清康熙甲戌年（1694）有大龍主崇山德鼎禪師嗣楚薄玉崖上方天目開老人，慨嘆南泉寺被廢，乃攜諸子結廬居廢寺旁，籌劃重新修建。得到縣令唐際的幫助，終於鳩工修建，並創立重門寶殿，廣廈修廊，使佛像燦然，紫金光聚，金鼓交參。由是十方檀越近悅遠來，湖海高賢雲奔水赴。鐘鼓之聲，遠聞數里，常年煙火不絕。這是南泉寺的鼎盛時期。
從康熙重修後，主持僧可考者有：崇山德鼎禪師嗣法門人行和、本山法養行見、祜玉、祜鑒、宗容、宗林、宗蘭等庭目下只有深根尚健在，深根原姓蔣，七歲在南泉寺受戒，曾一度在藕花堂寺內住過，解放後住南泉寺所在的向陽村。1984年他作為宗教界人士代表任縣政協第二屆委員會委員。
南泉寺原有自產：樊家洲水田三·四石，寺沖里一·四石，宋家壠0·二五石。解放前每年收租谷五十——六十石。此外寺後塔山園、吳家坡等山地廣闊，每年可砍茅柴作寺內燒柴。 1930年，尚見寺的頭門，望有“雙林古剎”橫額，二門刻有“南泉山”橫額，二門兩側為通道，前面供有彌勒佛，後面有韋陀神像。第三進為一寬廣院落，兩旁設有鐘樓鼓樓，正中為大雄寶殿，正殿有三尊佛菩薩：阿彌陀佛、消災延壽藥師，釋迦牟尼。二十四諸天、四十八羅漢分列兩傍，塑像金光奪目，姿態栩栩如生，正殿有對聯一幅云：
者個佛，者個菩薩，到底不離者個鐘聲鼓聲，誰能於有聲里聽無聲，靜觀自在；
什麼我，什麼人天，究竟是個什麼樵夢蝶夢，吾欲於大夢中求不夢，清靜如來。
方丈室，禪房設在正廳後面。正廳之西還設有庶務室、寢室以及飯廳雜屋等。向西延伸為觀音堂，再西為客廳。無論遠近遊人或同門僧侶來此，寺僧接待均極殷勤，沏茶煮茗，清香可口。 寺院環境幽雅，前有洋沙湖，碧波蕩漾，後山，茂林修竹四季皆春。林中多是數人合抱的大樹，其中有楓樹四十八棵，櫧樹二十四棵。一樹垸遮天蔽日。那裡除了樹就是竹子，楠竹密密叢叢人都走不進去。在叢林深邃之處，人跡罕至。夏季炎熱之時，如到樹蔭下去休息，不多時，頓覺暑氣全消，精神清爽。
不由吟誦清代南泉寺僧德鼎《詠南泉》的那首七律：
古剎名垂數百秋，廢興不一記碑留。
雲隨鶴夢魂無定，月冷松枝翠欲流。
燈火爍開千聖眼，鐘聲敲破古今愁。
臨風愧我空惆悵，未識誰人護祖猷。
1937年原國民黨反蔣愛國將領陳嘉佑歸葬於寺之東側。墓地占面積一畝多，周圍用花崗石砌成大半個弧圈，前低後高，高處嵌墓碑，弧前缺口處設有石祭台，兩邊立有石華表，中為墓葬所在。石圍 八十八羅漢栩栩如生外都是大楓樹，每到深秋，紅葉飄零，墓地履蓋著一層金黃的楓葉。因這裡墓地氣魄莊嚴雄偉，墓石又光潔可坐，所以游南泉寺者常愛到這裡來欣賞景色。
1930年在南泉寺創辦湘陰縣立中學時，還只占用了一部分寺廟房屋，沒有改變寺容。寺內還有和尚居住，香菸也沒有斷絕。抗日期間城內常遭空襲，當時的湘陰縣政府曾兩度遷到南泉寺辦公。抗戰勝利後，南泉寺又由寺僧安幸收回。據說安幸曾經當過縣長。1952年湘陰縣立中學遷到城北夏家墳山，另建新校舍，曾從南泉寺拆取建築材料，留下一小部分辦了南泉國小。後來國小失火，南泉寺便成了廢墟。1958年這裡辦了茶桑場。而今僅有“潭州南泉山雙林禪寺中興記”的石碑存在，那口古井也在1978年改建茉莉花田時填塞了。昔日的雙林禪寺蕩然無存了。
2002年元月，釋來修和尚慕南泉寺名，雲遊至此，結茅庵作廟堂，廣結善緣，千百善男信女慕名參拜，一時香火盛旺。2001年開始，廣大善男信女面向社會各界募捐，共募集建廟資金120餘萬元，從2001年10月在南泉寺原地址上奠基動工，至2002年11月第一棟“三佛殿”竣工。“三佛殿”占地425M2，高19 .8米，其建築雕樑畫棟，甚是恢弘。殿內供奉釋迦牟尼、消災延壽藥師、南無阿彌陀佛三尊佛像，長年香火不絕，甚為壯觀。
