古柏亭是明代成化(公元1465—1470年)初年吳綬在維修隆中諸葛故宅時修建的。開始建在三顧堂後邊現在草廬亭的位置,用茅草覆蓋而成,揭以古柏,以昭亮節。明朝弘治二年古柏亭遭到破壞,並隨諸葛故居東遷到東山窪里。
清初,趙宏恩維修隆中古蹟時,將三顧堂從東山窪遷到原來的位置,在原古柏亭處修建了草廬亭。清朝乾隆年間(公元1736—1796年)李敏學、永升先後對諸葛故居進行了維修,他們將趙宏恩建在躬耕田旁的躬耕亭改為古柏亭。清朝光緒九年,程文炳又將古柏亭修建到三顧堂後數十步的半山腰上。近百年來,由於沒有對其維修,古柏亭早起摧毀。1985年,隆中風景區管理處在程文炳修建古柏亭的地方重建了現在的古柏亭。