主要價值
內生菌根內生菌根菌是微生物之一種，微生物肥料製劑不是肥料，但有肥料之功能。由於這類真菌在感染寄主植物根部後，其根外菌絲可延伸數公分，增加植根部吸收面積，可促進作物生長，增加對水分、礦物營養之吸收能力，特別是對於磷肥的吸收，提早開花與結果，增加花朵數，提高幼苗移植存活率，並可中和重金屬毒害，增加植株耐乾旱及病害之能力等，是目前被為最有效益及發展潛力之「生物肥料」。
作物接種
內生菌根菌之接種效果愈早愈好，通常於育苗期實施，採用穴盤育苗，將作物培養土與內生菌根菌微生物肥料依使用說明以一定之比率混勻後，充分澆水，將催芽後種子播種於培養土上，再覆蓋一層培養土即可。施用上應注意：
1.
栽培之作物必須為菌根作物，否則菌根菌不易感染。
2.
於使用菌根菌接種源時須注意接種源孢子密度及活力。
3.
避免用過量磷肥，磷肥施用量應在一般推薦量之內或減半。
4.
育苗期避免灌注土壤殺菌劑。
5.
接種源應貯放在陰涼通風或者放在攝氏 4 度冷藏（冰櫃下層處），以確保菌種活力。
蘭科植物的菌根
蘭科植物的種子由於是以未分化狀態休眠，所以菌根形成時其發芽起著很大作用。一般認為這是由於真菌吸收各種有機物，使它成為蘭科植物可利用的物質，但對同化游離氮素的情況尚不了解。
此外，外內生菌根（ectoendotrophicmycorrhiza）是菌絲伸展薄壁組織的中層，並向各細胞內伸入樹枝狀的吸器而生活的菌根，見於草莓（Fragaria chilonsis var，ananassa）的根等。
