歷史
殖民前的交流
在15世紀前中國與現在的印度尼西亞很少有直接的聯繫。中國和印度尼西亞群島的貿易掌握在印度尼西亞人手裡。中國商船的標準名稱junk來源於爪哇語jong。jong在爪哇語中用來描述那些從中國南部長途跋涉到東南亞的商船。中國的史料中有僧人法顯在5世紀經過這一地區去印度的記載。唐朝時也一度與印度尼西亞王國有頻繁的聯繫。有諷刺意味的是，中國人是爪哇最早的伊斯蘭傳教士，但是現在的大多數印尼華人卻不是穆斯林。有一種理論認為，在15世紀的時候，是鄭和等中國商船將伊斯蘭教帶入印尼。另外一種理論認為，是印度人將伊斯蘭教帶到了馬來半島和印度尼西亞群島。
荷蘭殖民時期
荷蘭人的寵愛最早的華人移民潮發生在荷蘭殖民的早中期，大多數都是尋找商機的商販。
華人與印尼原住民的關係直到今天都還是問題重重。一些評論者認為這可以追溯到荷蘭殖民時期。當時荷蘭人的殖民政策偏愛華人，因此華人在這一地區建立了經濟上的主導地位。
荷蘭人建立的社會等級制度使得華人很難與當地原住民融合。因為華人和阿拉伯裔是社會的第二等級，土著是社會的最底層，歐洲人位於社會的最高等級。荷蘭人是選擇性的優待某個少數民族或宗教而達到其破壞原有社會體制策略的發明者。華人成為他們殖民統治的道具，成為緩衝其與原住民矛盾的緩衝器。法國人和英國人後來採用了同樣的策略，他們利用當地的天主教信徒和猶太人來統治阿拉伯世界。
由於華人被荷蘭人認為聰明，勤奮，有能力管理大農場而受優待，許多華人成了殖民統治的支持者。事實上，在荷蘭殖民早期，華人積極支持荷蘭人在這片地區建立其統治地位。例如，17世紀時萬丹省的“中國船長”SouwBengKong（宋八公）在他管理雅加達的時期大量組織華人移民到印尼，這極大的動搖了這一地區的經濟，使得荷蘭人更容易征服伊斯蘭萬丹王國。
作為獎勵，在1619年宋八公成為第一個KapiteinderChinezen。並獎勵給他的繼承人封地，授予世襲的Sia稱號。這些貴族化的峇峇娘惹掌握了爪哇島上從原住民貴族手中沒收來的大量土地和財富。通過這種手法，他們統治了雅加達的峇峇娘惹和華人。這種體系後來延伸到了爪哇在內的其他的島嶼上。
那些被剝奪了土地的原住民貴族，由於缺乏建立領地的經濟基礎。於是尋求用武力方式奪回原本屬於他們的土地。
荷蘭人和華人參與了上千爪哇奴隸的貿易活動。爪哇人被認為容易出問題，於是將他們運到了在蘇門答臘的華人農場。
1740大屠殺
荷蘭人常常並不友好的看待華人。在18世紀早期，由於華人從雅加達建成伊始就在經濟上占主導地位，這在某種方式上導致他們之間的關係越來越緊張。大量華工建造雅加達城，並且耕作附近的土地，中國商人的數量也不斷增加，造成荷蘭東印度公司（VOC）對華人的依賴越來越大。
由於東印度公司的利潤大多數來自於在亞洲國家間的貿易，並不運回荷蘭，雅加達的華人很自然的成了聯繫中國的最好方式。
荷蘭人和華人在經濟上相互依賴，理論上應該有很好的關係，但是由於華人的社會地位實際上與荷蘭人平等，而經濟上又是對手。這一因素造成荷蘭人對於華人與日俱增的憎恨。
引起這些憎恨最終爆發的不僅是華人的商幫，還有華人在爪哇各個經濟領域的活動：富有的華人從中國引入窮人當苦力來開展農業生產。這些苦力成了最重要的經濟領域——甘蔗種植園——的主要勞動力。
越來越多的苦力被引入，導致快到1740年的時候，華人人口占了荷蘭東印度公司統治地區一半。1690年殖民當局嚴令禁止再從中國引入苦力。但這沒能阻止從中國引入苦力的浪潮，僱主通過向官員行賄的方式繼續引入。
