解釋
隨著分子生物學技術的進步，人們發現在五界分類系統中，原核界的細菌在形態上儘管很相似，但根據分子水平上的差異可明顯分成兩大類：古細菌和真細菌。例如，在古細菌中，存在TATA鍵合蛋白盒子(ATTA box-bindingprotein)，這也是真核生物中RNA多聚酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的基本轉錄因子，但在真細菌中卻沒有這種轉錄因子。又如，在核糖體RNA(rRNA)的同源性上，在細胞壁和細胞膜的成分上，以及在轉移RNA(tRNA)稀有鹼基的差別上，古細菌和真細菌都有明顯不同；這個不同甚至要超過它們各自與真核生物的不同。所以，沃斯(C·R·Woese)認為，應把原核生物界分類兩界：古細菌界和真細菌界。古細菌界的細菌主要生活在一些極端環境中，如沼澤地底層(甲烷細菌)、熱泉(如布氏火盤菌，最適生長溫度達105 ℃)等。真細菌界的細菌為常見類型，有共生的，如遺傳研究的重要細菌大腸桿菌；有寄生和致病的，如沙門氏菌和葡萄球菌。真細菌界還包括藍綠藻。
關於六界間的生物在進化上的關係，沃斯根據它們在分子水平上的差異認為，所有生物有3種最基本的類型：古細菌、真細菌和最簡單的真核生物。由於它們彼此間在分子水平上的差異大小近於相等，所以它們可能或多或少直接起源於地球上的原始生命，即原始生命在自然選擇過程中，或遲或早地出現了這3種類型的獨立進化途徑。
開始，可能古細菌在地球上占優勢，因為它們的代謝很好地適應了原始地球條件(富有二氧化碳，缺氧、高溫)。往後，當氧成為大氣的主要成分和地球溫度逐漸變冷時，適合於需氧和較低溫度的真細菌又可能占優勢。關於真核細胞的起源一直是個謎。根據分析，真核生物葉綠體的RNA和藍綠藻的RNA極為相似，而有些真核細胞的基因又與古細菌的極為相似，所以最簡單的真核生物可能有複雜的起源，即原始生命、古細菌和真細菌都可能參與了這一過程，再後，最簡單的真核生物，在長期的自然選擇過程中又進化成四界：原生生物界、植物界、真菌界和動物界。
病毒是結構上極為簡單的非細胞生物。病毒是生物，是因它具有生命的某些特徵，如藉助於宿主細胞可以進行繁殖，以產生更多的病毒。但其簡單的結構，到底是原始地球上的最初生命形式，還是原核界生物退化的產物，現尚無定論，從而也還不能確定其分類地位。
