蒙古的初期入侵
南宋理宗寶慶三年十二月，蒙古軍在連破金關中平原數州縣以後，第一次侵犯四川，陷沔州（今陝西略陽），沔州在宋時屬四川防區，在興元府（今陝西漢中市）西。蒙古軍在這次進攻里並不攻擊南宋重兵駐守在興元府的大安軍（注6 ），而是攻擊南宋在四川外圍的要塞。四川制置使鄭損在攻擊下逃遁，南宋在四川的第二道防線大巴山防線上的三關全部被攻陷。不過蒙古並未擴大戰果，在攻擊後鏇即撤兵，可能是試探南宋防衛的虛實。 四年後，即理宗紹定四年八月，為了配合對金國作戰的鈞州戰役，蒙古圖壘部自鳳州（今陝西鳳縣）入川，十月，破興元府大安軍，再陷沔州，軍民戰死者數十萬。蒙古軍乃渡嘉陵江，逼近位於四川腹地門戶劍門關附近的葭萌關和涪城（今四川綿陽市）、順慶（今四川南充市），在占領了城池要塞一百四十多個以後，未能達到從四川借道的目的以後退兵。 蒙古對四川侵略的訊息傳到兩萬里以外的臨安朝廷，引起南宋朝野的極大震恐。中央在十月末詔調李篁任四川宣撫制置使，宣慰四川殘破州縣軍民，理宗表示考慮更好的人選督蜀，以便更好地保衛四川。
紹定五年正月，蒙古騎兵在鈞州（在今河南鄭州以西，洛陽以東）三峰山全殲金主力哈達、武仙、楊沃衍、完顏陳和尚等部約三十五萬人。此戰以後，金國的陝西和黃河以南的北、東、西部盡失，金王朝殘餘退守河南省南部，靠近南宋邊境的蔡州。1234年春，蒙、宋聯軍攻陷金最後的堡壘蔡州，金亡。 金亡不久，蒙古就開始在長江中游地區向南宋發起攻勢。1234年10月蒙古軍擊潰按蒙宋攻金協定接收洛陽的南宋全子才部，並決黃河水淹南宋軍隊。在隨後的兩年里，南宋軍被迫撤出新復的汴州、歸德，唐州，退回到原來與金人相峙的邊境線以南。端平三年（1236 AD ）九月，南宋利州（今四川廣元市）御前統制曹友聞率部與元軍戰於陽平關，兵敗戰歿。曹友聞是宋初名將曹彬的十二世孫，在頭一年曾擊退蒙古的侵犯，這一次是統帥趙彥吶不聽從他的計策用兵而失敗的（注8 ）。蒙古軍隊乘勝進攻川北各要隘，攻陷成都。因為聽說王子闊春死訊，才從成都撤軍。蒙古撤軍以後，嘉熙三年（1239 AD ），再次由峽口溯江犯重慶，被南宋名將孟珙所擊退，孟珙剛剛收復重鎮襄樊與峽口的歸州（今湖北秭歸縣）。於是南宋當局任命在江陵和襄陽前線抵抗蒙軍數有功的孟珙為四川宣撫使，坐鎮夔州（今重慶市奉節縣），總領峽江上下游的軍事，同時開始認真物色守備四川的人選。
《續資治通鑑·宋紀一百六十六》載紹定五年（1232 AD ）十一月，蒙古遣王楫與京湖安撫制置使史嵩之會談夾擊金事。史嵩之派鄒伸回報蒙方，雙方達成協定，宋以糧草支持蒙古軍隊，蒙古則同意在滅金後將黃河以南的土地歸還給宋。紹定六年十月，孟珙按約以米二十萬石接濟蒙古塔齊爾部（亦參《元史·太宗本紀》）。但《元史》並未說和約讓宋河南的事，事實上，南宋方面也不認為蒙古會踐約，但守衛邊疆的將帥與朝中大臣卻一致認為應該乘機占領黃河南岸以作更深入的國防屏障。但是，中原由於蒙古的連年入侵和屠殺，基本上已經變成了丘墟，宋軍全子才、趙范、趙葵等部，自淮河岸邊向西出發接收所過的州縣都絕少人煙，荒草漫生在縣衙大院裡，結果迫使宋軍不能就地補充後勤，只能等待從宋境來的糧草。到達洛陽的宋軍的糧食只剩下五天，部隊被迫以蒿草作餅充飢。實際上，在飢餓的條件下，宋軍在與蒙古軍作戰時表現仍然很英勇頑強，只因為糧草不濟而被迫退出，事見周密：《齊東野語·端平入洛》取材自當時的隨軍幕府日記，又參見於忠信：《三京本末》。