1720年，歐洲市場逐漸飽和，蔗糖市場面臨越來越深的危機。爪哇的甘蔗農場面臨來自更便宜的巴西蔗糖的激烈競爭。許多農場主破產，殖民當局沒有採取措施緩解越來越嚴重的失業問題，一些絕望的失業者成為了暴民。
最後，殖民當局宣布將加里曼丹的苦力運到荷蘭在錫蘭南部加勒的種植園。無法知道是不是荷蘭人的真正意圖，謠言開始流傳說荷蘭人想把這些苦力運到海里扔掉。苦力拒絕登船，叛亂爆發。叛亂者不僅在農村地區搶劫，甚至要攻擊雅加達。
雖然沒有證據，雅加達的荷蘭人懷疑城內的5000華人計畫加入叛亂的苦力。1740年10月9日，荷蘭人命令搜查所有在雅加達的華人居民的住處。這最終演變成三天全方位的大屠殺——所有的華人都被屠殺在自己家裡，先前抓獲的也在監獄和醫院裡立即處死。
一個傳教士煽風點火說殺華人是“神的旨意”，殖民政府據說按人頭懸賞。這次屠殺的受害者人數估計有5000至10000。紅溪（KaliAngke）這個名字據說來源於那次屠殺造成的“血流成河”。
在這之後，殖民政府宣布“恢復持續”。在雅加達等其他荷蘭統治的城市裡華人被指定住在特定的區域。雅加達華人被指定住在Glodok區，現在還有許多華人生活在那裡。
大屠殺後，荷蘭總督AdriaanValckenier被逮捕並要求向HeerenXVII（十七世殿下,荷蘭東印度公司董事）說明。他死在監獄裡，但是對他的指控宣布“免於死刑”。
這件事在後來還常常被提起，特別是在形勢緊張的時候。
繼續移民並分化為三個分支
甚至這樣的血腥事件都沒能阻止華人繼續向印度尼西亞群島移民，在中國找不到的經濟機會的吸引力超過歧視和被壓迫的危險。
在這一時期的早期華人移民與中國大陸有更緊密的聯繫，這表現在他們強烈的回家意識而把這兒當成他們臨時的處所。
由於18世紀中期，乾隆皇帝認為這些流亡海外的人是變節者，會對中國造成威脅，移民對回家的態度開始有了改變。雖然乾隆皇帝採取閉關自守的政策，但是沒有證據表明這些海外流亡者被禁止回到他們的家鄉。
然而許多流亡者發現印度尼西亞群島對他們更有吸引力。滿清政府的敵意和壓迫導致更多的人從中國遷出。被舒適的生活所引誘，一些人不再將自己與中國大陸聯繫起來，他們被稱為峇峇娘惹。一些峇峇娘惹與當地原住民通婚，但一般來說都是苦力的女兒。
很多華人認為他們是荷蘭人，信仰天主教，不僅通常受到良好的教育，有較高社會地位，而且效仿西方的生活方式，認為自己更優等。他們被叫做僑生。19世紀晚期，大多數享有Sia稱號的貴族家庭都迅速西化。到了20世紀早期，他們中的許多人----尤其是雅加達附近的----甚至“比荷蘭人更荷蘭人”。這些Sia貴族結果成了殖民統治的最強有力的支持者。
這些與中國大陸仍然維持關係的華人，仍然維持華人信仰及風俗，認為峇峇娘惹和僑生是不孝子，因為峇峇娘惹和僑生儘量避開中國傳統，這些仍然“純”的華人被叫做新客。
這三個印尼華人群體有完全不同的民族觀。
僑生更傾向荷蘭，峇峇娘惹更傾向印度尼西亞群島原住民，新客更傾向中國。
荷蘭改變政策後Sia貴族開始衰敗
二十世紀二三十年代，長期把持經濟的Sia貴族被他們支持的荷蘭殖民政府系統性的摧毀。在Wilhelmina女皇在荷蘭議會的演講中強調自己對東印度群島欠下“道德債”之後，殖民政府實行了所謂的“社會政策”。這個政策的目標就是要結束爪哇的封建制度和打破峇峇娘惹貴族。
結果是華人Sia貴族，而不是原住民貴族，在這個政策中遭受損失。原住民貴族的土地在殖民早期的時候就被荷蘭人沒收了，而且還把Majapahit王國分成了四塊。荷蘭人為了補救這不受歡迎的而且實際上是種族主義的政策，發起一個將這些中上層半貴族家族招募為公務員的計畫，這些人被稱為priyayi。
