吳瑞甫自幼力學不倦,早年即舉孝廉,14歲時奉父命學醫,博覽歷代醫學,精研思考,推陳出新,常有突出於前人的見解。32歲中舉,因淡泊功名,遂在同安懸壺濟世,並曾評註、校訂宋代醫書《聖濟總錄》和陳無擇《三因方》。
辛亥革命前夕參加中國同盟會,任同安青年自治會會長,策動清軍官兵起義。當革命軍兵臨同安縣城時,率紳眾開城迎接,並主持光復儀式。民國12年(1923年),應同安縣長之聘,主編《同安縣誌》,於民國17年定稿付梓,該志為研究同安、廈門歷史的重要參考文獻。 吳瑞甫長期在廈門行醫,其醫寓“退補齋”位於開元路。民國9年,應聘任廈門回春廬醫院院長,潛心著述。民國18年,“三一七”國醫運動後,邀同熱心公益事業的知名人士,創辦廈門醫學講習所。民國20年,擔任廈門中央國醫支館館長,同時發起創辦廈門國醫專門學校,自任校長,先辦業餘研究班,後又擴充為全日制本科班,大力培養中醫人才。吳瑞甫自編講義《傷寒綱要》、《四時感症》、《中醫生理學》、《中醫病理學》、《傳染雜病學》等16種。此外還主編《廈門醫藥月刊》、《國醫旬刊》等醫學雜誌。
民國27年5月日本侵略軍占領廈門,吳瑞甫避居鼓浪嶼。翌年,為拒絕出任偽廈門市長,於5月間取道香港,避難新加坡,在新加坡同安會館行醫,因其屢愈危症,名震一時,遠近病人紛紛上門求醫。同時還積極參與新加坡廈門公會的活動。
吳瑞甫在新加坡行醫之餘,還致力於中醫研究,創辦中醫學會。民國35年,新加坡中國醫學會成立,被推舉為主席。次年改為中醫師公會,又被選為理事長,前後6載。同時兼任廈門公會義務醫師,並以古稀之年主編刊物《醫粹》、《醫統》、《醫經先聲》,積極籌建新加坡國醫專門學校(即新加坡中醫學院前身)和醫學圖書館,成為新加坡中醫界公認的“國醫名家”。1952年1月13日在新加坡逝世。主要著作有《傷寒綱要》、《中西醫溫熱串解》、《冊補中風論》,《奇驗喉症明辯》、《診斷學》、《內科學》等近20種。
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