弊端
傳統的功能預算是一種不分組織單位和開支對象，而是按照政府目標或職能對開支加以分類的方法，便於了解政府的行使職能，如基建支出、支農支出等項目的數額，但卻存在其難以克服的缺陷，表現為：
1．部門沒有一本完整的預算。
各部門的預算一般只反映預算內資金的日常經費收支，不反映預算內安排的建設性和事業發展性支出，也不包括預算外資金和自有資金。
2．預算編制粗糙，缺乏部門內部責任機制和外部有效的監督機制。
沒有將預算指標細化到部門和單位，這在一定程度上影響了人大代表審查監督作用的發揮。
3．預算編制缺乏科學、必要的定員定額標準。
人員和公共資源的底數不清，預算分配和資金使用的透明度低。
4．預算資金分配權分散。
一個單位或部門的資金多口供應，不僅僅由財政內部不同的職能機構分兵把口，也存在財政和部門分頭供給資金的情況。
5．預算約束軟化。
一方面是預算機動權力過大，形成預算的二次分配，助長了“跑部錢進”，容易滋生腐敗；另一方面是預算執行過程中追加追減的情況時有發生。從下達預算開始到年終，追加預算的報告不斷，財政部門忙於應付追加追減的審核，日常監督和管理工作弱化。
異同
部門預算與功能預算相比，既有相同之處，又有不同之處。
部門預算與功能預算的相同點
部門預算與功能預算的相同點主要體現在以下四個方面：
一是部門預算和功能預算的編制內容、程式都要求符合有關法律、法規和政策的要求，並經本級人民代表大會審議通過後才能生效。
二是部門預算和功能預算都必須體現政府活動的範圍、內容和方向，都是政府職能和各項方針、政策的具體體現。
三是部門預算和功能預算都實行“二上二下”的編報程式。即由部門編制預算建議數上報財政部門(“一上”)；財政部門與有預算分配權的部門審核部門預算建議數後下達預算控制數(“一下”)；部門根據預算控制數編制本部門預算報送財政部門(“二上”)；財政部門根據人代會批准的本級預算批覆部門預算(“二下”)。
四是部門預算和功能預算的資金分配許可權不改變，都是由財政部門和有預算分配權的部門，按經費性質審核部門預算建議數和下達部門預算控制數，不改變這些部門的資金分配許可權。
部門預算與功能預算的相異點
部門預算與功能預算的相異點主要表現在如下幾個方面：
一是預算編制時間差異。'功能預算以往每年都是11月前後布置預算編制工作，預算編制的時間一般只有2—3個月。由於項目論證不充分，預算編制時間倉促，造成了預算執行中隨意追加，影響了預算的正常執行，弱化了預算約束。而部門預算編制的時間每年提前到3月份，比功能預算提前了7—8個月，這樣能使預算的編制工作有充分的時間保證，更能細化預算內容，提高預算的準確性。
二是預算編制文本差異。功能預算由財政部門內設的不同職能部門和有預算分配權的主管部門歸口管理，部門內部的預算則由不同的職能部門編制，單個部門沒有一本完整的預算。編制部門預算則要求各部門只對口財政部門內部一個業務部門，將部門的所有收支編在一本預算中，一個部門一本預算，預算編制清晰明了。
三是預算編製程序不同。功能預算的編製程序是由部門按資金的不同性質替下屬單位代編；部門預算的編製程序是從基層單位逐級編制、層層匯總，克服了代編預算的盲目性。
四是預算編制方式不同。功能預算以“基數加增長”的方式編制；部門預算改為實行零基預算的編制方式，每個部門、單位在新的財政年度，都必須根據新的實際情況重新測算和確定各項預算收支指標，據此編制年度預算，從而使預算編制更加科學合理。
五是預算編制範圍不同。功能預算只包括預算內收支，部門預算不僅包括預算內收支，還包括預算外收支以及政府性基金，編制範圍比原來大大拓寬了。
六是預算編制細化程度不同。功能預算一般只編到“類”，少數編到“款”，編製得很粗，沒有具體細化，既不到具體單位，也不到具體項目。部門預算則把人員經費和公用經費細化到目級科目，細化到具體人員和具體項目；把專項經費細化到“類”、“款”、“項”，分配到具體單位，落實到具體項目；把單位細化到二級預算單位、基層預算單位。
七是發揮作用側重點不同。功能預算側重於財政收入、支出結構分析和財政運行情況預測，強調預算分配的計畫性，有利於國家巨觀經濟政策和財政巨觀調控政策的實施。部門預算側重於反映部門的全部財政收支情況，強調部門行使職能過程中各項預算的全過程管理，突出預算的事前控制作用，實現預算向微觀管理層次的延伸，進而使得巨觀管理微觀化。
八是預算批覆方式不同。功能預算是由財政部門內設各業務部門及有預算分配權的部門各自獨立向各部門批覆，部門預算歸口由財政部門內設預算職能部門統一批覆。