荷蘭政府強迫獲取峇峇娘惹貴族的封地，破壞了很多華人地主家族。雖然他們很多成功轉入商界，但是大多數以前的Sia貴族（這個頭銜在二十世紀四十年代被廢除）被新客取代。後者現在仍然是印尼經濟實力最強大的族群。
伴隨封建Sia貴族的衰敗，印尼華人經歷了一個現代化的過程，他們建立了西式社會和政治制度。他們二十世紀二十年代在泗水建立了爪哇第一個非西式的學校。二十世紀六十年代，很多中文學校在大城市中建立了起來。第一個中文報紙和政黨也在這一時期建立了起來。這些政黨有的認為他們是印尼民族運動的一部分，有的仍然認為印尼華人是中國國民。印尼華人是否是中國國民這個問題花了數十年都沒能解決。
民族主義時期
中國政治局勢的反映後一波的移民仍然維持與中國的聯繫，這些聯繫主要是通過支持中國民主運動推翻滿清政府的方式。雖然這些支持主要是通過提供資金的方式，但一些印尼華人積極參與政治活動，尤其是在孫中山時代。新客是他們當中最活躍的。
雖然中國共產黨在早期並未得到印尼華人的支持，但從二十世紀三十年代起，共產黨的抗日鬥爭獲得了許多新客甚至是僑生的支持。與國共內戰同步，印尼華人在對中國的支持上分為兩陣營，一派支持國民黨，一派支持共產黨。
對印尼民主主義的同情
十九世紀末，二十世紀初，峇峇娘惹加速融入印尼文化。而新客的下一代仍然維持與中國的關係。
雖然荷蘭政府給予印尼華人特殊地位，但他們越來越加緊歧視壓迫所有的印尼華人。因此三個華人族群越來越一致的的傾向印尼民族運動，特別是提供資金支持。但越來越多的檔案顯示了華人對荷蘭的準軍事支持，試圖粉碎印尼獨立運動，因此遭來印尼原住民長期的敵視。
越來越多的印尼華人參與印尼的政治。新客建立了一個聯合印尼和中國為目標的政黨，並且建立了報紙。峇峇娘惹和僑生通常加入民族主義政黨。他們有些成為荷蘭軍官，後來又成為日本軍官，但是不利用他們的職位幫助印尼民族運動。他們也是印尼報紙的先鋒，利用他們剛剛建立的報社，他們與其他印尼作家一起發表他們的政治理念。1928年11月，中文周刊新報是第一個公開發表印尼國歌偉大的印度尼西亞的報紙。有時，牽涉到這樣的活動有入獄甚至生命的危險，因為荷蘭殖民當局禁止民族主義刊物和活動。
二十世紀四十年代的日本占領時期，印尼華人積極參與獨立運動，當時除了華僑中會以外的其他印尼華人政黨都被禁止。出現了一些著名的支持獨立運動的人物，比如蕭玉燦（SiauwGiokTjhan）和林群賢（LiemKoenHian），遺憾的是蕭玉燦作為了中華人民共和國的公民去世，葉全明(YapTjwanBing)，印尼獨立籌備委員會（PanitiaPersiapanKemerdekaanIndonesia）成員，在二十世紀六十年代成了美國公民。
印尼民族革命
最初由日本人支持建立的“BPUPKI”（印尼獨立準備調查團），在日本統治結束後的1945年8月17日宣布的印尼獨立聲明中扮演了中心角色，表明重回荷蘭殖民統治是不可接受的。
印尼獨立運動期間，許多印尼華人支持印尼獨立運動。起草1945年印尼憲法的BPUPKI成員有六個是印尼華人。
類似美國二戰中組建的純日本裔部隊，組建純印尼華人部隊也被提出來，但這個建議最終被拒絕。華人被要求加入當地支持獨立的團體。
由於缺少像這樣能夠明確區分族群的部隊，在印尼民族革命中華人參與革命的精確數字和華人參加革命的比例現在仍然有爭議。這成為一個敏感問題，因為這涉及到一個在那場戰爭中建立起來的印度尼西亞戰後華人的地位問題。
1946年，中華民國駐巴達維亞總領事蔣家棟（ChiangChiaTung）在棉蘭表示，中華民國支持印尼獨立。
獨立後的騷亂（1945-1965）
