化學空間

為了闡明多靶點及多途徑協同作用的中藥機理，從而指導從中藥中發現一種分子能抑制多種蛋白的藥物以及組合藥物，聯繫中藥學與西方現代藥學的一條可行的途徑是研究中藥中的活性分子在生物活性空間的分布。化學空間（chemical space）是通過對每一個分子計算一系列的分子描述符，用這些描述符來刻畫其性質，並用這些數值作為一個個點構成多維空間，將化合物映射到多維空間中的一個點，通過判斷多維空間中兩點之間的距離來對比分子的相似性，進而推測兩個化合物性質的相似性。

化學空間是通過一些特定選擇的描述符來描述化合物的性質，所形成的多維描述符空間。由所有描述符所形成的化學空間是非常巨大的，它包括原則上可以產生的所有基於碳原子的小分子。然而，並不是所有理論推測的化合物都有合成的可能性。從巨大的化學空間中識別出包含活性分子的區域構成了靶標-配體空間，即藥效空間（Pharmacologic space），是藥物發現的關鍵所在。藥物開發者可以利用對藥物分子、類藥分子以及各種具有生物活性分子的化學空間分布的研究，把它們用於高通量篩選以找到具有所需藥效作用且副反應較小的新的藥物分子。