我所已逐步發展成為專業門類較齊全的綜合性基礎與套用基礎研究為主體的環境科學研究所，下設環境學、環境化學、環境生態學、環境評價與規劃、極地環境、資源-環境遙感與GIS、環境教育等研究室，並組建了環境模擬與污染控制國家重點聯合實驗室—水環境模擬實驗室，配備有國內外先進的環境分析及監測儀器和水環境模擬試驗裝置。
我所先後承擔了國家“六五”、“七五”、“八五”和“九五”科技攻關項目、國家自然科學基金和博士學科點基金項目以及有關部委和省級下達的研究課題。我所的科研工作始終面向我國的經濟建設，堅持基礎研究與套用基礎研究的主攻方向，為我國環境科學基礎理論的建立及發展做出了積極的貢獻。先後獲全國科學大會獎、全國科技進步獎、國家教委科技進步獎、中國科學院科技進步獎以及其它省級和部委科技進步獎。其中，“土壤環境容量研究”（“七五”攻關項目）、“三峽庫區移民環境容量研究”（“七五”攻關項目）、“福建省湄洲灣開發區環境規劃綜合研究”（教委重點項目）等項目均達到國際先進水平。關於“南極環境地球化學演化及背景值的研究”成果得到國內外專家的高度評價，被認為是 “突破性的研究成果”。
我所已與美國、加拿大、日本、韓國、英國、德國和澳大利亞等國的一些大學和環境科學研究機構建立了密切的學術交流聯繫，先後聘請了近20位國外知名學者為客座教授，邀請環境科學專家來所講學或合作研究，進行了廣泛的學術交流。1987年，我所在我國首次成功地主持召開了“環境影響評價國際學術研討會”，並出版了英文版的會議文集，產生了十分廣泛的影響。
