舉報
康熙五十年（1711年）十月，都御史趙申喬參奏戴名世：“題為特參狂妄不謹之詞臣，以肅官方，以昭法紀事。……翰林院編修戴名世，妄竊文名，恃才放蕩。前為諸生時，私刻文集，肆口游談，倒置是非，語多狂悖，逞一時之私見，為不經之亂道。徒使市井書坊翻刻貿鬻，射利營生。識者嗤為妄人，士林責其乖謬。聖明無微不察，諒俱在洞鑒之中。今名世身府異數，叨列巍科，猶不追悔前非，焚削書板。似此狂誕之徒，豈容濫廁清華！臣與名世素無嫌怨，但法紀所關，何敢徇隱不言。”
南明遺作的災難
全祖望的《江浙兩大獄記》寫：“桐城方孝標，入滇受吳三桂偽翰林之職。吳敗，孝標丸迎降，得免死。因著《鈍齋文集 ·滇黔紀聞》，極多悖逆語，戴名世見而喜之，所著《南山集》多採錄孝標所紀事。尤雲鴉、方正學等為之捐資刊行。”又《前侍郎桐城方公（苞）神道碑銘》曰：“宗人方孝標者，故翰林，失職游滇中，陷賊而歸，怨望，語多不遜，里人戴名世《日記》多采其言。”
處置結果
康熙南山案是康熙自14歲親政以來發生的較重大的文字獄，但此案最後只斬首戴南山一人，康熙以牽連太廣，“覽奏惻然”，議死者皆改流放，“得旨而全活者，三百餘人”，這顯示康熙已將重點放在籠絡士大夫身上。不久，方登嶧與子方世濟死於黑龍江卜魁（今齊齊哈爾）。
公報私仇
戴南山的死，一般認為與趙申喬與戴南山因科舉而生的私怨有關，趙申喬之子趙熊詔高中狀元，卻被時人認為作弊，原來的會試第一的戴名世殿試變成第二名榜眼，因此口出惡言，趙申喬不能容忍戴南山，因此上書皇帝說他“語多狂悖”，又說自己“與名世素無嫌怨，但法紀所關，何敢徇隱不言”。
雍正帝平反
雍正帝未登基時曾閱讀《滇黔紀聞》和《南山集》二書，認為：“雖皆非臣子之所宜言，實無悖逆之語，當時刑部復旨，亦未謂此外更有違礙之詞，故亦以為冤。”雍正元年（1723年）特詔：“凡此案牽連隸旗籍者，盡得釋歸。”
研究史料著作
《東華錄》卷二十一
《鮚埼亭集》外編卷二二
《鮚埼亭集》卷一七
