名稱產生原因
“中華民國”本為關稅暨貿易總協定（GATT）會員。由於關稅暨貿易總協定引用聯合國2758號決議案，以致台灣當局不得使用“中華民國”之名稱，而“中華民國”方面欲使用之“台灣”或“中華台北”等名稱亦遭受壓力，故不得不以此名稱於1990年據關稅暨貿易總協定第33條之規定申請加入。1992年得以觀察員身分，列席各項會議。1995年，關稅暨貿易總協定改組為世界貿易組織，“台澎金馬單獨關稅區”取得世貿組織觀察員地位，同年12月，台澎金馬單獨關稅區世貿組織秘書處申請改依世貿組織第十二條加入組織。於2002年1月1日起，成為世貿組織之第140個會員。駐世貿組織代表團之名稱，為“台澎金馬單獨關稅區常任代表團”（permanent mission），團長稱常任代表（permanent representative），團員的職銜使用公使、參事、秘書等職稱，與其他國家常任代表團一致。
各方看法
台灣方面
就台灣方面而言，此一名稱較“中華台北”更為倒退。台灣當局“外交部”稱之為‘美中不足’，台灣媒體亦認為‘委曲’。台灣代表團認為‘台澎金馬單獨關稅區’簡稱“中華台北”，並將之一簡稱沿用於代表團之通訊錄中。
大陸方面
《關於正確使用涉台宣傳用語的意見》第三項第2款規定如下：
對不屬於只有主權國家才能參加的國際組織和民間性的國際經貿、文化、體育組織中的台灣團組機構，不能以“台灣”或“台北”稱之，而應稱其為“中國台北”、“中國台灣”。在我們舉辦的國際體育比賽場合中，台灣團隊可以使用中文名稱“中華台北”，但在我新聞報導中仍應稱其為“中國台北”。台灣地區在WTO中的名稱為“台灣、澎湖、金門、馬祖單獨關稅區”（簡稱中國台北）宣傳報導中可簡稱“ 中國台北”。
中國中央方面因而對台澎金馬單獨關稅區簡稱為“中華台北”感到不滿，由中華人民共和國代表團以外交節略答覆稱，類似的通訊都是“不適當並應避免。”台灣方面於是改用‘台澎金馬單獨關稅區’之全名。
援引《新華社新聞信息報導中的禁用詞和慎用詞(2016年7月修訂)》第六十七條：
台灣地區在WTO中的名稱為“台灣、澎湖、金門、馬祖單獨關稅區”(簡稱“ 中國台北單獨關稅區”)。2008年以來經我安排允許台灣參與的國際組織，如世界衛生大會、國際民航組織公約大會，可根據雙方約定稱台灣代表團為“中華台北” 。
WTO模式
由於台灣在加入國際組織上因遭遇強大壓力而困難重重，政府相關部門研議以‘台澎金馬單獨關稅區’為名加入亞太自由貿易區(FTA-AP)等國際性經濟組織，並稱之為‘WTO模式’，惟至2008年底為止，‘台澎金馬單獨關稅區’一名仍僅用於WTO，未曾使用此名稱加入任何經濟性組織。
