持躬清苦,恤孤寡,懲豪猾,悉去雜派及榷酤贏餘者。索倫兵伐民墓樹,縱馬躪田禾,反誣村民縶其馬,秉琳力爭得直。蝗起,督民自捕,集貲購之,被蝗者得錢以代賑,且免踐田苗。遷宛平京縣。
十年,英法聯軍犯京師,秉琳奉檄赴營議犒,納刀鞾中,慮以非禮相加,義不受辱。抗論無少屈,犒具皆如議。尋引疾歸。穆宗登極,有密薦者,復至直隸,署任丘。民以驛車為累,籌貲招雇,永除其害。擢深州直隸州知州。七年,捻匪張總愚竄畿輔,且至。人勸其眷屬可避,秉琳曰:“吾家人皆食祿者,義不可去。”授兵登陴,鄉民及鄰境聞之,鹹挈入保,至十餘萬人。嬰城四十餘日,賊圍之,不破。秉琳上書統帥,言賊入滹沱,河套勢益蹙,宜兜圍急擊,緩將偷渡東竄。卒如其言。寇平,優敘。州地多斥鹵,民以鹽為恆產,課與常賦埒,水旱不得報災,非漉鹽無以應正供。秉琳議官銷法,以杜私販,民悅服。
九年,擢正定知府。滹沱溢,發所儲兵米以賑。築曹馬口、回水、斜角三堤,水不齧城,民用安集。郡與山西接壤,固關守弁,苛稅煤鐵,商販委物於路,聚眾抗訴。秉琳往解散,除其重徵。鎮將獲盜三,已誣服,秉琳鞫之,乃兵挾負博嫌,栽贓刑逼,以成其獄,釋三人者而重懲其兵。
光緒元年,擢天津河間道,兼轄南運河工。請復歲修銀額,河兵口食足,乃無偷減工料之弊。築中亭河北堤,涸出腴田千餘頃。時方旱,流民集天津,設粥廠,躬親其事,所活甚眾。嘗太息曰:“哺飢衣寒,救荒末策也。本計當於《河渠書》、《農桑譜》中求之。”四年,乞病歸,數年卒。
同治初年,軍事漸定,始課吏治。大學士曾國藩為直隸總督,下車即舉賢員,如李文敏、任道鎔、李秉衡,後並至巡撫。秉琳及陳崇砥、夏子齡、蕭世本諸人,治行皆卓著,當時風氣為之一振雲。