1990年，隨著國際形勢變化，在原南方委員會秘書處的基礎上，各開發中國家開始磋商成立新的自身組織。經過長時間的醞釀協商，於1994年達成《建立南方中心協定》，同年9月在瑞士日內瓦開放，共77國集團以及中國簽署。1995年7月31日，《建立南方中心協定》正式生效。
南方中心現有51個成員國，總部設於日內瓦，負責人為執行主任許國平（Martin Khor），馬來西亞人，2009年3月就任。董事會主席為坦尚尼亞前總統班傑明·姆卡帕。
根據《建立南方中心協定》，“南方中心”是一個開發中國家的政府間組織.
組織結構
由代表理事會、董事會和秘書處組成。代表理事會由各成員國派代表組成，是中心的最高權力機構；董事會由代表理事會任命的主席（現為坦尚尼亞前總統姆卡帕）及九名董事組成，負責監督指導中心工作；秘書處是中心的辦事機構。
基本宗旨
加強南方各國的團結，促進南方各國的覺醒，增進南方各國及其人民相互之間的理解；
加強各種形式的南南合作、一致行動、南南聯繫和信息互通；
促使開發中國家在各種國際論壇上，就南南事務、南北事務以及其他全球性事務，協同步調、互相配合、促進共同利益；
在涉及發展、主權與安全等全球經濟、政治與戰略性問題上，促使南方各國形成共同的觀點，採取共同的態度；
在公平和公正的基礎上，促進南北之間的互諒和合作，促進聯合國及其有關組織實現民主化。
主要活動
每年召開一次代表理事會會議，二次董事會會議
中國參與情況
1995年中國正式加入南方中心。中國歷任駐日內瓦聯合國代表金永健、喬宗淮、沙祖康先後任代表理事會理事。錢嘉東、馬毓真、李肇星先後任董事會董事。1996年中國向中心捐款50萬美元。自2002年起，中國每年向中心捐款10萬美元。2007年1月31日至2月2日，中心第18次董事會會議在安徽省黃山市舉行。中國宣布向中心捐款100萬美元。
