吉林省社會科學院日本研究所，始建於1972年，剛開始叫日本研究室，1978年正式建立日本研究所，下設日本歷史、日本經濟、日本政治及滿鐵四個研究室。20世紀80年代所內研究人員近20人。歷任所長為孫繼武研究員（78~86年）、金太相研究員（86~90年）、高書全研究員（90~95年）、郭洪茂研究員（95年~現在）。日本研究所現有研究人員9名，其中研究員3名、副研究員2名、副研究館員1名、助理研究員3名。所內設有滿鐵資料館，始建於1995年7月。現任館長郭洪茂研究員，副館長李力研究員。
日本研究所自成立至今，承擔許多重點項目。主要有：①國家社科基金“七五”重點課題——中日關係史資料叢刊；②國家社科基金“九五”重點課題——滿鐵調查部研究；③中國社會科學院中日歷史研究中心課題——滿鐵與“九·一八”事變研究；④中國社會科學院中日歷史研究中心課題——偽滿後期的勞務統制政策與“特殊工人”研究；⑤中國社會科學院中日歷史研究中心課題——日德民間受害賠償比較研究；⑥中國社會科學院中日歷史研究中心課題——淪陷時期的華北經濟研究；⑦國家社科基金“八五”、“九五”重點課題——日本帝國主義侵華檔案資料選編；⑧中日合作研究課題——侵華日軍細菌戰研究；⑨中日合作研究課題——滿鐵勞工問題研究；⑩吉林省社科規劃重點項目——吉林藍皮書·東北亞卷（院內合作）。除此，還承擔許多院重點及一般項目。
主要科研成果有：專著《中日關係史》卷一、《鞍鋼史》、《偽滿洲國史新編》、《戰爭與惡疫——七三一部隊罪行考》、《滿鐵與中國勞工》、《戰後日本壟斷資本》、《張作霖》、《隔世遺思——評滿鐵調查部》、《東北淪陷十四年史綱要》、《中日關係史》（上中下）、《日本向中國東北移民調查》、《戰爭狂人與大獨裁者》、《過剩經濟》、《世界通覽》（合作）、《日本百科辭典》等；譯著《聖西門選集》（3卷本）、《日本政治史》（全四卷）、《中國派遣軍》、《“九·一八”事變》、《外國經濟法·日本國卷》（合作）、《我的半生》（山口淑子）、《關東軍秘史》、《日本帝國主義對中國東北的掠奪》、《拉康》等；資料書《滿鐵資料·路權篇》（四分冊）、《滿鐵資料·煤鐵篇》（四分冊）、《九·一八事變紀實》、《日本帝國主義侵華檔案資料選編·華北事變》（合作）、《吉林省社會科學院滿鐵資料館館藏資料目錄》（全3卷）、《滿鐵調查期刊載文目錄》（全3卷）、《滿鐵調查報告目錄》（全2卷）等。此外，還發表學術論文150多篇。
日本研究所在學術交流方面，曾主辦過幾次國際學術會議，受至學術界的好評。有多位學者出國講學、研修，出國參加國際學術會議共15人次。每年接待國外學者來訪幾十人次。並承擔有中日學者合作研究課題，還承擔並完成了三項日本萬博基金、國際交流基金、日本財團基金等資助的科研項目。
