專門用語
日文中經常稱廁所為「トイレ」（toire），這是從英語單字「toilet」轉換而成的外來語，另外トイレ也可指馬桶本身。與動畫的日文「アニメ」（anime）類似，トイレ也常被誤認為是來自法語的辭彙，這是因為兩者都有聽起來類似法語的尾音。還有一種較委婉的說法是「お手洗い」（otearai），中文可翻譯為「洗手間」。お手洗い實際上是指水槽。此外，中文也有的辭彙「化妝室」（keshōshitsu）在日本也是廁所之意，通常在百貨公司或超級市場的標示上可以看見，並會伴隨公共廁所的標誌符號 。
另外漢字「便所」（benjo）是最直接的稱呼方式，也十分常見。通常在國小、公眾游泳池的更衣室，以及其他的公共場所可以看到。「便所」並不會被視為不禮貌或過度直接的名稱，但還是有許多人偏好使用較為婉轉的辭彙。在許多孩童的遊戲中，出局小孩必須到特定的地方，例如一個圓圈的中間，那樣的場所也被稱為「便所」。日文還有許多其他的字詞能代表廁所，包括「廁」（kawaya）、「憚り」（habakari）等，但都較為少在一般場合使用。
馬桶在日文中稱作「便器」（benki），馬桶坐則稱為「便座」（ benza）。給小孩使用的馬通稱為「オマル」（omaru，有時寫作漢字御虎子）。
日本廁所協會將11月10日定為非官方的「廁所日」，因為11/10日文能讀做「ii-to(ire)」，又有「好的廁所」之意。
特色和使用方法
傳統的日式（和式，washiki）廁所是蹲廁 ，也被稱為亞洲廁所。這蹲式廁所的設計類似全亞洲的樣式 。大多數日本的蹲式廁所為瓷器，而然在某些情況下（如在火車上）以不鏽鋼代替。用戶蹲坐在廁所排便時，可握著把手。所有其他的固定裝置，如水箱，管道及沖廁模式，都與西方廁所的類同。許多日本廁所有兩種沖廁模式：“小”和“大”。兩種所不同的是在水的使用量。 前者是供尿液，而後者是供大便用。廁格內會有設定桿以供使用者不同情況時選擇。
和式廁所有兩款：一款蹲廁的位置與地面水平，而另一款則是建在一個平台上約30厘米（1英尺）上。後者更方便男性站立小便時用，但這兩種類型都是為達到同一目的，並也沒有任何會區別大便時用或排尿時用，而大部份日本男性在蹲廁廁格內都是以蹲式小便的，因為蹲下時會使肛門張開，因此有機會同時產生大便的意欲而同時大便。用戶使用時要先儘量拉下褲子（半截裙時則掀高），把內褲褪下至膝蓋。然後蹲在廁具上，儘量把屁股接近廁具，因為糞便往往有機會跌到後方，排便後的拭擦應把手伸到背脊至肛門，再由前往後（背脊方向）擦，完成後可以由蹲廁沖走，因為廁紙多為水溶性的。由於用戶蹲下時，屁股的位置往往太后導致大便弄污地面（特別是外國遊客首次使用時），因此有許多公共蹲式廁所的標誌提醒用戶「請大家再向前蹲一步。」因此在和式廁所排便時最重要的就是蹲下的位置，而且必須儘量蹲下，因為屁股離地太高亦有弄污地面的可能。
初學者和外國人使用蹲廁大便時，都需要扶著前方水管。如果沒有水管或水管承重量不足夠，多數會每邊牆身安裝扶手以幫助用戶保持平衡，特別是大便期間和完成後站立時。另一種常見的解決辦法，外國人為避免大便時發生意外（蹲下排便時跌到蹲廁廁具中）而弄污衣服以致尷尬，會完全褪下褲/裙及內褲（所有下身衣物），掛在門上的鉤子上才開始大便。
蹲式廁所的優勢是，它們很容易清洗而且也比較便宜，因為他們比西方廁所每次沖水時消耗較少的水，並且，由於沒有直接接觸的座位，使他們更衛生。而然，零接觸並不是沒有風險。因為蹲式廁所有機會令大小便飛濺在自己的腳及下身衣物上。而無水槽的設計已經儘量減少濺水和糞便。然而，由於大便在沖走前暴露在露天，他們通常產生更強大的氣味，這種影響對於使用者的影響是最大的。