余玠的堡壘防衛策略
合州釣魚城余玠，字義夫，蘄州（今湖北蘄州）人。少時家貧落魄無行，喜功名，好大言。少為白鹿洞諸生，因斗毆殺死賣茶翁，避罪逃入淮東制置使趙葵幕下。余玠作詞毛遂自薦，受到趙葵的賞識。余玠的性格行為很象清末的中興名臣左宗棠，他和左宗棠一樣，都以建功立業為平生的抱負，而且都有經國濟世之才。嘉熙三年，他以小參謀的官職率軍與蒙軍戰於汴州、河陰有功，被升為淮東提刑和淮東制置司的參謀官。淳佑元年十月，他率舟師在淮河安豐（今安徽鳳陽）擊退蒙古大軍，解安豐圍。至是，他的軍事才能引起了理宗的注意，破格宣他入京陛見。他對理宗慷慨陳言，說：“事無大小，須是務實。”又說現在無論原來如何尊榮 出身的人，一參軍便被指為粗人，希望政府以後對待文武官員一視同仁，不要偏重，否則受到歧視的武官可能生出異常。理宗對他說，你議論皆不尋常，可獨當一面。這樣，理宗破格提拔余玠作為收拾四川殘局的方面大員
當余玠從峽口進入四川的時候，整個軍事形勢對南宋還不算太危急。在東部的兩淮前線，蒙古正對守衛的趙葵部施加越來越大的壓力，東部前線的最高決策官是呂文德，他的特點是比較穩健。由於兩淮地區複雜的河流地形，以及淮北的近乎無人煙，也就是無補接的局面，使得蒙古的攻勢一直不能得逞。在中部前線，蒙古方面幾次偷襲江陵，企圖在中游渡江，然後從長江南岸的湖北境內進軍湖南，其野心受到名將孟珙的遏制。孟珙時任四川宣撫使，負責聯繫川東和湖北前線的軍事行動，他剛剛收復襄樊重鎮，並在漢口附近擊敗蒙軍的入侵。只有四川問題比較嚴重，蒙軍汪世顯部駐紮在川北重鎮利州，不時出擊騷擾川西各州縣。雖然蒙方尚未在川西平原上建立起有效的地方政權，然而宋方也沒法再象過去那樣對川西實行徵稅和兵員補充，同時蒙方還把它的地方政權向川西、川南擴展。另一方面，宋軍卻群龍無首，各自為戰，士氣低落。最大的問題是，軍民都不信任頻繁更替的制置使，因為這些制置使不是派發苛捐雜稅，便是在蒙軍的進攻下抱頭鼠竄而逃。其實說起來這些方面大員也很可憐，在蒙古軍隊沒打過來時，他們得忙著為中央搜刮，完成指標；他們又無一個象樣的駐地，蒙古人打過來，也就只有跑遠點。
余玠甫一進川，就走訪四川各界人士，聽取他們對政策的意見。他的口號是集思廣益，要象諸葛亮那樣起用四川地方賢達。同時，他以革除弊政為己任，由於他手中掌握得有理宗給他的金腰牌，使得他能放手對四川的政治、軍事進行改革。余玠首先起用播州（今貴州遵義）名士冉氏兄弟，採納冉氏兄弟對防衛四川的建議。這個建議就是，在幾個重要的州治地點，擇其地理環境，沿山築堡壘，在堡壘里儲備糧食。同時將州政府設在堡壘里，一遇蒙軍進攻，即將軍民撤退到堡壘里，堅守堡壘，使蒙軍沒法破壞地方政權，而又無所得，最終將因糧草耗盡而被迫撤退。