在物種分化之後產生橫向同源基因的稱"內橫向同源基因";在物種分化之前產生橫向同源基因的稱"外橫向同源基因"。 "內橫向同源基因"和"外橫向同源基因" 只是一種相對的劃分,取決於所研究的系統和選作標準的某特定分化事件。在研究親緣關係較遠的物種時,物種分化和基因重複的嵌套發生使研究具有很大的複雜性和困難度。
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