台灣軍管區司令部暨海岸巡防司令部

台灣軍管區司令部暨海岸巡防司令部”,取代原本警總於行政院治安會報的海岸巡防主導地位。海巡部任務為“反走私、反偷渡、反滲透”,後期加上“反突擊”。11月1日“台灣軍管區司令部”更名為“軍管區司令部”,全銜改為“軍管區司令部暨海岸巡防司令部”。此單位為參謀本部直屬單位,不隸於陸海空軍。
1999年因港口安檢任務需求,再移編憲兵224、241營。
2000年1月,立法院三讀通過“海巡三法”,同年2月1日軍管、海巡分置,海巡署成立後,司令部全銜即改為“軍管區司令部”,以歷史沿革而言,軍管部繼承了警備總部以來的歷史,海巡署則是被視為新的司法警察單位。
2002年3月1日配合國防二法實施,軍管部全銜修訂為“國防部後備司令部”,各地區“師管部”、各縣市“團管部”均修訂為“後備司令部”。
2006年1月1日聯勤留守業務署及所屬各地留守業務處(中心)、示範公墓管理處及忠烈祠管理組移編後備司令部。2月15日,各地區及各縣市“後備司令部”修訂為“後備指揮部”、“司令”改稱“指揮官”。
2008年11月依精進案規劃,後備司令由二級上將降編為中將。
2012年12月28日因應精粹案,並配合中華民國國防部組織調整,降編為“國防部後備指揮部”[1],部分業務交由退輔會管理。新兵訓練中心之後備旅移編陸軍;後備陸戰旅則移編海軍,成立陸戰隊新兵訓練中心[2]。

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