在1945至1950年，為了從荷蘭獨立的民族革命中，一些印尼華人加入了印度尼西亞共和軍。那時經濟滑坡賦稅加重，所有的物資都很缺乏，而且大多數被荷蘭或日本沒收給他們自己的軍隊了。印尼華人為走私這些貨物作出貢獻。然而，隨著荷蘭漸漸的重新建立起他們的統治，走私變得越來越難，武裝衝突也在所難免。
獨立後，日本和荷蘭的公司都荒廢了。新政府將他們以很便宜的價格賣出。印尼華人很快消化了這些公司。然而，許多pribumis試圖限制這一現象，他們非難華人在戰爭中不愛國（因為他們很少參與武裝衝突）。新生的印尼政府強制要求他們放棄已經獲得的財產。這可能是印尼華人個人權利被限制的開始。於是華人的政治活動大大的減少了，但是沒有完全消失。
隨著印尼經濟進一步被印尼華人控制，這些歧視越來越嚴重。pribumis譴責政府不提供一個平等的平台反而加劇他們的困境。這使得印尼華人與pribumis本來就不好的關係進一步升級。因為pribumis認為華人是殖民政府的代理。而華人向唐人街聚集（與pribumis隔離）的傾向加劇了這一狀況。
1959總統蘇加諾批准了PP10/1959，這一檔案命令強迫印尼華人關閉在農村的產業，搬遷到城市。這一命令的實施很野蠻。1967年西加里曼丹的事件中，42000華人被指為分裂分子而被清洗。
為了抗議，許多新客回到中國大陸、香港和台灣，但是發現他們在這裡也不受歡迎。具有諷刺意味的是，雖然他們極力維護他們“純正的中國血統”，但在這裡，他們不被認為是“純”的中國人。早期回遷華人的不幸訊息很快在印尼華人中傳播。他們很快發現他們自己既不是印尼人也不是中國人。一些人決定搬到其他地方，比如新加坡和馬來西亞。
由於蘇哈托不加區別的對待，峇峇娘惹、僑生和新客的界限被模糊了。他們被全部強迫改為印尼姓。這項法令被印尼華人認為是至今為止最恥辱的一個，他們強迫喪失了自己的姓。1965至1975年期間，軍隊和警察猖狂的虐待印尼華人，比如公開搶劫和強姦。在這期間，警察可以虐待任意說中文的人，在這一艱苦時期存活的唯一方法是行賄。
另外，被認為在印尼獨立期間是英雄的那些華人，像蕭玉燦（SiauwGiokTjhan）和林群賢（LiemKoenHian）不是被野蠻的處死，就是被流放或者關押，抗議的人被秘密殺害。他們全部都不被認為是民族英雄了。這使得印尼華人在這一時期不再為印度尼西亞獻身了。
印尼華人在除了經濟和產業外的其他方面全部被禁止，這使得他們專注於這些方面，並且取得極大的成功。這給政府和軍方帶來從中國商人那裡索取賄賂的機會。賄賂和腐敗成為常態。這加大了他們與pribumis的貧富差距。pribumi指控印尼華人與政府勾結，污染了整個政治體系。另一方面，華人則認為對待他們不公，政府偏向pribumis。
隨著越來越多的歧視和敵意積累起來，印尼華人把自己看成一個分離的族群不再認為自己是印度尼西亞人了。儘管年輕一代並不像他們老一代那樣遵循中國傳統，但他們仍然認為他們與印尼人不同。
在這一時期，年輕一代接受了西方文化，而且越來越覺得西方文化優越。他們越來越傾向西方國家，比如美國和英國。父母都把子女送到西方國家，西化變得很流行。
1998年的雅加達暴亂，許多印尼華人成為目標。這次騷亂受到說中文國家的譴責，蘇哈托被指控為暴亂的策劃者，但是他們指錯了人。經受了洗劫和縱火後的印尼華人逃離了印度尼西亞。可笑的是，他們發現他們更容易接受西方國家，而不是他們出生的印度尼西亞。甚至在暴亂平息後，他們很多人不想回去。
蘇哈托的下台令這些留在印度尼西亞的印尼華人鬆了一口氣。他們希望新總統能夠恢復他們以前的地位，結束這長達數世紀的敵意。
