辦刊歷史
1954年11月3日，經北京大學校務委員會討論通過《關於出版〈北京大學學報（自然科學版）〉的決定》。
1955年12月，《北京大學學報（自然科學版）》正式創刊。
1966年，因“文化大革命”，《北京大學學報（自然科學版）》在下半年停刊。
1973年，在停刊7年之後，《北京大學學報（自然科學版）》以試刊的形式出版了1期。
1974年至1975年，《北京大學學報（自然科學版）》與《清華大學學報》合併，以《清華大學學報》的名義連續出版了7期。
1976年，《北京大學學報（自然科學版）》再度停刊。
1977年，《北京大學學報（自然科學版）》正式復刊。
1982年，《北京大學學報（自然科學版）》由季刊變更為雙月刊。
1987年，《北京大學學報（自然科學版）》開始對文章進行分學科刊登，即135期主要刊登數學物理學、電子學和信息科學類文章，246期主要刊登化學生物學地質地理學環境科學類的文章 。
2014年12月，該刊成為中國國家新聞出版廣電總局第一批認定學術期刊 。
辦刊條件
欄目方向
•刊登內容
《北京大學學報（自然科學版）》主要刊登基礎科學、套用科學及交叉科學等領域的研究成果及綜述性文章 。
•主要欄目
《北京大學學報（自然科學版）》主要設有研究論文、研究簡報、述評、科技前沿、專論等欄目 。
人員編制
據2018年11月《北京大學學報（自然科學版）》官網顯示，《北京大學學報（自然科學版）》編輯委員會共有編委32人 。
| 姓名 | 姓名 | 姓名 | 姓名 | 姓名 |
| 文宗曜 | 方競 | 王長平 | 王龍 | 王世強 |
| 王緝慈 | 甘良兵 | 葉新山 | 田光善 | 白樹林 |
| 劉忠范 | 呂建欽 | 蘇都莫日根 | 何書元 | 張興 |
| 陳建國 | 邵敏 | 林建華 | 胡永雲 | 胡佩誠 |
| 查紅彬 | 賀東奇 | 秦其明 | 錢銘怡 | 倪晉仁 |
| 梅宏 | 龔旗煌 | 彭練矛 | 蔣美躍 | 韓世輝 |
| 蔡運龍 | 潘懋 | - | - | - |
辦刊成果
出版發行
據2018年11月17日中國知網顯示，《北京大學學報（自然科學版）》出版文獻共5496篇 。
據2018年11月17日萬方數據知識服務平台顯示，《北京大學學報（自然科學版）》載文量為2299篇 。
影響因子
據2018年11月17日中國知網顯示，《北京大學學報（自然科學版）》總被下載1256404次、總被引53423次；（2018版）複合影響因子為1.613、（2018版）綜合影響因子為0.993 。
據2018年11月17日萬方數據知識服務平台顯示，《北京大學學報（自然科學版）》被引量為27917、下載量為86339；據2015年中國期刊引證報告（擴刊版）數據顯示，《北京大學學報（自然科學版）》影響因子為0.785，在全部統計源期刊（6735種）中排第1591名，大學學報（自然科學）（269種）中排第20名 。
收錄情況
| 中國國外文摘資料庫 | |
| 1 | 荷蘭Elsevier公司科學期刊資料庫（Scopus） |
| 2 | 工程索引（EI Compendex） |
| 3 | 俄羅斯《文摘雜誌》（AJ，Abstracts Journal，VINITI）（РЖ） |
| 4 | 美國《化學文摘》（CA，Chemical Abstracts） |
| 5 | 美國《地質參考》（GR，GeoRef） |
| 5 | 日本科學技術振興機構文獻資料庫（JST，Japan Science & Technology Agency JST’s Bibliographic Databases） |
| 6 | 美國《數學評論》（MR，Mathematical Reviews） |
| 7 | 英國皇家化學學會（RSC）《質譜學通報（增補）》（MSB-S，Mass Spectrometry Bulletin）（Supplemental） |
| 9 | 英國物理學、電技術、計算機及控制信息社資料庫（原《科學文摘》）（SA，International Information Service for the Physics and Engineering Communities）（INSPEC） |
