設立宗旨
開展教育教學業務的研究，促進教育事業發展。業務範圍
組織並指導全市中國小校、幼稚園、職業學校等開展教育科研、教學研究，進行課程、教材、課題、考試研究，組織開展課改師資培訓、教育科研人員培訓，編印《南通教育研究》《南通教育》，開展教育信息的收集研究、宣傳交流，教育史志編撰等工作。內設機構及職能
（一）綜合科負責中心日常事務管理和協調工作；負責工作計畫、總結、規劃等起草工作；負責人事、財務、資產、檔案、資料、物業、網站管理及安全保衛、綜合治理工作；協助黨組織做好黨建、幹部考察等工作；配合做好民調、計畫生育工作；負責南通市教育科學規劃領導小組辦公室日常工作。
（二）中學教學研究科
負責全市初、高中的教學研究、指導和服務工作；負責組織開展初、高中教學研究活動，組織教師業務培訓和有利於學生髮展的技能競賽，編寫鄉土教材和補充教材；負責初、高中基礎教育課程改革與實驗及經驗推廣，組織教學檢查和質量評估，研究考試方法的改革。
（三）國小教學研究科
負責全市小教、幼教和特教的教學研究、指導和服務工作；負責開展小教、幼教和特教的教學研究活動，組織教師業務培訓和有利於學生髮展的技能競賽，編寫鄉土教材和補充教材；負責小教、幼教和特教基礎教育課程改革與實驗及經驗推廣，組織教學檢查和質量評估，研究考試方法的改革。
（四）職業教育研究科
負責全市職業教育的教學研究、指導和服務工作；負責開展職業教育的教學研究活動，組織教師業務培訓和有利於學生髮展的技能競賽，編寫鄉土教材和補充教材；負責職業教育的課程改革與實驗及經驗推廣，組織教學檢查和質量評估，研究考試方法的改革。
（五）教育理論研究科
負責全市教育科學研究、教育史志編纂和省、市各類研究課題的諮詢、指導、評估、服務；編印《南通教育研究》；負責做好優秀課題成果的總結、宣傳、評選、推廣、套用。
（六）教育信息宣傳科
負責教育教學信息與情報的收集與發布工作，為教育行政部門決策提供參考資料；負責《南通教育》和《南通教育?江海晚報》等內部資料的編輯、審定、發行工作。
