台灣全省警備總司令部”，由彭孟緝擔任總司令，並正式於台北辦公。
1949年初，台灣全省警備總司令部改名為“台灣省警備總司令部”。1949年秋季，台灣省警備總司令部奉命裁撤，分別成立“東南軍政長官公署”及“台灣省保全司令部”，任命彭孟緝為保全司令。
1958年5月，為精簡機構及統一指揮，陸軍總部將戒嚴業務轉移至新成立的警備總部，將“台灣防衛總司令部”、“台灣省保全司令部”、“台灣省民防司令部”及“台北衛戌總司令部”等四個單位，以“台灣省保全司令部”為基礎合併編成“台灣警備總司令部”，由原台北衛戌總司令黃鎮球將軍擔任台灣警備總司令。
1964年7月1日，調整後備軍人動員體制，國防部裁撤動員局，新編成立“台灣軍管區司令部”，台灣軍管區司令由台灣警備總司令兼任，高司機關雙全銜遂為“台灣警備總司令部、台灣軍管區司令部”。
1977年“靖安一號”專案，憲兵司令部納編原警備總部北、中、南三個警備營為憲兵239～241營。
1992年8月1日因應動員戡亂時期終止，整編憲兵（“忠愛專案”移編憲兵212、214、215、216、219、221、230、319、328營）、陸軍及海軍陸戰隊部分兵力，成立“海岸巡防司令部”，全銜為“台灣軍管區司令部暨海岸巡防司令部”，取代原本警總於行政院治安會報的海岸巡防主導地位。海巡部任務為“反走私、反偷渡、反滲透”，後期加上“反突擊”。11月1日“台灣軍管區司令部”更名為“軍管區司令部”，全銜改為“軍管區司令部暨海岸巡防司令部”。此單位為參謀本部直屬單位，不隸於陸海空軍。
1999年因港口安檢任務需求，再移編憲兵224、241營。
2000年1月，立法院三讀通過“海巡三法”，同年2月1日軍管、海巡分置，海巡署成立後，司令部全銜即改為“軍管區司令部”，以歷史沿革而言，軍管部繼承了警備總部以來的歷史，海巡署則是被視為新的司法警察單位。
2002年3月1日配合國防二法實施，軍管部全銜修訂為“國防部後備司令部”，各地區“師管部”、各縣市“團管部”均修訂為“後備司令部”。
2006年1月1日聯勤留守業務署及所屬各地留守業務處（中心）、示範公墓管理處及忠烈祠管理組移編後備司令部。2月15日，各地區及各縣市“後備司令部”修訂為“後備指揮部”、“司令”改稱“指揮官”。
2008年11月依精進案規劃，後備司令由二級上將降編為中將。
2012年12月28日因應精粹案，並配合中華民國國防部組織調整，降編為“國防部後備指揮部”[1]，部分業務交由退輔會管理。新兵訓練中心之後備旅移編陸軍；後備陸戰旅則移編海軍，成立陸戰隊新兵訓練中心[2]。
