為適應學校蒙古學發展的新形勢，1983年組建成立專職科研機構“蒙古語言文學研究所”；於1992年成立“蒙古史研究所”和“宗教研究所”。 2000年8月原內蒙古教育學院蒙古語言文學系的併入，對內蒙古師範大學中國少數民族語言文學學科注入了新的活力。
蒙古學學院，下設有蒙古語言文學系、蒙漢雙語系、新聞學系等三個系。並設有蒙古語言文學研究所、蒙古史研究所和古蒙古語研究室等三個研究機構。除此之外有兩個掛靠研究機構。即：“內蒙古師範大學蒙古學研究中心” 和 “內蒙古師範大學亞細亞民族溯源研究所”。全院共有教職工 56 名，其中教授 19 名，副教授 21 名，博士 18 名，碩士 25 名。
蒙古語言文學研究所下設現代蒙古語研究室、《蒙古秘史》及文獻研究室、蒙古文學研究室、蒙古民間文學與民俗研究室等四個研究室。蒙古史研究所下設蒙古古代史研究室、蒙古文獻研究室和蒙古宗教研究室等三個研究室。
全院擁有全日制碩士學位授權點11個，即：中國少數民族語言文學、中國現當代文學、文藝學、專門史、中國少數民族史、歷史文獻學、世界文學與比較文學，語言學及套用語言學、中國古典文獻學、宗教、課程與教學論。此外，還有教育碩士專業學位授權點1個。1986 年，中國少數民族語言文學學科被確定為內蒙古自治區重點學科。
蒙古學學院歷經半個世紀的發展歷程，在本科教育、學位與研究生教育、科學研究、對外學術交流等方面取得了令世人矚目的成就。共培養全日制本、專科生1122名；本、專科函授生1000餘名，研究生140餘名，現在校全日制本科生656名，本、專科函授生416名，全日制碩士研究生125名；留學生21名。
五十餘年來，以中國少數民族語言文學研究為重點的學術研究持續深入發展，研究領域日趨拓寬，新的專業生長點不斷生成，極大地推動了全校的蒙古學研究，使其久已成為我國蒙古學研究的三大基地之一。
