這時期，加入道教的士大夫更多了，道教徒中文化水平較高者相對增加，製作道經有了更多的人手。為了提高道教，使之更合士大夫們的口味，以便和佛教抗衡，大量道經湧現。早在葛洪時，據《抱朴子內篇·遐覽》統計，已有道經六百七十卷、符籙五百餘卷，合一千二百卷。葛洪本人看見二百多卷。葛洪以後又相繼產生《靈寶》、《上清》兩大系統的道經，到劉宋時，陸修靜便能依據這些經書編出《三洞經目錄》，總計有一千二百二十八卷。陸修靜模擬佛教《三藏》編纂道經目錄，不僅是對道經作了分類，實際上也是初步做了判教的工作，劃分出三個大的學派。儘管這種工作在他本人是不十分明確的，但其實際效果就是把已經萌芽的道教中對教義有分歧的團體劃分開來，促進了道派的發展。陸修靜以前，產生了不同方法修行的道術及其理論總結，有了不太嚴密的傳授系統，經過陸修靜的編目工作，分別了「三洞」的品級先後高低，學派的意識便明顯強烈起來。陸修靜沒有明確宣布自己贊成哪一派，而是兼收並蓄，所以他之前的幾種道術在其手裡得到集中，又從他手裡擴散出去，各自向獨立方向發展。當然，道教學派之間的界限不像佛教那樣嚴密和明確，它們各有自己的特色，又融合了其他學派的許多內容，這和道教之術雜而多端的總特點是相一致的。
綜觀南北朝道教，南方道教比較注重義理，對道教理論的建設作得更多，和佛教之爭主要是理論之爭，靈寶派和上清派組織鬆散，南天師道此時不活躍，很可能在孫恩暴動失敗後受到重創；北方道教比較重視軌儀，發展宗教組織，和佛教之爭主要是政治地位之爭，北天師道一度被統治者抬在佛教之上。然而，不論是南方道教還是北方道教，都經過改造成為官方宗教，完成了道教從民間走向官方的進程。南北朝的道教雖不如佛教陣容龐大，但也編制了大批經典，豐富了神仙長生的理論，具備了一些宗教儀式和清規戒律，形成某些學派，足可與佛教和儒學在思想文化界鼎足而立了。
南北朝時期，出現了眾多的道教改革家、理論家，經過他們的努力，使道教面貌煥然一新。這一時期為道教日趨成熟的時代。
在北朝，對北方天師道進行改革的代表人物是北巍的著名道士寇謙之。據《巍書·釋老志》載，寇謙之“少修張籙之術”，為正一盟威道教徒，後又師成公興，隨其入嵩山修煉，隱居石室，服食採藥。至神瑞二年，即415年，感太上降臨山頂，授天師之位，並賜《稱中音誦新科之戒》20卷，命他“宣吾新科，清整道教”。
寇謙之對道教進行改革的的總原則是“以禮度為首”。主要措施是“除去三張偽法，租米錢稅及男女合氣之術”，使道教“專以禮度為首，而加以服食閉煉”。屆時，誦習道經，也改直誦為樂誦，即誦經時用音樂伴奏。經過寇謙之改革後的北方天師道被稱為新天師道或北天師道。
由於寇謙之的道教改革，不僅在宗旨、組織、道經、齋儀等各方面創立了新道教的基本規模，而且將帝王和各級貴族吸收入道。從理論上和實踐上協調、密切了道教與統治階層的關係，變農民為主的宗教為全社會各階的宗教，在道教發展史上起了一個鮮明的里程碑的作用。
因此，經寇謙之改革後的天師道便能夠廣泛傳播開來，並一度成為北朝的國教。繼寇謙之之後，南朝劉宋時，又有廬山道士陸修靜，對南方的天師道進行了改革。
陸修靜自少修習儒學，愛好詞章，年長時棄家隱居修道。陸修靜對南朝道教的改革主要體現在他的《陸先生道門科略》中。在這部著作中，他提出了一套整頓、改革的措施。
經陸修靜改革後的南方天師道被稱為南天師道，在南朝曾得到一定的發展。不過它的發展很快被上清派和靈寶派的興盛所遮掩，而逐漸不顯於世了。
稍後於陸修靜，南朝又出了個博學多才的道教學者陶弘景，他對以前流行於南方的葛洪金丹道教、楊羲的上清經籙道教及陸修靜的南天師道，又進一步總結、充實和改革，開創了茅山宗。