在改革早期，政府關注於穩定經濟和安全，歧視仍然很猖獗。然而印尼華人獲得了用有限的方式表達自己的勇氣，這在蘇哈托的強硬策略時期是不可能的。不幸的是，仍然有許多忠於蘇哈托的官員實施歧視的法律。但這不是由於意識形態，而是為了獲得他們自己的好處。
同化進“新持序”（1965-1998）
二十世紀六十年代，像PP10/1959這樣的很多政府法令，限制印尼華人在農村地區活動，把他們搬遷到大城市。
蘇哈托總統鼓吹將華人同化而不是融合。作為1967年“解決華人問題的基本政策”和其他措施的一部分，中文報紙只保留一個，所有華人的宗教活動被限制在屋內，中文學校逐漸被淘汰，中文不允許出現在公共場合，鼓勵使用印尼姓名。大多數這一類的法律在1998年蘇哈托下台後廢除。
二十世紀七八十年代的政治壓力限制了印尼華人在政治、學術和軍事領域的角色。結果，由於這些限制，他們成為貿易、製造和銀行等領域的企業家或職業經理人。在1965年所謂的“共產主義政變”後的七十年代，印尼華人被指控幫助共產主義，因此對華人有強烈的牴觸情緒。
大多數印尼華人都不是穆斯林，這加重了當地穆斯林對他們的敵意。從爪哇最早的穆斯林傳教士是華裔的這個角度來看，這十分可笑。有歷史理論認為第一個將穆斯林信仰帶到印度尼西亞的人是中國商人，特別是這些隨鄭和來到三寶壟的商人。鄭和不是漢人，他來自中國少數民族的穆斯林。
許多政策禁止教、說和發行中文。排華情緒在pribumi中越來越嚴重，針對華人的屠殺時有發生。印尼華人的身份證上標記“WNI”（WargaNegaraIndonesia，印度尼西亞公民）而不是像pribumi的身份證上只寫“印度尼西亞人”，這作為印尼華人的一種婉轉的標記。這讓官員更容易向他們索要賄賂，類似希特勒要猶太人佩戴猶太教六芒星。即使是本地出生的或者在印尼生活了很多代的華人也必須持聲明他們放棄中國國籍的證明。
這些高度歧視的法律被一些人認為是政府在努力的進行文化滅絕。一些印尼華人無法忍受逃走了，新客回到中國大陸，結果在文化大革命中被逮捕，僑生回到了他們的老東家荷蘭。
1998年，在蘇哈托當了32年總統下台前，發生大規模針對印尼華人的暴亂和一系列的屠殺。華人家庭被搶劫並燒毀，許多華人被強姦或殺害。1998年的事件，由於網際網路的出現，與以前針對華人的屠殺有了很大不同。這次事件在網際網路上實時的傳播，喚起了全球華人的興趣和情緒，導致大量華人在許多國家向印尼政府抗議。
在這次悲劇後，大量的印尼華人逃往美國、澳大利亞、新加坡和荷蘭等國家。
由於歧視，大多數印尼華人雖然經濟上富有但不積極參與政治活動，也不向立法機構遊說來保護他們自己的利益。
這種情形不同於在旁邊的馬來西亞，華人在政治經濟上都很活躍，雖然他們在那裡也是少數民族，也是在穆斯林國家。
雖然法律和民意歧視印尼華人，他們在除了經濟領域以外的很多領域也很成功，最著名的就是羽毛球。羽毛球是印度尼西亞最流行的體育運動。印尼運動員在二十世紀六十至九十年代統治了這項運動。許多受人歡迎的運動員和教練都是印尼華人，比如：JoeHok、RudyHartono、紀明發（ChristianHadinata）、梁春生（TjunTjun）、JohanWahjudi、AdeChandra、林水鏡（LiemSwieKing）、IvanaLie、Verawaty、王蓮香（SusiSusanti）、魏仁芳（AlanBudikusuma）、ArdyWiranata和HeryantoArbi。
“改革”過後平等對待（1998年-至今）
