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2006年上海社保基金案案發後，凌寶亨很快涉案。
2006年10月21日，凌寶亨與上海市國資委副主任吳鴻玫被分別從家中帶走。
2006年10月24日，上海市政府新聞發言人證實，凌、吳二人正在“協助調查”社保案。
2007年1月，凌寶亨被終止上海市人大代表資格。5月，經上海市委、市政府和有關部門批准，上海市紀委、監察委給予凌寶亨開除黨籍、開除公職的“雙開”處分。“雙開”理由，系凌寶亨在擔任上海市經委企業管理處處長、上海輕工控股（集團）副總裁、上海市經委副主任、上海市國資委主任期間，利用職務之便，為他人謀取利益，非法收受他人財物。
2007年6月28日上午，凌寶亨在上海市第一中級法院出庭受審。檢方指控凌寶亨受賄50萬元人民幣，這一受賄金額是凌幾次收受現金及物品的總值。法庭認定凌寶亨有自首情節。
懺悔
凌寶亨：“從上海市經委企管處處長到市國資委主任，我手中握有的權力在不斷增大，看中我手中權力的“新朋老友”也在不斷增多，在企業的兼併、破產重組、改革改制和經營活動中，在灰色的交往中，他們大都得到了自己希望得到的利益。投之以桃、報之以李。曾經得到我關照過的國企老總、私企老闆，在我家庭和個人遇到重大事情或逢年過節的時候，就會藉機上門示好，有的為我支付房屋裝修費，有的送上房屋裝修貼補費，有的送來家具、電器，還有的將轎車“借”給我家使用，也有的送就餐消費卡和數額不等的購物卡。所有這些，我都在心照不宣中心安理得地接受下來。儘管我堅守不向任何人開口索要財物這條底線，可千里之堤潰於蟻穴的古訓還是在我身上得到了驗證。我深深地感到，權力一旦打開缺口，私慾一旦與權力交上朋友，人就會不由自主地濫用權力，無可把持地走向人生的另一個歸宿。”
