機構設定為吉林省水產科學研究院、吉林省漁業質量檢測中心、吉林省漁業環境監測站一套人馬三塊牌子,內設機構有漁業產品質量檢測室、養殖研究所、環保監測站、魚病研究室、種質研究所、工程研究所、科教處、財務處、辦公室、科技開發中心、實驗站。研究室擁有8個大型實驗室:生態實驗室、生物實驗室、魚病實驗室、毒理實驗室、儀器分析室、分子遺傳學實驗室、水環境監測實驗室、水產品檢測實驗室等。
近年來,我院先後購進數百萬元的大型科研儀器,可用於組織細胞培養、種質基因鑑定、遺傳多樣性研究等現代生物技術領域及水產品質量安全、環境安全檢測等,包括CO2培養箱、olympus螢光倒置顯微鏡、基因測序儀、sigma冷凍離心機、電泳儀;檢測水質的進口水質分析儀等100餘台(套),使科研和檢測手段更加先進完善。
為了滿足人們對食品質量安全的要求以及促進我國加入WTO後水產品的國際流通,我院已被確定為水產品認定漁業質量檢測機構,成立了吉林省漁業質量檢測中心,並開展水產品及加工品質量檢測、漁業水域環境監測及事故調查、省名牌水產品和綠色水產品的檢測及質量認證。由農業部確認的吉林省漁業環境監測站具有乙級鑑定資質,負責吉林省漁業污染事故的調查、鑑定工作,為漁業行政執法部門及漁業糾紛提供科學依據,並已有15人獲得該崗位上崗資格證。
我院於2001年11月建立了農業281號農業行業特有工種職業技能鑑定站。對從事魚類及其它水生動物飼養崗位、捕撈崗位和人工繁殖崗位人員,包括本省水產中等專業學校、職業高中、職業技術學院的水產養殖專業的畢業生進行漁業職能技能培訓。
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