歷史
馬魯古地區原為荷屬東印度的一部分。
南馬魯古共和國的成立與淪陷
1949年，印尼脫離原荷蘭殖民地荷屬東印度獨立，南馬魯古地區的馬魯古族人則拒絕加入印尼。馬魯古人，前印尼聯邦政府法務部長索烏莫基爾支持荷蘭人提出的邦聯制，因而宣布成立南馬魯古共和國。
1950年11月，印尼政府派軍隊鎮壓。由於力量對比懸殊，該國很快淪陷。該國淪陷後，小規模的游擊鬥爭一直持續到1962年。印尼軍隊攻陷安汶島後，有12,000名摩鹿加士兵流亡荷蘭。
流亡政府
1962年，南摩鹿加共和國流亡政府在荷蘭成立。
1998年，印尼蘇哈托政府垮台後，馬魯古地區的穆斯林和基督教徒陷入了長達3年的教派衝突，流亡在荷蘭的“南馬魯古共和國運動”人士則乘機恢復在馬魯古的分離主義活動。
2004年，該流亡政府的支持者在安汶市舉行遊行，紀念成立共和國54周年，與部分穆斯林發生了嚴重衝突。
國家象徵
國徽
南馬魯古共和國國徽南馬魯古共和國國徽為圓形，主要圖案為一隻鴿子與其下的橄欖枝。
國歌
該國國歌為《馬魯古，我的祖國》（Malukutanahairku）。
| 馬來文 | 英文翻譯 |
| OhMaluku,tanahairku, Tanahtumpahdarahku. Kuberbaktipadamu Slamaharihidupku. Engkaulahpusakaraya Yangleluhurdanteguh. Akujunjungselamanya Hinggasampaiajalku. Akuingatterlebih Sejarahmuyangpedih. | Maluku,myhomeland, Mylandoforigin. Idevotemystrengthtothee AslongasImaylive. Thouartmygreatheritage Upliftedaboveall. Iwillalwayshonorthee Untilmydyingday. Iwillrecallinmemory Aboveallthyharrowinghistory. |
| OhMaluku,tanahairku, Tanahdatuk-datukku. Atasviadolorosa Engkauhidupmerdeka. Putra-putriyangsejati Tumpahdarahbagimu. KubersumpahTRUSberbakti Sertatanggungnasibmu. Akulindungterlebih Sejarahmuyangpedih. | Maluku,myhomeland, Landofmyancestors. Throughthisroadofsuffering Willwereachliberty. Thytruesonsanddaughters Haveshedtheirbloodforthee. Iamsworntodedication Tokeepthyfuturesafe. AboveallIwillprotectthee Andthyharrowinghistory. |
| Mena-Muria,printahleluhur SegenapjiwakuSERU. Bersegralahmembelamu Sepertilaskaryangjujur. Denganprisaidanimanku Behkanharapyangteguh. Kuberkurbandanberasa Karenadikaaibuku Kudoakanterlebih Mena-Muria,hiduplah! | MenaMuria,thehighercall Iyellwholeheartedly. Ihastentodefendthee Asanarmyjustandtrue. Withshieldandfaith Andaboveallingreatresilience Iwillsacrificeandstruggle. Forthouartmycradle AndaboveallIwillpray ThatMenaMuriamayforeverstay |
政治事件
印度尼西亞總統蘇西洛·班邦·尤多約諾原定2010年10月5日訪問荷蘭，卻突然在當天宣布取消。原因是，一個流亡荷蘭、追求馬魯古群島從印尼獨立出去的組織，向荷蘭的一家地區法庭起訴蘇西洛侵犯人權，該法庭有意在蘇西洛訪荷期間，開庭審理此案，並可能下令將蘇西洛逮捕。而荷蘭政府以無權干預司法為由，拒絕阻止開庭。
軼事
2013年4月2日，印尼警方因錯將法國國旗辨認為馬魯古群島分裂組織的旗幟。在馬魯古群島逮捕了17名礦工。當時，這些礦工正揮舞法國旗幟為法國足球隊加油。