這些堡壘又相互聯成一氣，一遇戰事，可以遙相呼應。顯然，這種葡萄串堡壘，頗象中世紀歐洲城堡。那么，為什麼歐洲的城堡一遇蒙古人的入侵便土崩瓦解，而四川的堡壘，卻如它們後來在防衛蒙古鐵騎的進攻下堅如磐石呢？ 可能是南宋掌握了攻城術，深知蒙古人攻城火藥的弱點所在，所以要爆破四川的堡壘就不象爆破歐洲沒見過大場面的城堡那么容易了。另外的原因可能是，這些堡壘都建築在山區，地形崎嶇，蒙古人沒法象東歐平原上那樣縱橫馳騁，那么容易把火藥和大型攻城器具搬來搬去。可能還有一個原因，那就是這些堡壘群是在一個統一的軍區司令部的調遣之下，而不是象歐洲的城堡王國，各自為戰，不能做到四川堡壘群的相互配合支援。 於是余玠從北到南，建築了一系列的堡壘。主要堡壘有：位於今陝西境內，漢中盆地邊緣的大獲，大獲是原來蜀口的治所，它保衛著四川的北方門戶。青居，青居的旁邊是沔州，現在青居裡面安安心心地住著州牧。釣魚，釣魚在合州（今重慶合江縣）城郊，在重慶北百多華里，扼嘉陵江內水，它後來成了四川的臨時省會。雲頂，雲頂扼嘉陵江外水，它和釣魚一起共同起著阻止蒙古軍隊企圖利用嘉陵江舟師之便，順流襲擊重慶和出川。還有幾個別的城堡，這些堡壘首尾相連，從川北到川南的四川盆地群山東麓和南麓構成了一道屏障，阻擋蒙古大軍東犯長江中下游地區。
余玠還在嘉定府築堡。嘉定府（今四川樂山）本來就是一個兩江（岷江和大渡河）相會的地方，有山有水，利於防守，且水陸便利，下可達瀘州，上可接濟成都。這樣，余玠便把嘉定、瀘州、重慶三個要塞聯在一起。不只如此，余玠還命令駐紮在嘉定的俞興部，在成都平原屯田。以前成都一被攻破，成都平原上的人民就失去了南宋政府的管理，現在好，可以由嘉定的堡壘對成都進行遙控，在平原上部隊的軍墾農場還可以起到穩定民心，加強聯繫地方政權的作用。 余玠任都統張實治軍旅，安撫王惟忠治財賦，監簿朱文炳搞協調。他還對四川人民執行輕徭薄賦的政策和興學，他懲治了為非作歹的官員，對聞敵便跑的驕兵悍將也進行了撤換和鎮壓，在四川駐軍里樹立起了紀律和威信。余玠在治理四川的八年里，居然能做到在與蒙古對峙的軍事形勢下四川的大治，使“敵不敢近邊，歲則大稔”。八年的治理，使四川恢復了富足，向中央輸送了大量財富，減輕了下游的財政負擔和軍事壓力。“邊關無警，又撤東南之戍”。
淳佑十年冬，余玠在四川形勢轉好的情況下，率諸將巡邊，直搗漢中平原上的興元，與蒙古軍大戰。十二年，蒙古汪德臣（汪世顯次子）率軍搶掠成都，轉攻嘉定，余玠率嘉定守軍又與蒙古軍大戰於嘉定，將其逐走。余玠在四川與蒙軍三十六戰，把敵人打得龜縮在幾個據點裡，而大片的農村鄉鎮仍然在南宋的基層政權管理下。 正當余玠打算實現他用十年時間把四川全部土地收復的計畫，然後解甲歸隱的美夢的時候，他在四川整頓部隊的大刀闊斧的政策直接打擊了雲頂堡壘統領的利益。他們串通朝中宰相謝方叔、老官僚徐清叟等在理宗面前進讒言，說余玠的壞話。原來，余玠給理宗的奏摺里詞氣不假修辭，對理宗的態度不夠尊重，使理宗感到不快。