在瓦希德當選總統後，為了緩和民族關係，他很快廢除了一些歧視性的法律。2000年瓦希德頒布6號總統令，廢除1967年14號總統令關於華人宗教、信仰和傳統的條款，允許華人宗教和傳統自由進行而不需要獲得批准。兩年後，梅加瓦蒂總統宣布，春節從2003年起為國家假日。
哈比比在1998年頒布總統令重新允許教授中文，而且取消華人在入學登記和申請公職時要出示國籍證明的要求。2001年，取消中文不允許出現在公共場合的限制。由於學中文的越來越多，為了滿足需求，中國向一些省份和大學派人指導中文教學。
印尼華人重新開始進入政治舞台。經濟學家郭建義（KwikKianGie）分別在瓦希德政府和梅加瓦蒂政府出任經濟與金融部長和國家發展計畫部長。2004年蘇西洛政府任命馮慧蘭（MariPangestu）為貿易部長。她是第一個進入內閣的華人女性。儘管像印度尼西亞華人改革黨（PartaiReformasiTionghoaIndonesia）和PartaiBhinnekaTunggalIkaIndonesia這樣的黨派沒有在1999和2004年獲得很大支持。現在有很多華裔成為政府官員候選人。在1999到2004期間，候選人人數從不足50增長到差不多150，最近的一些候選人甚至贏得地區職位的選舉。在2009立法會選舉雅加達地區代表的58個華裔候選人中，有兩位贏得人民代表委員席位。
1965至1994年期間，中文被禁止出現在電視上，但是數年之後才真正的出現在電視上。2000年11月，Metro電視台成為第一個向當地電視台廣播國語新聞的電視台。在幾乎同一時期，雅加達的Cakrawala電台增加了國語音樂和新聞節目。這個電台在這之前已經播放過用印尼語改寫歌詞的華語流行歌曲。
根據2006年國籍法，原住民與非原住民的區別被廢除了，只保留了印度尼西亞族與外來族的區別。在2007年春節，蘇西洛重申對華裔用“中華”代替“支那”，對新客用“中國”來代表“中華人民共和國”，來防止“支那”的負面涵義。這個改變在SuaraPembaruan報的文章上面反映出來。
印尼司法與人權部此前已發出針對華人簡化辦理國籍證的政府令，目前已批准文登市1262名華人正式成為印尼公民。另據報導，新任雅加達特區省長在春節期間表示，當局已決定採取突破性措施，免費向至今尚未擁有身份證的華人貧民提供身份證明。
2006年8月9日生效的印尼新國籍法取消了舊國籍法中一些針對少數民族在種族、性別和婚姻方面的歧視性條款，規定凡出生在印尼且未接受外國國籍的人均為印尼國民，所有種族和社群都享有同樣的權利和義務。
2009年印尼地震中約有4.5萬華裔受災。而印尼政府還沒有對華裔進行援助。華裔互助團體的一名負責人稱“80%的建築物損壞，目前已收容約50名華裔居民的遺體。可能還有幾十人被活埋在廢墟里”。華裔團體展開自救行動。
名人
李金福：學者，中華會館創始人之一鄭建盛：貿工部長（蘇哈托時期）
郭建義（KwikKianGie）：經濟與金融部長（1999年-2000年），國家發展計畫部長（2001年-2004年）。
馮慧蘭（MariPangestu）：貿易部長（2004-）、經濟學者。
王賡武：歷史學者。
王蓮香：（SusiSusanti）：羽球選手與1992年奧運金牌得主。
魏仁芳（AlanBudikusuma）：羽球選手與1992年奧運金牌得主。
蘇福義（SoeHokGie）：民運人士。
黃維源：印尼針記集團創始人，子黃惠祥、黃惠忠、黃廷周，中國福建晉江潘湖籍
Alena
張海麗
黃健中
劉邦高
李文正
林紹良
羅福星
阿格尼絲·莫妮卡
彭嘉衡
沈詩鈞
林羽峰
王蓮香
蔡祥林
魏仁芳
林文鏡
唐寧
湯仙虎
阿卜杜勒-拉赫曼·瓦希德
唐崇榮
王賡武
