1943年12月，在建立金蕭地區主力部隊——新四軍浙東遊擊縱隊金蕭支隊時，第八大隊奉命抽調第一、第二兩個中隊和堅勇大隊的一個中隊合編為金蕭支隊第二大隊。1944年3月，中共金蕭地委第一次會議召開，第八大隊歸金蕭支隊統一調度。吳子明隨隊擔任第二大隊第四中隊的副中隊長。翌年秋，又擔任第三中隊中隊長。就在這一期間，浙東根據地軍民進行了最為艱苦的第二次反頑自衛戰鬥，先後歷經蜻蜓崗、東西岙、章家埠、前文、後屠橋等大小91次戰鬥，作出了重大犧牲。吳子明參加了數次的對敵偽頑戰鬥，都以他正確靈活的指揮，機智勇敢的行動而取勝，並立功一次、小功一次及三等功一次。
1945年9月20日，中共中央決定浙東新四軍除留下秘密工作者和少數秘密武裝堅持原地外，全部北撤。金蕭支隊和兄弟部隊一起擊退了國民黨軍一路阻攔，北渡長江，勝利到達蘇中解放區。北撤後，吳子明所在的第三中隊改編為華東野戰軍第一縱隊部警衛連，他仍任中隊長。第二年，吳子明又擔任華野一縱第三旅第八團機炮連連長。他對每次戰鬥都很負責，親自布置炮兵陣地、指揮射擊、觀察彈著點，注意與步兵協調，因此在宿北、豫東的戰役中均立三等功。到淮海戰役時，一營長曾說：“吳連長對戰爭的負責精神是我敬佩的。”吳子明還愛鑽研，在部隊提出單炮射擊問題後，他經過一段時間的反覆實踐、論證，創造了單炮射擊用的角度板、釵腳、米位尺等，獲得了部隊“學習模範”的獎勵。
吳子明有著極強的整體觀念。豫東戰役中，團里為充實步兵連，要抽調炮兵30多人，當時其他幹部一時有些想不通，可他堅決執行，半天就愉快地完成上級交給的任務。他在革命工作中一直思想平穩，生活上更是不認為自己是老連長而要求特殊。1947年12月，制度規定連乾自背背包，他二話不說，堅決執行。1948年4月制度規定連乾背包公家負擔，但他仍一如既往，甚至行軍時也不把背包放在牲口上。
1949年1月，吳子明在執行任務中犧牲了，華東野戰軍軍部授予他“華東三級人民英雄”的稱號。
