其任務包括負責保護和永續利用加拿大的漁業資源，繼續提供安全、有效和無害環境的海洋服務，以因應加拿大人民在全球經濟中的需求。漁業部的願景是“提供加拿大人民優秀的服務，確保加拿大水域的永續發展與安全使用”。
漁業部的任務主要集中在保護及分配加拿大大西洋、太平洋與北極海沿岸的海洋漁業配額。漁業部也執行內陸淡水漁業的保護，像是與各省簽定五大湖和溫尼伯湖的合作協定，但聯邦政府在憲法上只有海洋漁業的任務。
漁業部已成立科學分部，並在全國各地設立研究據點。通常由研究分部提供各物種需要保育的證據及跡象，之後再由漁業部進行規範。漁業部還擁有執法分部，漁業官（FisheryOfficer，近似於保全官）負責打擊在加拿大專屬經濟區內的偷獵與外國過度捕撈。
該部下轄的組織有加拿大海岸防衛隊（CanadianCoastGuard）與加拿大水道測量局（CanadianHydrographicService）。
自從聯邦成立以來，漁業及海洋部的名稱就不斷改換：
1867-1884海事及漁業部（DepartmentofMarineandFisheries）
1884-1892漁業部（DepartmentofFisheries）
1892-1914海事及漁業部
1914-1920海軍服務部（DepartmentofNavalServices）
1920-1930海事及漁業部
1930-1969漁業部
1930-1935海事部（DepartmentofMarine）*
1969-1971漁業及林業部（DepartmentofFisheriesandForestry）
1971-1976環境部（DepartmentoftheEnvironment）
1976-1979漁業及環境部（DepartmentofFisheriesandtheEnvironment）
1979-2008漁業及海洋部（DepartmentofFisheriesandOceans）
2008-目前漁業及海洋部（FisheriesandOceansCanada）
*1935年，海事部與鐵道及運河部（DepartmentofRailwaysandCanals）、國防部的民航分部合併為交通部（DepartmentofTransport）。