這兩個權臣遂乘機對理宗說余玠手握大權， 而又不能讓四川將士歸心，慫恿理宗撤換余玠的職務。於是理宗下詔召余玠回臨安，以平庸的臨安府尹余晦代替他。 當余玠得知朝廷的決定後，憂憤染病，一夕暴病而亡。四川老百姓聽到他的死訊後，“莫不悲慕如失父母”。 余玠的防衛計畫雖然沒有最後完成，卻給後來蒙古在四川的進攻造成了極大的困難。事實上，蒙古雖然橫掃了亞歐，後來也挺進江南，卻始終沒有 獲得真正用它的強大軍事力量打下四川的戰績，這完全應該歸功於余玠防禦體系。
余玠防禦體系是華夏文明在抵抗蒙古鏇風的侵略里最傑出的創造之一，它和人類的其他優秀軍事創造一樣，完全可以寫進史冊而不遜色。
王堅的抵抗
由於余玠堡壘防衛策略的得當，蒙古軍隊沒有能力從四川東下，進攻長江中下游地區。只好改道四川西部，去征服在雲南的大理國，目的除了擴大帝國的版圖以外，還想在占領大理國後，從雲南東南部侵犯南宋的交廣地區。寶佑元年九月，蒙古王弟忽必烈兵分三道親征雲南，十月，蒙軍渡大渡河，行軍兩千里，乘皮筏強渡金沙江，十二月會師於大理城下，雲南平。從寶佑元年開始，蒙古在所占領的利州和閬州築城屯田，至二年時完成。這是蒙方在幾次對四川的穿插行動以後，把重點改在穩紮穩打的方針上，屯田行動使蒙軍就地有了軍糧，準備和宋軍在四川打攻堅戰。
蒙哥現在，東部堡壘只乘下合州的釣魚堡了。蒙哥又使了輕取前面幾個堡壘的老法子，派員去合州妄圖說降守將王堅。哪知道這回遇上了硬漢子，王堅不但不願投降，反而將派去說項的特使殺了。這一下可氣壞了蒙哥，他命令降將楊大淵帶隊進攻合州，在合州城下，俘虜了八萬名逃難到川東的男女八萬口，將合州團團圍住。
王堅原是孟珙的部將，他曾受命在收復襄樊的戰鬥中立過功。在合州城將不保的情況下，他率軍民退入附近的釣魚堡里繼續堅守。 這時候，南宋朝廷在四川戰事惡化的局勢下，撤了蒲擇之的職，讓呂文德代理四川宣撫使，率戰艦千艘，溯江西上救四川守軍。六月，呂文德艦隊突破蒙將史天澤的封鎖，攻破在涪州（今重慶涪陵市）的浮梁，進入被圍困的重慶城，宣慰四川堅守不屈的軍民。次日，呂文德率艦隊再次沿嘉陵江北上，援救重慶西北的合州，然而史天澤卻利用蒙軍占據上游的有利條件，順流攻擊呂文德軍，呂軍被擊敗後只得退守重慶。
合州城自從二月以來，被蒙古大軍圍困了四個月的時間，蒙哥認為差不多是該拿下的時候了，就下令在荊鄂前線的忽必烈、張柔部對宋軍發起全線攻擊。蒙古前鋒汪德臣夜襲釣魚堡外城，王堅率軍來戰，汪的計策不能得逞。拂曉，汪德臣單騎冒進，對城堡上的王堅勸降，大吼道：“王堅，我來活你，全城的軍民快快投降吧！”可是迎接侵略者的卻是飛石如雨，汪中石塊後退走，正好天大雨，登城的雲梯又折斷，只好停止了攻勢。 七月，久攻釣魚山宋軍堡壘的蒙哥大汗在釣魚山染疾病死，同時，蒙古主將之一的汪德臣也因傷重死亡。是役使蒙古久征沙場的大汗死亡，同時喪失了一個在四川與宋軍長期作對的將領。 蒙哥汗死後，蒙古大軍在史天澤等大臣的率領下北撤，合州圍解。合州圍解後，呂文德回師救被忽必烈軍包圍的鄂州城（今湖北武昌）。此前，忽必烈軍已經渡江包圍了鄂州，形勢十分危急，呂文德利用夜戰和上游優勢，突破元軍封鎖，進入鄂州城與原來堅守的高達部合軍。後來，賈似道又奉命率軍來援，鄂州的城防更加穩固。九月，蒙哥死訊傳到襄樊前線，忽必烈只好撤走了大軍，趕回燕京處理蒙古王位的繼承問題。十二月，鄂州圍解。
