案件經過
報警及定罪
1996年拍攝的案發地點1996年4月9日晚7時45分左右，被害人楊煥枝稱要去廁所，從呼和浩特市錫林南路千里香飯店離開，當晚9時15分後被發現因被扼頸窒息死於內蒙古第一毛紡織廠宿舍57棟平房西側的公共廁所女廁所內。呼格吉勒圖於當晚與其同事閆峰吃完晚飯分手後，到過該女廁所，此後返回工作單位叫上閆峰到案發女廁所內，看到楊某某擔在隔牆上的狀態後，呼格吉勒圖與閆峰跑到附近治安崗亭報案 。
1996年4月11日，呼格吉勒圖作出有罪供述 。呼和浩特市公安局新城分局副局長馮志明和辦案人員認定，呼格是在女廁對死者進行流氓猥褻時，用手掐住死者的脖子導致其死亡的 。呼格吉勒圖的母親尚愛雲接到民警通知，讓準備行李送看守所 。
庭審
一審後呼格吉勒圖做出的抗訴狀，申稱自己無罪1996年5月23日，呼格吉勒圖案開庭審理，檢方以“流氓罪”和“故意殺人罪”兩項罪名對呼格吉勒圖提起公訴 。 呼和浩特市人民檢察院認為，呼格吉勒圖在公共場所採取暴力手段猥褻婦女，並扼頸致被害人窒息死亡，手段殘忍、情節惡劣，應依法嚴懲 。呼和浩特中級人民法院做出一審判決，"被告人呼格吉勒圖犯故意殺人罪，判處死刑，剝奪政治權利終身，犯流氓罪判處有期徒刑五年。決定執行死刑，剝奪政治權利終身 。"
1996年6月5日，內蒙古自治區高級人民法院做出終審判決，該院認為，"原審判決定罪準確，量刑適當，審判程式合法，呼格吉勒圖抗訴理由不能成立"，因此裁定："駁回抗訴，維持原判"。"並核准以故意殺人罪判處呼格吉勒圖死刑，剝奪政治權利終身的裁定 。"
執行死刑
1996年6月10日6點，死刑公審大會在烏蘭恰特召開。呼格吉勒圖與其他三名死刑犯被繩子捆綁，圍觀的人擠滿了兩層樓 。10點，呼格吉勒圖被執行死刑。呼格吉勒圖的三弟慶格勒圖在呼格吉勒圖被執行死刑後，在火葬場料理了後事。發現呼格吉勒圖身上有兩個槍眼，太陽穴一個，後腦勺一個。尚愛雲回憶第一槍呼格吉勒圖可能沒死，於是又補了一槍 。在殯儀館美容的時候，呼格吉勒圖的右眼始終閉不上 。
案件爭議
證據
案件唯一“有力”的證據就是呼格指甲里的被害人血跡 。相關記錄顯示，技術人員曾從受害人的體內提取過兇手的精斑。然而，這一關鍵物證未做DNA鑑定 。一位熟知案情的老乾警稱，馮志明主觀認定呼格吉勒圖是兇手，“這在一定程度上導致現場勘察不仔細 。”當2005年趙志紅供述了自己是“四九”案真兇後，原本保留在公安局的兇手精斑樣本又莫名丟失 。
一位在“四九”女屍案案發後第一時間趕到現場的警察表示，他勘驗了案發現場，“現場比較簡單，沒有打鬥痕跡，受害者身上沒有傷口”。後來因不是具體經辦人，他沒再過問此案。但案發後不久一天晚上，他在公安局加班，聽到局長在辦公室大聲喊隔壁的辦案民警，“讓他們去剪呼格吉勒圖的指甲”，“我當時就不理解，因為現場勘查沒發現受害者身上哪塊破了。”這位警察介紹，這是呼格吉勒圖案不多的“鐵證”之一。但他說，自己當初就在案發現場，沒有發現受害者身上有傷口、或者破損的地方 。
警方的急功冒進及刑訊逼供
案件發生時全國正處於嚴打時期，致使警方急功冒進 。
1996年4月9日22點左右，呼格吉勒圖和閆峰被帶進新城分局 。辦案警察看到呼格吉勒圖的第一份口供，認為“這份口供不支持呼為兇手 。案子最初遲遲沒有進展，局長鄭潤民生氣的辱罵了辦案警察 。閆峰迴憶警方問閆峰呼格吉勒圖為人怎么樣，有沒有看過色情錄像。閆峰說呼格吉勒圖人很好，沒看過色情錄像。在反覆逼問了10遍，閆峰不得不說呼格吉勒圖說過黃色笑話 。
據呼格吉勒圖在1996年5月7日的筆錄，他遭到警察逼供，公安局的人強迫呼格吉勒圖按照他們的話說，不讓呼格吉勒圖上廁所。警察騙呼格吉勒圖說受害人沒有死，認罪就可以被放回家 。
