南京審計大學的歷任校領導始終把學校體育工作作為學校育人工作的一個重要組成部分，全面貫徹黨的教育方針，牢固樹立“健康第一”的指導思想，促進學生德智體全面發展。學校依據中共中央國務院《關於加強青少年體育增強青少年體質的意見》（中發[2007]7號）、國務院辦公廳轉發教育部等部門《關於進一步加強學校體育工作若干意見》（國辦發[2012]53號）、教育部《高等學校體育工作基本標準》（教體藝[2014]4號）、教育部《國家學生體質健康標準（2014年修訂）》（教體藝[2014]）、國務院辦公廳《關於強化學校體育促進學生身心健康全面發展的意見》(國辦發[2016]27號)等重要檔案精神，通過體育課程使在校大學生能夠以身體練習為主要手段，通過合理的體育教育和科學的體育鍛鍊過程，達到培養興趣、養成習慣、掌握技能、增強體質、健全人格的主要目標，成為實施素質教育和培養全面發展人才的重要途徑。
體育教學部是學校組織承擔全校性體育工作的職能部門，全面負責公共體育教學、體育科學研究、運動訓練競賽、課外體育活動、體質健康測試和體育社會服務等工作。
伴隨著南審三十多年的發展歷程，體育教學部從無到有，機構設定從單一到健全，教職工人數從3人發展到現在30多人，經歷了一段不平凡的發展過程。1985年南京審計學院建校之初，就成立了體育教研室，隸屬於基礎教學部，有專任體育教師3名。1989年體育教研室和衛生所合併成立體育衛生部，一年多後恢復獨立的體育教研室，隸屬於教務處。1991年設定了獨立的體育教學部，並下設體育教研室，1997年分設為第一教研室和第二教研室。2002年原南京金融高等專科學校體育教研室併入南京審計學院體育教學部，2004年增設了大學生體質測試中心。2006年，體育教學部成立了大球教研室、小球教研室、操類教研室、綜合教研室，同時設定了體育課程與教學研究中心、場館中心和學生體質測試中心。
如今，體育教學部教師中高職比51.85%，碩博比48.14%。教師中獲 “運動健將”稱號2人，獲“一級運動員”稱號3人，獲國家級裁判1人，另有20多人次具有健美操、啦啦操、藝術體操、桌球、網球、跆拳道、空手道、散打、田徑、定向越野、籃球、排球、棒球、壘球等國家一級裁判資格。
體育教學部直屬黨支部現有書記1人，副書記1人，支委3人，黨員20人。直屬黨支部負責黨和國家以及學校各項方針政策的貫徹執行、黨員的教育管理、發展黨員、教職工思想政治教育、工會群團、統一戰線等工作，有力保障了當前教學行政工作的順利開展，促進了部門的穩定團結與和諧進取。
