2002年7月21日,學校在對原址反覆勘察和論證的基礎上與江寧大學城簽訂入駐協定,並拉開了江寧校區建設的序幕。校區根據在校生13000人規模設計,總建築面積42萬平方米。現已完成前兩期工程建設,總建築面積約為20萬平方米。目前已入住學生近7000人,其中包括留學生近400人。由博學樓、逸夫樓、解剖樓、康達教學樓、圖書館等組成,建有28個專業實驗室。三期工程江蘇省醫藥動物實驗基地、公衛藥學樓和體育館已完成主體封頂,生活區二組團留學生公寓、研究生公寓和餐廳即將於9月投入使用。緊臨天元湖畔建築面積約8萬平方米的基礎醫學、臨床教學綜合樓、行政中心即將於2011年下半年開工建設。與江寧區政府共同投資約7萬平方米的南醫大附屬方山醫院一期工作也將於2011年下半年進入建設階段,預期於2012年年底竣工,2013年上半年正式對外開業。
目前以本科和研究生低年級教學為主,臨床醫學等專業學生本科前3年在江寧校區學習和生活,自2010年9月份以來,一年級研究生教學已完全轉移至江寧校區。
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