| 10 | 德國《數學文摘》（ZM，Zentrallblatt Math）（ZMATH） |
| 11 | 英國《動物學記錄》（ZR，Zoological Record） |
| 12 | ProQuest資料庫 |
| 中國國內文獻資料庫 | |
| 1 | 中國科學引文資料庫（CSCD） |
| 2 | 萬方數據 |
| 3 | 中國知網 |
| 4 | 超星數字圖書館 |
| 5 | 維普中文期刊服務平台 |
| 6 | 中國科技論文線上 |
| 7 | 《中國學術期刊文摘》資料庫（CSAD） |
| 8 | 中國力學文獻資料庫 |
| 9 | 中國數學文獻資料庫 |
| 10 | 中國物理學文獻資料庫 |
| 11 | 中國光學文獻資料庫 |
| 12 | 中國天文學文獻資料庫 |
| 13 | 中國地理學文獻資料庫 |
| 14 | 中國生物學文獻資料庫 |
| 15 | 中國化學文獻資料庫 |
| 16 | 中國稀土文獻資料庫 |
| 17 | 中國無線電電子學文獻資料庫 |
| 18 | 中國高校學報文獻資料庫 |
| 中國國內文摘期刊 | |
| 1 | 中國科學文摘 |
| 2 | 中國科學引文索引 |
| 3 | 中國學術期刊文摘 |
| 4 | 中國數學文摘 |
| 5 | 中國力學文摘 |
| 6 | 中國物理文摘 |
| 7 | 中國光學文摘 |
| 8 | 中國天文學文摘 |
| 9 | 中國地理科學文摘 |
| 10 | 中國生物學文摘 |
| 11 | 古生物學文摘 |
| 12 | 中國石化文摘 |
| 13 | 中國電子科技文摘（電子科技文摘） |
| 註：以上為2018年11月《北京大學學報（自然科學版）》官網顯示的信息 | |
榮譽表彰
| 時間 | 獎項 |
| 1995年7月 | 北京市高校系統自然科學學報“三優”評比一等獎 |
| 1995年11月 | 國家教委“全國高校自然科學學報系統優秀學報二等獎” |
| 1996年11月 | 國家教委“國家教委系統優秀科技期刊一等獎” |
| 1997年3月 | 中宣部、新聞出版署、國家科委聯合頒發的“第二屆全國優秀科技期刊一等獎” |
| 1999年5月 | 教育部“全國高校優秀科技期刊一等獎” |
| 1999年10月 | 國家首屆“國家期刊獎” |
| 2001年11月 | 進入國家“期刊方陣”中最高一層的“雙高”期刊陣列 |
| 2002年12月 | 第二屆“國家期刊獎”提名獎 |
| 2004年9月 | 教育部“全國高校優秀科技期刊一等獎” |
| 2005年 | 第三屆“國家期刊獎”提名獎、入選中國科學技術信息研究所“百種中國傑出學術期刊” |
| 2006年 | 教育部“中國高校精品期刊獎” |
| 2009年 | 中國期刊協會“新中國60年有影響力的期刊”獎 |
| 2010年 | 第二屆中國出版政府獎期刊獎提名獎、教育部科技發展中心“中國科技論文線上優秀期刊”一等獎 |
| 2010年 | 入選中國科學技術信息研究所歷屆“中國精品科技期刊” |
| 2016年 | 中國高校科技期刊研究會歷屆“中國高校傑出科技期刊” |
| 註：以上為2018年11月《北京大學學報（自然科學版）》官網顯示的信息 | |
文化傳統
•辦刊宗旨
刊名《北京大學學報（自然科學版）》以傳播北京大學科學研究成果，交流學術思想，開展學術上的自由論辯以推動科學研究工作為宗旨 。
期刊領導
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 主編 | 趙光達 |
| 副主編 | 文蘭、朱聖庚、張禮和、趙新生、項海格、郝守剛、塗傳詒 |
| 註：以上為2018年11月《北京大學學報（自然科學版）》官網顯示的信息 | |
歷任領導
| 屆次 | 成立時間 | 姓名 |
| 第一屆 | 1955年4月15日 | 周培源 |
| 第二屆 | 1985年3月18日 | 徐光憲 |
| 第三屆 | 1987年9月12日 | 高崇壽 |
| 第四屆 | 1995年5月12日 | 甘子釗 |
| 第五屆 | 2005年3月15日 | 趙光達 |
