地理劃分
世界自然基金會(WWF)和美國自然保育協會(The Nature Conservancy)把印度洋-太平洋海域分為三個海區,並把每個海區又分為一些小海區。
印度太平洋西海區
印度太平洋西海區包含印度洋西部和中部,包括非洲東海岸、紅海、亞丁灣、波斯灣、阿拉伯海、孟加拉灣和安達曼海。
印度太平洋中海區
印度太平洋中海區包括很多連線印度洋與太平洋的海和海峽,有印尼群島附近的一些海(除了屬於印度太平洋西海區的蘇門答臘島西北海岸)、南海、菲律賓海、澳大利亞北海岸與紐幾內亞、密克羅尼西亞西部和中部、新喀里多尼亞、索羅門群島、萬那杜、斐濟和湯加附近的一些海。印度太平洋中海區因為處於兩個大洋中間,所以擁有最多品種的珊瑚和紅樹林。
印度太平洋東海區
印度太平洋東海區包含著中太平洋的絕大部分火山島,從馬紹爾群島,穿過玻里尼西亞的中部和東南部,一直延伸到復活節島和夏威夷群島。