王堅對合州釣魚堡的堅守，使南宋對蒙古的抗擊又堅持了十七年。要是沒有王堅的勝利，特別使蒙哥喪生在合州，忽必烈會打下鄂州，再利用蒙哥在上游製造的舳艫，順流東下，不到一兩年時間就會象西晉滅吳一樣滅亡南宋。
後期的抵抗
兩路蒙古大軍於1260年北退以後，忽必烈回到燕京附近，在這裡繼承了蒙古政權，至度宗鹹淳七年改國號為元，正式成為元帝國的皇帝。忽必烈掌握政權以後，蒙古統治集團內亂減少，使得蒙古對南宋的侵略更加有效率，因此也就加速了對南宋軍事勝利的進程。 與此同時，在賈似道軍援鄂州圍的前夕，賈似道已經開始掌握了南宋中樞的大權。鄂州圍解以賈似道和蒙古之間達成的和平協定使得他攫取了更多的權力，鄂州圍解以後，整個南宋政權實際上操縱在賈似道一個人的手裡。賈似道一手遮天，通過製造虛假的勝利戰報，蒙蔽南宋朝廷。賈似道妒忌抵抗有功的、有才能的軍事將領，不是把他們陷害系獄而死（先後害死曹世雄、向士壁等將領），就是貶斥他們、不讓他們掌握重兵，或不讓他們領導最關鍵的戰役（如對優秀的將領孟珙、趙葵、高達的排斥）。賈似道禍國殃民的作為，嚴重地削弱了南宋抵抗蒙古侵略的防衛能力，加速了南宋的敗亡。
這時候的四川戰場的形勢，呈現出膠著狀態。南宋後期的四川防線是由嘉定—瀘州—重慶—夔州的岷江—長江水道連成的一條弧線，這條弧線與另一條大巴山—嘉陵江水道連成的南北弧線在重慶交會，保護著長江水路。在這兩條弧線所包抄的廣闊地區，是川中的潼川路（原州治在今四川三台縣， 1207年後遷瀘州）和川西的成都路，其中有四川最富饒的川西平原，但無險可守。雖然蒙古重兵在1260年的進攻里，由於宋軍將領的投降，占領了大獲、青居等堡塞，即南宋防衛線的北支的北端，而且蒙古在成都駐紮重兵，然而大片農村地區已經荒蕪，這條地帶成為雙方交兵，從而頻繁易手的地區。 1261年，南宋瀘州守將劉整舉瀘州十五郡，三十萬戶投降蒙古。
上面說了，瀘州是四川宋軍防線重要的要塞，南宋四川安撫使俞興出兵爭奪，被劉整擊退。十月，呂文德和俞興收復瀘州外圍，築城長江北岸，與蒙軍對峙（後收復瀘州）。
景定三年，蒙古汪良臣部以釣魚山“險絕不可攻”，在釣魚堡附近築武勝堡以阻斷宋軍北上支援路線。景定四年，蒙軍進攻嘉定未獲。 度宗鹹淳元年二月，蒙古元帥約哈蘇侵犯釣魚堡，在嘉陵江上擊敗宋軍，焚戰艦一百四十六隻，但蒙古仍無法攻占釣魚堡。同年四月，宋將咎萬壽復雲頂山堡，在金堂峽敗蒙軍。同年九月，新任四川制置使夏貴率軍攻潼川（今四川三台），在蓬溪（今四川蓬溪）奮戰整天。雙方戰平。
度宗鹹淳二年十月，蒙古汪惟正部陷開州（今重慶開縣），明年七月，開州被都統咎萬壽收復。
鹹淳二年十二月，蒙古劉元禮修復在戰亂中荒廢已久的眉州城（今四川眉山縣），以遏阻南宋軍自嘉定進攻成都。
