辦學歷史
廈門市馬巷中學創辦於1985年8月，舊校區地處閩南文明古鎮——馬巷鎮區，占地只27畝。校名為“福建省同安馬巷中學”， 93年5月改名為“福建省同安第十五中學”，97年5月改名為“廈門市同安第十五中學”，98年7月經廈門市人民政府批准升格為職業高中兼辦國中的學校，02年6月根據上級的統一要求改職業高中為職業中專，同年9月經廈門市人民政府批准更名為“廈門市馬巷中學”。 06年8月經批准，國中職分離為，國中名為：“廈門市馬巷中學”。
教學質量
2004年新區成立以來，教育教學質量一直走在全區的前列，自04年起，中考P值一直在全區的前五：04年第四、05年第一、06年第五、07年第四、08年前三。培養的優秀生比例更是在區的前列，2004年有兩位同學中考成績獲全區第二、第三；2005年一位同學中考成績獲全區第三；07年一位同學中考成績獲全區前十；07年語數英總分400分以上4人，08年語數英總分400以上12人，都是全區第一。08年全區的中考總分第一名和第三名的同學都出自馬中。學校還是體育的強校：第一屆區中小學生運動會，取得團體總分的第三名和國中校的第一名。2007年獲市委、市政府表彰為參加省第十三屆運動會先進單位。學校是省、市的綠色學校，環保教育持續開展，到新校區，學校將力創國家級綠色學校。在旅新加坡華僑的支持下，學校是較早引入多媒體先進技術的學校。學校現在是市級文明學校，並曾於前面榮獲兩屆市“文明學校”稱號。
新校區
新校區是翔安新區成立以後，在廈門市教育資源整合背景下開工建設的，2008年9月初完工。校區總占地面積近120畝，項目第一期總建築面積27000平方米，主要包括：教學綜合樓三座、實驗綜合樓一座、圖書館含辦公樓一座、藝術樓一座、學生食堂、宿舍兩座，400米跑道的運動場等配套設施。一期主體項目總投資6千多萬元。遠期還規劃設計有教學樓、實驗樓、綜合樓、宿舍樓、體育館各一座。學校克服了種種困難，於2008年8月著手搬遷工作，在9月1日正式舉行開學典禮。現在，學校的教育教學秩序越來越走向正常，學生的學習、生活步入了正軌。
