停站路線
東日本旅客鐵道
高崎線
湘南新宿線（直通東海道線）
車站結構
車站月台
西口站區
本站是一地面車站，站房采跨站式站房設計。站內設有綠色視窗、自動閘機、劃位車票自動售票機等設備。
月台配置
月台為對向式月台2面2線設計。
月台編號 路線 行駛方向
1 ■高崎線 大宮、浦和、上野方向
■湘南新宿線（直通東海道線） 大宮、新宿、橫濱、平冢、小田原方向
2 ■高崎線 鴻巢、熊谷、籠原、高崎、前橋方向
歷史
作為國鐵分割民營化後首批建設的車站之一，本站的設立曾引起車站附近的埼玉縣立上尾高等學校的反對、抗爭活動。在本站快將落成，開始進行站區開發的時候，曾要求該校遷移與西口站區重疊的兩個網球場。其後更要求全校遷移，引起全校反對，連帶原本遷移網球場的提案也被否決。其中校內反對計畫的主要領導——該校老師兼埼玉高校教員工會委員長的田島俊夫更於車站開幕式當天將寫有“疑”字的黑色風箏放到學校上空[2]，以表達不滿。最終學校校區獲得保留，但西口站前廣場的發展計畫被逼暫停。作為反擊，地產商長期在本站西口站前掛上“北上尾，這樣好嗎”的大型橫額，以求引起居民討論。
其後，上尾市政府被發現在計畫建設本站時收受當地企業提供的利益，導致市政府多名官員受處分甚至下台，亦令車站發展計畫停頓。至20年後的2008年，才完成東西口兩個站前廣場、站前迴旋處等原訂的車站建設。此時，地產商長期掛上的橫額才被移走。
年表
1988年（昭和63年）12月17日－JR東日本北上尾站開業。
2001年（平成13年）11月18日－智慧卡系統Suica正式投入服務。
2006年（平成18年）－月台擴闊、南側樓梯換裝手扶電梯工程動工。
2007年（平成19年）
2月3日－付費區的升降機、手扶電梯啟用。
該年－進行多項重建工程，包括重建東西口兩個站前廣場、西口無障礙化工程（增設升降機、手扶電梯）及延長月台屋頂。
2008年（平成20年）
3月－東西口兩個站前廣場完成重建啟用。
6月－東口無障礙化工程動工。
相鄰車站
東日本旅客鐵道
■高崎線
■通勤快速、■快速“都市”（アーバン）、■湘南新宿線特別快速
通過
■普通、■湘南新宿線普通（大宮以南為快速）
上尾－北上尾－桶川