呼和浩特晚報刊登偵破記1996年4月10日凌晨0點，警察開始毆打呼格吉勒圖 ，警察打完呼格吉勒圖時案件就定性了 。9點左右，呼格吉勒圖蹲在審訊室的暖氣管前，雙手伸到背後銬住，頭上戴著沒有面罩的機車頭盔，臉色發黑 。
1996年4月20日，《呼和浩特晚報》發表了一個整版的通訊：《"四·九"女屍案偵破記》。報導提及案件的偵破過程。"馮志明副局長和報案人簡單地交談了幾句之後"，對報案人產生了懷疑，"眼前這兩個男的怎么會知道女廁內有女屍？ "但當晚審訊時呼格吉勒圖和閆峰並未在一起 。內蒙古政法系統普遍認為該報導有誇大成分、文學色彩 。
1996年5月3日，也即呼格吉勒圖案即將開庭審理前，內蒙古自治區“嚴打”鬥爭小組考察呼市後，強調此次鬥爭“時間緊、任務重”，指示呼市政法部門特別是公安機關要發揮“一不怕苦、二不怕死”的精神，成為全區表率 。
檢辯雙方的失誤
1996年5月7日晚上9時20分，呼市檢察院檢察官再次提審了呼格吉勒圖，呼格吉勒圖翻供並供述了警方逼供及誘供的過程 。筆錄顯示，檢察官對呼格吉勒圖使用了“你胡說”等語言，否定了他的翻供 。這份筆錄並未引起檢察機構的重視。而在隨後的法院審理中，檢察官指控吉勒圖就是殺人兇手 。庭審中，辯護律師張娣做的是有罪辯護，說呼格吉勒圖年紀小、是初犯，且是少數民族，請法院從輕發落。而另一名辯護律師丁守君則一句話都沒說 。
終審後，呼格吉勒圖的父親李三仁去了呼和浩特市人民檢察院，請求一定要調查清楚，接待他的檢察官拒絕了他的請求 。
複查
真兇認罪
被捕後的趙志紅2005年10月23日中午12時50分，呼和浩特市賽罕區公安分局刑警大隊大隊長納勝、教導員馬文彪等，持槍沖入呼市新城區鐵路材料廠宿舍平房趙志紅打工的中英文幼稚園，將作案21起、姦殺9名女子的趙志紅抓獲 。趙志紅被捕後，交代的第二筆犯罪事實就是“4.9”案 。趙志紅交代犯下“4·9女屍案”後，馮志明曾對趙志紅進行了一次單獨訊問。這引起了呼市公安局領導的重視，隨後趙志紅被轉移，看管民警也被調換為武警戰士 。多位呼市政法系統幹部說馮志明始終認為‘呼格案’沒辦錯，他覺得趙志紅說假話。這可能是馮違規提審趙志紅的原因之一 。
啟動複查
推動了呼格案重審的新華社記者湯計2005年10月30日，趙志紅帶領警方前往案發原址指認了案發地點 。目擊了這一場景的鄰居們將此事告訴了尚愛雲，李三仁和尚愛雲四處奔走沒有結果後，經人幫忙，找到了內蒙古河洋律師事務所主任何綏生。何綏生認為自己的能力辦不到。於是將他們推薦給了新華社內蒙古分社政文採訪部主任、高級記者湯計 。
2005年11月23日，湯計寫出了第一篇內參《內蒙古一死刑犯父母呼籲警方儘快澄清十年前冤案》，很快得到最高領導層批示 。2006年3月，內蒙古政法委正式成立“呼格吉勒圖流氓殺人案”複查組 。8月，覆核得出結論，“呼格案”確為冤案 。
複查停滯
2006年5月24日，尚愛雲，李三仁開始進京上訪 。10月底，呼和浩特市中院突然開始審理趙志紅案，因涉及隱私不對外公開。公訴機關10起命案只訴了9起，單單漏掉了毛紡大院姦殺案 。趙志紅當庭指出了這一問題，法庭審理因此中斷。12月8日，湯計察覺到問題的嚴重性，發出了第二篇內參《呼市系列殺人案尚有一起命案未起訴讓人質疑》 。
2007年12月20日，趙志紅從看守所遞出一份償命申請書，這份償命申請書是寫給自治區人民檢察院的 （原文： ） 。湯計得到了一份複印件 。接到趙志紅從監獄遞出來的償命申請書複印件後，湯計當天一字不改地寫了一篇情況反映《“殺人狂魔”趙志紅從獄中遞出“償命”申請》發到北京。上述情況反映引起了相關部門的關注，呼市中院對趙志紅的一審被暫時“休庭” 。
