從事外交事務工作。光緒十四年中舉，十六年（1890）考中進士。初任工部主事，二十七年（1901）調任總理衙門章京（司員），次年出任駐俄參贊，期滿歸國，留外務部工作。吳錡從事外交事務多年，觀察敏銳，洞悉外交形勢，處事諳練，上司重其才，升他為郎中，外交部事務悉交其辦理。他於公餘手錄各國國情及國際公法條例，集成巨冊，同事皆驚服其勤勉精細和竭盡職守。
當雲南發生涉外仇殺案時，總督屈從外國人的無理要求，決定將鬧事民眾無論首從一律處死，吳錡據理力爭，結果以判處首犯死刑結案。光緒三十二年（1906）三月，江西民眾和教會訴訟釀成巨案，英領事提出無理要挾，當地官員不能決斷，上報外務部。吳錡根據外交條約行文英使館，指出英領事荒謬無理，致使英方撤換了該領事。吳錡因此名重一時，簡選為福建交涉使。
中日甲午（1894）戰爭之後，清政府將台灣及附屬各島嶼和澎湖列島割讓日本。從此，日本大批不法之徒經台灣來到福建廈門一帶，與當地無賴串通一氣，尋釁恣事，欺壓鄉民，糾紛一起，便有日本官吏插手，使中方官員無法處理。吳錡到任後，他根據先前在外務部制訂和頒行各省的國籍條例駁斥對方，並給予警告，使那些不法分子稍有斂息。日本浪民和官吏也不敢蠻行跋扈，對他始終產生敬畏。
辛亥革命後，以清室遺民閒居而終。與李瑞清、曾熙交最篤，游處最久。其書專仿褚遂良、李邕，而於李邕習之尤勤。晚年所詣，遂高出梁巘、李邕之上。有《霋岳樓筆談》、《書林藻鑒》。
兄吳鍅（1868-？），字伯琴。光緒十八年（1892）進士。民國時浙江省財政廳長、浙江省省長。
