬仲英一部分。這三股勢力互不統屬，彼此之間頗多猜忌，難以通力合作，限制了起義的發展。但即便如此，金樹仁政權也遭到了沉重的打擊。
哈密起義作為導火索，引發了全疆的政治經濟、生活的大波動，金樹仁政權無力應付複雜的局勢，一籌莫展。
1933年，新疆爆發了政變。
在1931年“九·一八”事變後，東北抗日義勇軍與日本侵略者轉戰失利後，於1933年假道蘇聯進入新疆。據《東北抗日義勇軍在新疆》所載，前後撤入新疆的東北抗日義勇軍約3萬人。東北抗日義勇軍“擬稍事休息即續行東進入關，繼續抗日”。在第一批東北抗日義勇軍戰士於1933年3月27日抵達烏魯木齊後，金樹仁的參謀處處長陳中、新疆航空學校校長李笑天、迪化縣長陶明樾就立即接近他們，17天后，此三人就策動白俄羅斯“歸化軍”發動政變（“四·一二政變”），第二天晚上，歸化軍占領軍械局並請求抗日義勇軍支援，金樹仁部發現數千抗日義勇軍精兵參加戰鬥後，自知不是對手，因此自動撤出戰鬥，並逃亡塔城。6月12日，抗日義勇軍又協助盛世才打敗了自稱甘、寧、青三省聯軍總司令的地方軍閥馬仲英部，從而使盛世才在新疆站穩了腳根，攫取了新疆的最高權力。金樹仁被趕下台，結束了其在新疆的統治。
但是，雖然金樹仁倒台了，被金政權所廢除的哈密回王的世襲統治卻再也難以恢復了。至此，哈密回王2百多年來的統治喪失了最後的恢復希望，徹底復滅。