2007年，湯計寫了關於該案件的上下篇，形成“大內參”，在全國黨政系統發行，在更大範圍內通過客觀的報導擴大了事件的影響，在一定程度上的推動了“呼格案”的重新調查 。
2007年11月28日，湯計完成了第五篇內參，根據法律界人士的意見，直接呼籲案件跨省區異地審理“呼格案”。這篇內參發出後，同樣引起中央和最高人民法院的重視，最高法從內蒙古調閱了“呼格案”的案卷，對案件直接予以關注 。
2008年，由於自治區黨委、政法委領導人的更替，呼格案便轉入了“無人觸碰”的低潮 。
重啟複查
2011年5月5日，湯計與青年記者林超抓住機會寫了一篇輿情反映《呼格吉勒圖冤死案覆核6年陷入僵局，網民企盼讓真兇早日伏法》。這篇反映再次引起高層的關注，自治區高級人民法院首次組成了有5名法官參加的呼格案複查組 。
2013年年初，內蒙古高院正式複查完呼格案，結論認定呼格案原審判決證據不足……上報自治區黨委。經自治區黨委同意，上報了最高人民法院 。
重審
啟動再審
2014年11月20日，內蒙古自治區高級人民法院立案庭庭長暴巴圖代表高院向呼格吉勒圖父母送達立案再審通知書，呼格吉勒圖案進入再審程式 。
終審結果
內蒙古自治區高級人民法院新聞發布會2014年12月15日上午10點，內蒙古自治區高級人民法院就此案的進展召開了發布會 ，在發布會上，新聞發言人新聞發言人李生晨宣布呼格吉勒圖案故意殺人罪、流氓罪的事實不清，證據不足。對辯護人的辯護意見、檢察機關的檢察意見予以採納。對申訴人的請求予以支持 。
在發布會上列舉了改判呼格吉勒圖無罪的三個理由：
其一，犯罪手段供述與屍體檢驗報告不符。呼格吉勒圖多次有罪供述稱採取卡脖子、捂嘴等犯罪手段與被害人楊某某“後縱膈大面積出血”等屍體檢驗報告內容不符 。
其二，血型鑑定結論不具有排他性。呼格吉勒圖本人血型為A型，對呼格吉勒圖指甲縫內附著物檢出O型人血，與被害人血型相同。但血型鑑定為種類物鑑定，該鑑定結論不具有排他性、唯一性，不能證實呼格吉勒圖實施了犯罪行為 。
其三，呼格吉勒圖的有罪供述不穩定，且與其他證據存在諸多不吻合之處。呼格吉勒圖在偵查、審查起訴和審理階段均曾供稱採取了卡脖子、捂嘴等暴力方式強行猥褻被害人，但又有翻供的情形，有罪供述並不穩定。而且供述中關於楊某某的衣著、身高、髮型、口音等內容與屍體檢驗報告、證人證言之間有諸多不吻合 。
終判內容
再審判決主要內容：一、撤銷內蒙古高級人民法院（1996）內刑終字第199號刑事裁定和呼和浩特市中級人民法院（1996）呼刑初字第37號刑事判決；二、原審被告人呼格吉勒圖無罪 。
公開道歉
內蒙古高院副院長趙建平代表高院向呼格父母道歉2014年12月15日，內蒙古自治區高級人民法院副院長趙建平到呼格吉勒圖父母家格吉勒圖父母公開道歉。並向呼格吉勒圖父母轉交高院院長鬍毅峰個人慰問金3萬元 。
追責
人員追責
2014年12月15日，內蒙古自治區人民檢察院決定成立調查組，對檢察系統造成呼格吉勒圖錯案負有責任的人員展開調查。 2015年4月10日被呼和浩特市市委免去其市公安局黨委委員、正處級偵察員職務，並於次日在公安機關傳達。
追責名單
1、馮志明 時任呼和浩特新城區公安分局副局長
呼格吉勒圖案特偵組組長、呼和浩特市公安局副局長馮志明 ，涉嫌職務犯罪。2014年12月17日，呼格吉勒圖冤案製造者呼市公安局副局長馮志明被捕。
2、劉旭 時任刑警隊長
3、任俊林、趙月星 時任刑警隊副隊長
4、彭飛 負責此案的檢察官
5、蘇明 一審的審判長
6、宮靜、呼爾查 一審代理審判員
7、楊小樹 終審的審判長
8、王智 時任呼和浩特市公安局局長
追責結果
呼格吉勒圖案經內蒙古自治區高級人民法院改判無罪後，有關機關和部門迅速啟動追責程式，依法依規對呼格吉勒圖錯案負有責任的27人進行了追責。
追責結果具體如下：
