歷史
原先由台灣大學大學論壇社中主張激進路線的社員組成一地下組織，有別於著重校園內爭取言論自由與學生自治的學運路線，濁水溪社前身之地下組織雖然也致力於校內自治民主改革，但又進一步將核心關懷放到台灣整體社會政經脈絡，並強調農民運動之重要性。於1985年成立，成立初期並未向台灣大學課外活動組登記為正式掛名社團，此為地下時期。在地下活動兩年後，台大濁水溪社於1987年正式成為校內社團，為當時改革派社團中唯一以農業問題與農民運動為主要關懷之社團，發行《濁水溪月刊》。並於隔年參與520農民運動。在520農民運動後鏇即投入野百合學運，與改革派學運社團串聯。於1989年與大學論壇社、大學新聞社、噬菌體社等12個學生社團在台大文學院草坪上舉行二二八事件悼念活動。於同年4月7日鄭南榕為言論自由與台灣獨立主張自焚後，於台大校園內發起靜坐追悼與聲援鄭南榕。其後社團逐漸減少公開活動。
於1995年再度向台灣大學課外活動組申請復社，于振興草坪召開社員大會，有感於農民運動之衰退與失焦，設制農民運動研究部。於1997年改變社團經營方針，以“發揚台灣文化”為新的社團宗旨，其後時改變為“關懷生命，回饋農村”等不同訴求。社員以農學院學生逐漸擴散至各科系。
於2004年在課外活動組再度登記復社，2005年4月正式回復運作，以“意識本土、觀照社會”為宗旨，從社會與人文的關懷角度重新出發。
於2006年6月投入校區域網路絡加退選公聽會之抗爭。
活動
作為一個學術性社團，台大濁水溪社每周舉辦讀書會與發行刊物《濁流》。讀書會文本內容涵括國際事務、台灣文學、台灣歷史、台灣政經發展、英文時事座談。定期辦有講座探討當代台灣與歷史回顧，參與講座之與談人包括楊碧川、郭亮吟、辜寬敏、蕭全政、吳睿人、林世煜、陳德斌、范雲、吳乃德、李丁贊等。
台大濁水溪社也定期下鄉進行勞動與社區營造，曾前往高雄縣橋頭鄉、高雄縣美濃鎮、澎湖縣馬公市。活動內容計有人權意識推廣、農村勞動、駐糖廠藝術家村營造、眷村保存等。
於2007年初於台北市果菜市場進行農產品銷售與校園內農產品推廣。
濁流（濁水溪月刊）
《濁流》前身為《濁水溪月刊》，為台大濁水溪社定期發行之學生刊物。台大濁水溪社藉著讀書會、舉辦活動、社員間的討論來互相交流，傳達理念。然而這只能限於社員及一小部分的人，亦難以將訊息傳遞給更多的人。於是，藉由發行《濁流》，台大濁水溪社試圖擴大訊息的傳遞機會，讓沒有機會參加社團活動的人，也可以接觸到社團發出的聲音，亦可以讓更多的人藉文字深入了解該社理念、參與其活動，而不僅止於知道台大濁水溪社名號而已。
《濁流》刊載濁社的活動、讀書會、聯絡方式、文章等等。它是一個社團表達理念的媒介，向外發聲的管道；也是和他人互動交流的平台。藉由文字的書寫，表達理念及關懷。其記錄台大濁水溪社的存在，向他人表達出訊息：有著這種理念的人們確實存在著、運作著。然而社員也藉發行的過程──經由與他人因社刊擦撞而出的反應及迴響──漸漸發現自己也是社團理念的代表，也是一種實踐；社員也藉著編輯社刊及寫作社刊文章的機會、思考社團的理念如何傳達及連貫。
今昔社員
林滴娟：故前高雄市議員。在大三時發表以濁水溪上游到下游變遷史與環境生態惡化之散文《嗚咽的濁水溪》於當時的社團刊物《濁水溪月刊》，使濁水溪社被喻為“台大改革派社團散文獎第一名”。並於1989年帶領濁水溪社在台大校園內發起“林茂生追思會”以紀念二二八事件。黃偉哲：現任“中華民國立法院”“立法委員”。為地下社團時的創始社員之一。
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