鹹淳八年十二月，成都安撫使咎萬壽大敗元軍於成都，焚毀元人所築的成都外城。明年春，咎萬壽軍敗元軍於碉門（位於今四川雅安與滎經之間）。五月，咎萬壽部兵分兩路進討元占領的雅州（近四川雅安縣）和眉州。同時咎萬壽軍恢復了興元（今陝西漢中）。
鹹淳九年（注26）六月，元軍築堡馬駿山，合州守將張珏擊走元軍。張珏是南宋最後階段守衛四川的優秀將領，他原來是王堅的副手，和王堅一起竭力守衛釣魚堡，王堅調出四川以後（注25），他負責保衛合州。自從合州保衛戰以後，民生凋敝，張珏以兵護衛老百姓耕種，同時教育百姓墾荒屯粟，使得公私皆足。劉整叛變以後，向蒙古獻計從所占領的青居堡向南筑馬駿山堡，目的在扼合州嘉陵江下游的三江口，以攻取合州，這是劉整攻取襄陽的老辦法。張珏遣奇兵繞在馬駿山的後面偷襲元軍，焚燒元軍的船隻和建築器材，使元軍無法建馬駿堡。張珏善用兵出奇制勝，在合州的治理期間，“士卒必練，器械必精。御部曲有法，雖奴隸有功，必優賞之，有過雖至親必罰，故人人用命。” 鹹淳九年八月，鎮守達州（今四川達縣）的守將趙章率所部收復洋州（今陝西洋縣，在漢中東）、吳勝堡兩地，這是南宋在最後存在階段在四川的最北方軍事成功。連同上述咎萬壽、張珏在川西和川東取得的勝利，說明了南宋四川軍民已經適應了不可一世的蒙古軍隊的作戰方式，如果南宋不是滅亡得很快，四川軍民有可能取得更多的戰績。
元軍在伯顏的率領下，於鹹淳十年十月渡江占黃州，整個形勢急轉直下，南宋中央與四川的聯繫中斷，元軍開始對四川軍民取得的勝利進行反攻。 德佑元年，咎萬壽在兵敗後投降了元軍。這時候的中國南部在元軍的進攻下，變得支離破碎，元軍既碰到大批開城投降的宋軍官吏和將領，也碰到堅守不屈的南宋軍民。德佑二年（1276 AD ）二月，伯顏軍臨臨安，南宋太皇太后奉玉璽向伯顏投降，同時諭令包括四川抵抗州縣在內的軍民也向元軍繳械，臣服於元朝。 但是，由於交通的困難，南宋四川軍民並不知道南宋王朝已經投降了元軍，也不知道文天祥、李庭芝、張世傑又擁立起南宋宗室二王繼續在福建、江西、廣東等殘剩州縣裡進行悲壯英勇的抗元鬥爭。他們在失去與中央的聯繫後，也在繼續與重兵壓境的元軍作戰。
元至元十三年十二月，元東西川守將合兵萬人，占領重慶，在城裡大肆剽掠，政令不一。守衛合州的南宋四川制置史張珏出兵大敗元軍，收復重慶、瀘州、涪州，並“派兵四出，所向俱捷”。張珏還派人去尋找二王，而二王在福建和廣東，號令達不到四川，可四川軍民還在為南宋保衛故土。至元十五年，元軍採用宣傳宋帝對元投降書的政治攻心戰以後，瀘州、涪州的一部份官員、守將投降，使得這兩處堅守的軍民無法再堅持下去，繼而相繼失守。正月，元四川主帥汪良臣督兵入重慶，在與張珏的鏊戰里身中四箭，守將趙安以城降，張珏率兵巷戰不支，乃飲鴆自殺不死，順流走涪州，被元軍俘虜，後自殺。
至元十六年二月，元軍張洪範部圍宋軍於廣東崖山（今廣東新會）海上，陸秀夫抱年幼的宋衛王投水死，同赴水死的有楊太后以下後宮、大臣數十人，死亡將士官民達十餘萬人，南宋的殘餘抵抗運動最後失敗了。