給予時任呼和浩特市公安局新城區公安分局刑警隊副隊長任俊林黨內嚴重警告、行政記大過處分。
給予時任呼和浩特市公安局五處預審科民警韓繼平黨內嚴重警告、行政記大過處分。
給予時任呼和浩特市公安局新城區公安分局刑警隊隊長劉旭黨內嚴重警告、行政記大過處分。
給予時任呼和浩特市公安局新城區公安分局刑警隊副隊長趙月星行政記大過處分。
給予時任呼和浩特市公安局新城區公安分局刑警隊技術員任呼鎮行政記大過處分。
給予時任呼和浩特市公安局新城區公安分局刑警隊偵查員孫永林行政記過處分。
給予時任呼和浩特市公安局五處預審科民警馬向紅黨內嚴重警告處分。
給予時任呼和浩特市公安局五處預審科科長孫慶榮黨內嚴重警告處分。
給予時任呼和浩特市公安局五處副處長王日東黨內嚴重警告處分。
給予時任呼和浩特市公安局新城區公安分局局長鄭潤民黨內警告處分。
給予時任呼和浩特市公安局局長王智黨內警告處分。
給予時任呼和浩特市人民檢察院批捕處處長鬍蘭黨內嚴重警告、行政記大過處分。
給予時任呼和浩特市人民檢察院批捕處副處長彭飛黨內嚴重警告處分。
給予時任呼和浩特市人民檢察院檢察員劉登庭黨內嚴重警告處分。
給予時任呼和浩特市人民檢察院公訴處處長陳虎黨內嚴重警告、行政記大過處分。
給予時任呼和浩特市人民檢察院助理檢察員韓和平行政記大過處分。
給予時任呼和浩特市人民檢察院副檢察長郭利平黨內嚴重警告處分。
給予時任呼和浩特市人民檢察院檢察長文達黨內警告處分。
給予時任內蒙古自治區高級人民法院刑一庭庭長梁國裕黨內嚴重警告處分。
給予時任內蒙古自治區高級人民法院刑一庭庭長助理楊小樹黨內嚴重警告、行政記大過處分。
給予時任內蒙古自治區高級人民法院刑一庭書記員閆明旺黨內嚴重警告、行政記大過處分。
給予時任內蒙古自治區高級人民法院刑一庭助理審判員白玉林行政記過處分。
給予時任內蒙古自治區高級人民法院刑一庭助理審判員李偉行政記過處分。
給予時任呼和浩特市中級人民法院院長張鳳儀黨內警告處分。
給予時任呼和浩特市中級人民法院刑事審判庭助理審判員宮靜行政記過處分。
給予時任呼和浩特市中級人民法院刑事審判庭助理審判員呼爾查行政記過處分。
另外，時任呼和浩特市公安局新城區公安分局副局長馮志明因涉嫌職務犯罪，依法另案處理。
國家賠償
呼格吉勒圖父母收到國家賠償決定書李三仁、尚愛雲領取到的國家賠償金共2059621．40元。內蒙古自治區高院在有關解釋中稱，這筆國家賠償金中，支付的死亡賠償金、喪葬費總計1047580元，這是按照國家2013年度職工年平均工資52379元×20所得數字；支付呼格吉勒圖生前被羈押60日的限制人身自由賠償金12041．40元，這是按照國家2013年度職工日平均工資200．69元×60所得數字；支付精神損害撫慰金100萬元。
2015年2月3日上午9時許，李三仁、尚愛雲夫婦在律師陪同下來到內蒙古自治區高級人民法院，在辦理支票交接手續後，法院財務部門的工作人員陪同李三仁、尚愛雲趕赴銀行，在辦理相關業務流程後，國家賠償金被存入他們的銀行賬戶 。
案件影響
呼格的家庭
呼格吉勒圖的父母及一個哥哥一個弟弟，這是他們家唯一的全家福呼格吉勒圖被執行死刑後，他的母親在內蒙第一毛紡廠辦理了內退，父親在1996年退休 。呼格吉勒圖的大哥與三弟都因為此案影響了學習、工作及家庭生活 。呼格吉勒圖的弟弟慶格勒圖公開稱永遠不會原諒辦案者 。
2005年趙志紅落網，呼格吉勒圖的父母開始了上訪。在呼市中院，他們見過3任院長 。從2006年至2014年，自治區高院立案一庭庭長暴巴圖共接待他們95次。從2006年5月24日開始進京上訪，僅留下的火車票就有46張，僅2007年到2009年，最高法給他們的回條就有18張 。
社會影響
