破壞
南亞大地震造成巴西北邊境省和巴控克什米爾等地至少7.3萬人死亡，近7萬人重傷，350萬人流離失所。死亡者中，1300餘人為印控克什米爾地區居民，其餘皆為巴基斯坦和巴控克什米爾地區居民。
地震在巴基斯坦造成60多萬間民宅倒塌，約6500所學校和800多所醫院遭破壞，6000公里道路損毀。克什米爾地區房屋大多由磚塊砌成，在強烈地震中瞬間夷為廢墟，震區居民“在外則生、在內則死”。
尼盧姆山谷位於巴控克什米爾地區中心城市穆扎法拉巴德以北10公里，距離南亞大地震震中位置不遠。尼盧姆山谷曾有“天堂般的峽谷”美譽，卻因地震變成一片廢墟。
地震後，尼盧姆山谷的整個地貌發生了徹底改變。山谷兩側的6座山峰被夷平，當地居民的家園埋進廢墟。受地震影響，山泉和小溪幾乎全部乾涸，切斷了居民的飲用水源。
救援
聯合國救援小組部分人員於地震發生次日抵達巴首都伊斯蘭瑪巴德。由於公路被毀、天降暴雨，救援工作一度嚴重受阻。數以千計巴基斯坦人步行趕至偏遠重災區，自願給災民運送物資，幫助搜尋倖存者。巴基斯坦政府最高層當年10月10日經集體研究，決定接受由印度主動提供的地震救援物資。印巴雙方當年10月底達成協定，決定自當年11月7日起暫時開放克什米爾實際控制線上5個檢查站，以方便運送救援物資和雙方居民越線互訪。當年11月19日和28日，印控和巴控克什米爾居民獲準穿越實控線。
聯合國官員當年11月6日說，國際救援行動進展不力。國際社會雖承諾提供5.5億美元賑災款，但只有1.35億美元兌現。
世界衛生組織官員當年11月9日說，震後巴控克什米爾地區暴發痢疾。為控制疫情，聯合國開始為改善災民居住環境緊急籌款。
2006年元旦過後，巴基斯坦地震災區遭遇持續大雨和暴雪襲擊。巴部分地震災區2006年初降雪達120多厘米。沉重的積雪壓塌部分帳篷，而災區其他地區的大雨天氣又使一些在山區的帳篷陷入泥淖。
重建
2006年10月8日南亞大地震周年祭時，時任巴總統佩爾韋茲·穆沙拉夫呼籲災民保持耐心，承諾政府正採取行動改善災民生活。穆沙拉夫下令有關部門對重建工作中的腐敗現象展開調查，宣布免除災民的住房稅和農業稅。在2009年前完成災區重建計畫的80%.
