生涯
繼承家督
南部信直由於南部晴政一直無子，因此將女兒嫁給信直讓其成為養子。然而至1570年時，晴政的長子南部晴繼誕生，由於晴政是老來得子，因此十分溺愛晴繼。信直擔心自己非晴政親生骨肉，日後晴政為了讓晴繼繼承家督時會剷除他，身感危險便自行辭去晴政養子的名義。（此理可由日後的豐臣秀吉與豐臣秀次事件可知。）
1582年，南部晴政死亡，由南部晴繼繼承家督，但同年內遭到不明的暴漢集團暗殺。有說法是信直正是幕後主導者，甚至說是信直引起內亂，殺死了南部晴政父子，但真相依然不明。
晴繼死後，九戶政實便推舉其弟九戶實親繼承家督（因為實親的夫人也是南部晴政的女兒），而南長義和北信愛則是推舉信直，最後由信直繼承家督。九戶政實懷恨在心，家中一直處於不穩的狀態。
豐臣政權之下
1586年，滅亡了高水寺斯波氏擴大勢力。1587年，派遣北信愛向加賀國的前田利家表示對豐臣政權的臣服。1590年，參與豐臣秀吉的小田原征伐，此時南部家的叛臣津輕為信也有參陣。
小田原征伐結束後，豐臣秀吉開始進行奧州仕置，其中最讓信直難堪的就是承認津輕為信是獨立大名，信直向秀吉抗訴，認為為信是從南部家背叛出來的勢力，又違反了 惣無事令（禁止大名間私鬥之令），沒有理由成為大名，但為信也靠著在豐臣家中的私交（如織田信雄、豐臣秀次、石田三成）以及秀吉不願讓單一勢力領地過大的情況下，駁回了為信叛亂的說詞，但有額外配給幾郡領土給南部家作為補償，讓信直不得不接受這個事實。之後秀吉因奧州仕置而遠征東北時，信直便與淺野長政共同擔任先鋒。
1591年，九戶政實叛亂，史稱九戶政實之亂，也是豐臣政權之下國內最後一戰。由於秀吉集結了許多東北地區的大名（包含津輕為信在內）平定該亂，因此迅速的就被鎮壓，政實與實親兄弟被以謀反人的身分被處刑。討伐九戶氏後，秀吉便命令蒲生氏鄉去修築九戶城，之後信直也將本據地從三戶城移到九戶城，並將九戶城改名為福岡城。
1592年，參加文祿・慶長之役，便至肥前國的名護屋城參陣。
晚年
從肥前國回國後，便開始鞏固領地內的治安與建設，以及欲在盛岡建築新居城。由於領地在九戶政實之亂後有再做調整，變得與伊達氏的領地有銜接，信直知道伊達政宗是個狡猾的野心家，所以才將新居城的地點定在盛岡以防伊達政宗的侵略，而在1600年關原之戰時期，伊達政宗也的確煽動和賀忠親在南部領地內引起一揆的行動來看，證明信直的顧慮是正確的。
1598年，豐臣秀吉去世後，開始接近德川家康。1599年，盛岡城開始動工，同年10月5日於福岡城病死，享年54歲，法名“常往院殿前光錄大夫江山心公大居士”，墓所於青森縣三戶郡南部町的三光院。
逸話
晚年受中風所苦，為了拜見秀吉及從軍朝鮮出兵而西行非常辛苦。死前寫信跟長女 千代（八戶直榮之妻）提醒說“最重要的是，要多吃海藻類食物，如海帶等等的來保持身體健康。”。
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