2011年清明節，湯計組織分社電視記者鄒儉樸、林超做了一檔電視“新華視點”《十五年冤案為何難昭雪》，這期由優酷網播放的電視專題片，一經上網迅速走紅 。之後鳳凰衛視等媒體的介入使呼格吉勒圖案在網上成為熱點。湯計在輿情達到頂點的時候，發出了第五篇情況反映。這篇文章反映了案件的基本情況和最新進展，還反映了媒體對此案的集體發聲以及網路上的相關輿情。此舉引發中央和最高人民法院的重視，對案件直接的關注最終推動了呼格吉勒圖案的重新審判。新聞媒體的輿論監督為呼格吉勒圖案昭雪提供了輿論支持 。
2015年1月6日，人民法院報編輯部評選了2014年度人民法院十大刑事案件。這十大案件均為人民法院報2014年所報導的具有重大社會影響力、為社會公眾高度關注、案情疑難複雜、審理難度大，以及審判結果有重大突破或借鑑作用的刑事案件。呼格案被列入第一位 。
2015年3月12日，十二屆全國人大三次會議在人民大會堂舉行第三次全體會議，聽取和審議最高人民法院工作報告和最高人民檢察院工作報告。兩高報告中都提到了“呼格吉勒圖案” 。
2015年6月8日，中國國務院新聞辦公室發表《2014年中國人權事業的進展》白皮書。白皮書提到，多起重大刑事冤假錯案根據疑罪從無原則得到糾正，呼格案被選入 。
國際影響
法新社、英國廣播公司等國際媒體均報導了此案，並對中國司法的進步表示了讚揚 。
評論
官方
周強在十二屆全國人大三次會議在人民大會堂舉行第三次全體會議中，首席大法官、最高人民法院院長報告中稱，對錯案“深感自責”，首席大檢察官、最高人民檢察院檢察長曹建明則表示，“對冤錯案件首先深刻反省自己” 。
媒體評論
《北京青年報》潘洪其：糾正呼格吉勒圖冤殺案等冤假錯案，必須大力清除各種“反追責”的障礙。惟有繼續深化司法體制改革，向司法機關施加更大的壓力，讓檢察官、法官和所有的司法人員都明白：每一起冤案都必須得到糾正，每一起冤案中的責任人都必須受到追究，如果為了掩飾錯判、避免追責而拒絕糾正冤案，只會犯下更大的錯誤，最終招致更嚴厲的責任追究。惟有堅定推進司法體制改革，才能為避免和糾正冤假錯案提供堅實的保障 。
《長江日報》李杏：糾錯的決心必須大於阻撓的力量。剛剛結束的十八屆四中全會通過了《中共中央關於全面推進依法治國若干重大問題的決定》，其中關於辦案質量終身負責制和錯案責任倒查問責制尤其引人注目。法治建設是一個長期的過程，司法改革的推進也不是一日之功。在今天看來，過去司法實踐中存在很多問題，有些或許是受當時大環境和司法理念所限，但這些都不能成為“過去的錯誤就讓它過去”的理由。司法過去的錯誤，無論有多少、有多大都應當去面對，製造不公就要付出代價，只要還有錯誤被發現，糾錯的任務就永遠不會結束 。
《新京報》評論員：呼格吉勒圖的親屬目前一直在上訪。“訴訪分離”也是這兩年明確的改革目標，這次《中共中央關於全面推進依法治國若干重大問題的決定》也予以重申。按《刑事訴訟法》的規定，“有新的證據證明原判決認定的事實確有錯誤，可能影響定罪量刑”時就應啟動重審程式，所以本案早在2006年“真兇認罪”時就應重審，而此案卻一直處於在法律程式之外的“重新調查”中，這說明法律有被架空的可能。司法不能起到終局解決的作用，上訪就是必然的結果。不肅清司法積弊、不解決“存量問題”，訴訪分離的改革目標就無法實現 。
《青年記者》左近云：從呼格吉勒圖案重審改判可以看出，輿論監督對於促進司法公正發揮著不可替代的重要作用。建設法治中國，促進社會公平正義，最終使每個人都從中受益，離不開輿論監督。可以說，呼格吉勒圖案的沉冤昭雪不僅有力地增強了公眾對輿論監督促進司法公正的信心，而且促使整個社會對新聞輿論的作用有了新的認識。我們期望，呼格吉勒圖案的昭雪能夠推動新聞立法工作，使新聞輿論監督工作更加規範化 。
