台灣軍管區司令部暨海岸巡防司令部

台灣軍管區司令部暨海岸巡防司令部”，取代原本警總於行政院治安會報的海岸巡防主導地位。海巡部任務為“反走私、反偷渡、反滲透”，後期加上“反突擊”。11月1日“台灣軍管區司令部”更名為“軍管區司令部”，全銜改為“軍管區司令部暨海岸巡防司令部”。此單位為參謀本部直屬單位，不隸於陸海空軍。
1999年因港口安檢任務需求，再移編憲兵224、241營。
2000年1月，立法院三讀通過“海巡三法”，同年2月1日軍管、海巡分置，海巡署成立後，司令部全銜即改為“軍管區司令部”，以歷史沿革而言，軍管部繼承了警備總部以來的歷史，海巡署則是被視為新的司法警察單位。
2002年3月1日配合國防二法實施，軍管部全銜修訂為“國防部後備司令部”，各地區“師管部”、各縣市“團管部”均修訂為“後備司令部”。
2006年1月1日聯勤留守業務署及所屬各地留守業務處（中心）、示範公墓管理處及忠烈祠管理組移編後備司令部。2月15日，各地區及各縣市“後備司令部”修訂為“後備指揮部”、“司令”改稱“指揮官”。
2008年11月依精進案規劃，後備司令由二級上將降編為中將。
2012年12月28日因應精粹案，並配合中華民國國防部組織調整，降編為“國防部後備指揮部”[1]，部分業務交由退輔會管理。新兵訓練中心之後備旅移編陸軍；後備陸戰旅則移編海軍，成立陸戰隊新兵訓練中心[2]。