科研院機構設定及機構職責
科學技術研究院下設“二處四辦一中心”七個核心部門——軍工科研處、基礎與人文社科處、高新技術辦公室、醫工結合辦公室、實驗室建設辦公室、智慧財產權轉移辦公室、科技服務中心/綜合辦公室。
軍工科研處
負責全校國防軍工科技工作的規劃和計畫制定，國防軍工科技合作實體與項目、軍工條件建設與保障、國防重點實驗室（中心）建設與管理、型號與國防重大項目的組織與管理、科研及生產資質與質量認證。
基礎與人文社科處
基礎與人文社科處主要負責全校基礎科研、國際科技合作、人文社科等基礎科研項目的策劃、組織和協調，管理和統計工作，以及各類科技獎勵的培育、組織,申報工作。
高新技術辦公室
負責國家科技計畫項目、北京市科技計畫的部署及項目申報組織,立項及管理工作，聯繫對接科技部及相關管理機構和北京市相關部門（科委、教委）；負責行業專項的部署及項目申報組織、立項及管理工作，聯繫對接工信部、教育部等部委科技管理部門及相關行業專項管理機構；負責產學研合作，聯繫對接相關行業企業。
醫工結合辦公室
主要負責全校醫工合作科研、北航醫工交叉創新研究院的策劃、組織和協調，管理和統計工作，以及北京市高精尖創新中心，高精尖創新項目，科技部、工信部、民政部等醫工合作項目的培育、組織與申報，以及與醫院、醫學院開展合作工作等。
實驗室建設辦公室
負責全校科研重點實驗室的建設和運行管理，組織各類重點實驗室的申請立項、建設、驗收、評估等工作，牽頭組織實施全校實驗室建設發展規劃和年度計畫，起草或修改全校實驗室管理制度條例及有關的規章制度。
智慧財產權轉移辦公室
負責校地合作科技需求收集與合作對接、可轉化成果的篩選及成果推廣平台的建設與維護，組織實施學校成果推廣活動；負責科技成果轉化管理辦法和工作流程的制定，科技成果轉化信息匯總報送；配合學校投資經營機構組織實施科技成果作價入股和學科性公司組建，完善科技成果孵化體系建設。
科技服務中心/綜合辦公室
科技服務中心的宗旨為優質服務師生，高效支撐管理。中心負責全校科研項目相關業務辦理與服務，流程的梳理與最佳化，內控制度的建設。負責全院信息化建設、基礎數據的維護及院章管理等。
綜合辦公室是科學技術研究院綜合協調機構，同時負責開展科技政策研究、科研統計與評價、中央高校基本科研業務費項目管理等。
